アーケオグロバ科

アーケオグロバ科
A. fulgidus由来のアルゴノートタンパク質の PIWI ドメインは、短い二本鎖RNA断片に結合し、結合した立体配座の塩基対形成と芳香族スタッキングの安定化を示しています。
科学的分類
ドメイン：	古細菌
王国：	ユーリアキオータ
クラス：	アーキオグロビ
注文：	地球考古学
家族：	アーキオグロバ科 フーバーとステッター 2002
属
アルケオグロブス フェログロブス ゲオグロブス 「Ca.メタノミキソトロフス」 「Ca.メタノプロデューセンダム」
同義語
「アーキオグロバ科」ステッター 1989

アーキオグロバ科はアーキオグロバレス科の1科です。^[1]アーキオグロバレス科の既知の属はすべて超好熱性で、海底熱水噴出孔の近くで見つかります。アーキオグロバレス目はアーキオグロビ綱の唯一の目であり、アーキオグロバレス科はアーキオグロバレス目の唯一の科です。

アーキオグロブス科のすべての属は系統学的に互いに関連しているが、これらの生物がそれぞれ使用する代謝モードは独特である。アーキオグロブスは化学有機栄養性の硫酸還元古細菌であり、この種の代謝を持つ唯一の古細菌として知られている。対照的に、フェログロブスは化学無機栄養生物であり、第一鉄の酸化と硝酸塩の還元を結び付けている。ジオグロブスは鉄還元古細菌であり、エネルギー源として水素ガスまたは有機化合物を使用する。 ^[2]

Archaeoglobaceaeには 3 つの属があり、それらの違いを簡単に説明します。

• アーキオグロブス属：この属には、アーキオグロブス科の中で最もよく知られ、研究されているメンバーが含まれています。熱水噴出孔や石油貯留層で発見された好熱性硫酸還元細菌です。高温で増殖し、さまざまな有機化合物を電子供与体として利用します。^[3]
• フェログロバス属：この属には、熱水噴出孔に生息するフェログロバス・プラシダスという1種が含まれる。この属は好熱性で高温でも生育できるが、他の属と異なり、有機化合物ではなく鉄を電子供与体として利用する。^[3]
• ジオグロバス属：この属には、熱水噴出孔に生息するジオグロバス・アセティボランスという1種が含まれる。この属は好熱性で高温でも生育でき、酢酸を電子供与体として使用する点でこの科の他の種と異なる。^[3]

アーキオグロブス属の種は、深海の熱水噴出孔、石油貯留層、温泉など、さまざまな極限環境に生息しています。これらの環境は高温、高圧、低酸素濃度を特徴としており、他のほとんどの生命にとって住みにくい環境です（Topçuoğlu et al 2019）。^[4]アーキオグロブス属の種は、さまざまな代謝経路を利用してエネルギーを得たり、さまざまな熱ショックタンパク質やその他のストレス応答メカニズムを生成したりすることで、これらの環境で繁栄することができます。アーキオグロブス属の種は極限環境生物であるため、塩原やソルト レイクなど、塩分濃度の高い環境でも見られます。アーキオグロブス科の種がこれらの極限環境で繁栄できるのは、さまざまな鉱物やガスを使ってエネルギーを作ることができるためです。例えば、アーキオグロバ科のいくつかの種は、異化 硫酸還元と呼ばれるプロセスで硫黄を使用することができ、酸素を必要とせずにエネルギーを生成することができます。アーキオグロバ科の他の種は、二酸化炭素または水素ガスをエネルギー源として使用することができます（Topçuoğlu et al 2019）。 ^[4]

さまざまなエネルギー源を利用する能力に加えて、アーキオグロバクテリア科のいくつかの種は他の生物と共生関係を形成することも知られています。たとえば、アーキオグロバクテリア科のいくつかの種はチューブワームと共生していることが発見されており、チューブワームは熱水噴出孔環境から栄養素を抽出し、エネルギーと引き換えにバクテリアに提供することができます。これらの共生関係は、これらの極限環境でバクテリアとチューブワームの両方が生き残るために重要であると考えられています（Topçuoğlu et al 2019）。^[4]

現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）^[5]と国立生物工学情報センター（NCBI） ^[1]に基づいています。

