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戻し交配とは、雑種をその親の一方、または親と遺伝的に類似した個体と交配させることで、親により近い遺伝的特性を持つ子孫を得る手法である。園芸、動物育種、遺伝子ノックアウト生物の生産などに用いられる。
戻し交配された雑種は、略語「BC」で表されることがあります。例えば、F1雑種をその親（または遺伝的に類似した個体）と交配させたものはBC1雑種と呼ばれ、BC1雑種を同じ親（または遺伝的に類似した個体）とさらに交配させたものはBC2雑種となります。[ 1 ]
ヨーク ラジエート グーゼル ( Senecio eboracensis ) は、オックスフォード ラグワート ( Senecio squalidus ) と一般的なグーゼル ( Senecio vulgaris )の自然発生ハイブリッド種です。これは、F1 雑種とS. vulgarisの戻し交配から生じたと考えられています。[ 2 ]
繰り返しになりますが、親世代で純粋な高性（TT）エンドウと純粋な矮性（tt）エンドウを交配すると、第一世代の子孫はすべてヘテロ接合体（Tt）の高性エンドウになります。第一世代のヘテロ接合体高性（Tt）エンドウと親世代の純粋な高性（TT）または純粋な矮性（tt）エンドウとの交配も、2つの植物間の戻し交配の一例です。この場合、戻し交配後に形成される子孫は、劣性親との交配であれば表現型比が1：1になる可能性があり、優性形質を持つ親との戻し交配であればすべての子孫が優性形質の表現型を持つ可能性があります。これらの形質のうち前者は検定交配とも呼ばれます。
植物において、近交系戻し交配系統（IBL）という用語は、人工的に組換えDNAを持つ系統と野生型との繰り返し戻し交配によって得られた植物の系統（すなわち集団）を指し、表現型または分子マーカーによる何らかの選択（導入系統の作出のため）が行われます。
戻し交配は、劣った遺伝的背景を持つ動物の望ましい形質を、好ましい遺伝的背景を持つ動物に導入するために、動物において意図的に用いられることがある。特に、遺伝子ノックアウト実験では、ノックアウトは培養しやすい幹細胞株で行われるが、異なる遺伝的背景を持つ動物で必要とされる場合、ノックアウトされた動物は、必要な遺伝的背景を持つ動物と戻し交配される。図に示すように、望ましい形質（この場合は、陽性の選択マーカーの存在によって示される遺伝子の欠損（すなわちノックアウト） ）を持つマウスを一定の遺伝的背景を持つマウスと交配するたびに、子孫の遺伝物質のうち、その一定の背景から由来する割合が平均的に増加する。十分な反復の後、結果として、望ましい形質を持つ望ましい遺伝的背景を持つ動物が得られ、元の幹細胞からの遺伝物質の割合は最小限（約0.01%）にまで減少する。[ 3 ]
減数分裂では、各親由来の染色体がランダムにシャッフルされて各配偶子に割り当てられるため、単一の交配から生まれた子孫の間で、どちらの細胞系統由来の遺伝物質の割合も異なりますが、期待値は存在します。子孫の各個体の遺伝子型を評価することで、望ましい遺伝的形質を持つ個体だけでなく、元の幹細胞系統由来の遺伝物質の最小割合を持つ個体も選択できます。[ 4 ]
コンソミック系統とは、マーカーアシスト戻し交配の一連の過程を経て、ある近交系系統の染色体の1つが別の近交系系統の相同染色体に置き換えられた近交系系統のことである。[ 5 ]