「すべての種が生きる木」プロジェクト

「全種生きた樹」プロジェクトは、ARB、SILVA rRNAデータベースプロジェクト、 LPSNなどのさまざまな学術グループ/機関のコラボレーションであり、細菌と古細菌のすべての有効に公開された種の16S rRNA配列のデータベースを構築することを目的としています。 ^[1]一時期、 23S配列も収集されていましたが、 ^[2]その後、収集は中止されました。 ^[3]

現在、整列されたデータセットには 10,950 種以上の種が含まれており、新しい種が発見されたり、データベースに含まれていない種が配列されたりして、さらに数種が追加されています。当初、後者のグループは種の 7% を占めていました。

同様の（そしてより最近の）プロジェクトとしては、細菌と古細菌の全ゲノム配列に焦点を当てた細菌と古細菌のゲノム百科事典（GEBA）がある。^{[4] [5]}

この系統樹はブートストラップ法を使わず最大尤度分析によって作成されたため、サイズと精度がトレードオフされ、多くの門レベルの系統群が正しく解決されていません（Firmicutesなど）。（真核生物は分析に存在しません）。この系統樹は16S rRNAベースのLTP_08_2023の要約であり、2023年8月までに有効に公表された名前を持つすべてのタイプ種が含まれています。^{[6] [7] [8]}

• 細菌門の分岐順序 (Woese, 1987)
• 細菌門の分岐順序（Gupta, 2001）
• 細菌門の分岐順序 (Cavalier-Smith, 2002)
• 細菌門の分岐順序 (Rappe および Giovanoni、2003)
• 細菌門の分岐順序 (Battistuzzi et al., 2004)
• 細菌門の分岐順序（Ciccarelli et al., 2006）
• 細菌門の分岐順序（ゲノム分類データベース、2018 年）
• 細菌門
• 古細菌属の一覧
• 細菌属の一覧
• 細菌目一覧
• LPSN、細菌および古細菌の承認された名前のリスト

• http://www.arb-silva.de/projects/living-tree/