• 古細菌の属の一覧

• Huber H; Stetter KO (2001)。「ファミリー I. Archaeoglobaceae fam. nov. Stetter 1989, 2216」。DR Boone、RW Castenholz (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deep branching and phototrophic Bacteria (第 2 版)。ニューヨーク: Springer Verlag。p . 169。ISBN 978-0-387-98771-2。
• Huber H; Stetter KO (2001)。「Order I. Archaeoglobales ord. nov.」。DR Boone、RW Castenholz (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deep branching and phototrophic Bacteria (第 2 版)。ニューヨーク: Springer Verlag。p. 169。ISBN 978-0-387-98771-2。
• Stetter, KO (1989)。「グループ II。古細菌の硫酸還元菌。Archaeoglobales 目」。JT Staley、MP Bryant、N Pfennig、JG Holt (編)。Bergey 's Manual of Systematic Bacteriology。第 3 巻 (第 1 版)。ボルチモア: The Williams & Wilkins Co.、p. 169。
• サイニ、ラシュミ。カプール、ルパム。クマール、リタ。シディキ、TO;クマール、アニル (2011 年 11 月)。 「CO
  ₂微生物を利用する - 包括的なレビュー」。バイオテクノロジーの進歩。29 （6）：949-960。doi ：10.1016 / j.biotechadv.2011.08.009。PMID 21856405  。
• Marietou, Angeliki (2021). 「高温油層における硫酸塩還元微生物」。応用微生物学の進歩。第116巻。pp.99–131。doi :10.1016 / bs.aambs.2021.03.004。ISBN 978-0-12-824594-1. PMID  34353505. S2CID  235081283.
• Topçuoğlu、Begüm D.;ホールデン、ジェームス F. (2019)。 「極限環境微生物：高温環境」。ライフサイエンスの参照モジュール。土井：10.1016/B978-0-12-809633-8.90683-6。ISBN 978-0-12-809633-8。
• サイニ、ラシュミ。カプール、ルパム。クマール、リタ。シディキ、TO;クマール、アニル (2011)。 「CO
  ₂微生物の利用-包括的なレビュー」。バイオテクノロジーの進歩。29 （6）：949-960。doi ：10.1016 / j.biotechadv.2011.08.009。PMID 21856405  。

• Huber, Harald; Hohn, Michael J.; Rachel, Reinhard; Fuchs, Tanja; Wimmer, Verena C.; Stetter, Karl O. (2002 年 5 月)。「ナノサイズの超好熱性共生菌によって表される新門古細菌」。Nature .  417 ( 6884 ) : 63–67。Bibcode :2002Natur.417...63H。doi : 10.1038/417063a。PMID 11986665。S2CID  4395094。
• Klenk, Hans-Peter; Clayton, Rebecca A.; Tomb, Jean-Francois; White, Owen; Nelson, Karen E.; Ketchum, Karen A.; Dodson, Robert J.; Gwinn, Michelle; Hickey, Erin K.; Peterson, Jeremy D.; Richardson, Delwood L.; Kerlavage, Anthony R.; Graham, David E.; Kyrpides, Nikos C.; Fleischmann, Robert D.; Quackenbush, John; Lee, Norman H.; Sutton, Granger G.; Gill, Steven; Kirkness, Ewen F.; Dougherty, Brian A.; McKenney, Keith; Adams, Mark D.; Loftus, Brendan; Peterson, Scott; Reich, Claudia I.; McNeil, Leslie K.; Badger, Jonathan H.; Glodek, Anna; Zhou, Lixin; Overbeek, Ross; Gocayne, Jeannine D.; Weidman, Janice F.; McDonald, Lisa; Utterback, Teresa; Cotton, Matthew D.; Spriggs, Tracy; Artiach, Patricia; Kaine, Brian P.; Sykes, Sean M.; Sadow, Paul W.; D'Andrea, Kurt P.; Bowman, Cheryl; Fujii, Claire; Garland, Stacey A.; Mason, Tanya M.; Olsen, Gary J.; Fraser, Claire M.; Smith, Hamilton O.; Woese, Carl R.; Venter, J. Craig (1997 年 11 月)。「超好熱性硫酸還元古細菌 Archaeoglobus fulgidus の完全なゲノム配列」。Nature。390 (6658): 364–370. Bibcode :1997Natur.390..364K. doi : 10.1038/37052 . PMID  9389475. S2CID  83683005.
• Slobodkina, Galina; Allioux, Maxime; Merkel, Alexander; Cambon-Bonavita, Marie-Anne; Alain, Karine; Jebbar, Mohamed; Slobodkin, Alexander (2021年7月16日)。「深海熱水噴出孔から分離された超好熱性古細菌 Archaeoglobus neptunius sp. nov. の生理学的およびゲノム的特徴付けにより、Archaeoglobus 属の再分類が正当化される」。Frontiers in Microbiology . 12 : 679245. doi : 10.3389/fmicb.2021.679245 . PMC  8322695 . PMID  34335500。
• Kim, Daehyun D.; O'Farrell, Corynne; Toth, Courtney RA; Montoya, Oscar; Gieg, Lisa M.; Kwon, Tae-Hyuk; Yoon, Sukhwan (2018 年 7 月)。「高温油層からの生産水の微生物コミュニティ分析により、地理的に離れた油層間の予期せぬ類似性が明らかになりました」。微生物 バイオテクノロジー。11 ( 4 ): 788–796。doi :10.1111/  1751-7915.13281。PMC 6011920。PMID 29806176。S2CID 44082150。