Nanoscale Molecular Dynamics ( NAMD、旧称Not Another Molecular Dynamics Program ) [ 1 ]は、 Charm++並列プログラミングモデルを使用して記述された分子動力学シミュレーション用のコンピュータソフトウェアです ( CHARMMと混同しないでください)。並列処理の効率性で知られており、大規模なシステム (数百万個の原子) のシミュレーションによく使用されます。[ 2 ]これは、イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の理論計算生物物理学グループ (TCB) と並列プログラミング研究所 (PPL) の共同開発によって作成されました。
NAMDは、1995年にネルソンらによって、可視化コードVMDと連携して対話型シミュレーションを可能にする並列分子動力学コードとして導入されました。NAMDはその後成熟し、多くの機能が追加され、50万個以上のプロセッサコアに対応できるようになりました。[ 3 ]
NAMD は、量子化学パッケージORCAおよびMOPACへのインターフェース、および他の多くの量子パッケージへのスクリプトインターフェースを備えています。[ 4 ] Visual Molecular Dynamics (VMD) および QwikMD [ 5 ]と組み合わせることで、 NAMD のインターフェースは、統合された包括的でカスタマイズ可能かつ使いやすいスイートでハイブリッドQM/MMシミュレーションへのアクセスを提供します。 [ 6 ]
NAMDは、個人、学術機関、および企業が社内業務目的で非営利目的で使用するためのフリーウェアとして提供されています。
参考文献
- ↑ 「並列分子動力学コードにおける柔軟性と相互運用性」（追記）。
- ↑ 「NAMD 並列オブジェクト指向分子動力学プログラム」(PDF)。
- ↑ 「NAMD: スケーラブルな分子動力学」。理論計算生物物理学グループ (TCB)。イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校。 2016年8月1日取得。
- ↑ 「ハイブリッドQM/MM NAMD」。理論計算生物物理学グループ（TCB）。イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校。2018年3月26日取得。
- ↑ Ribeiro, João V.; Bernardi, Rafael C.; Rudack, Till; Stone, John E.; Phillips, James C.; Freddolino, Peter L.; Schulten, Klaus (2016). "QwikMD - 初心者とエキスパートのための統合分子動力学ツールキット" . Scientific Reports . 6 26536. Bibcode : 2016NatSR...626536R . doi : 10.1038/srep26536 . PMC 4877583 . PMID 27216779 .
- ↑メロ、マルセロ C R.;ベルナルディ、ラファエル C.ルダック、ティル。シューラー、マクシミリアン。リプリンジャー、クリストフ。フィリップス、ジェームス C.マイア、フリオ D.C.ロシャ、ゲルト B.リベイロ、ジョアン V.ストーン、ジョン E.ニース、フランク。シュルテン、クラウス。ルーセイ＝シュルテン、ザイダ（2018）。「NAMD が量子に移行: ハイブリッド シミュレーション用の統合スイート」ネイチャーメソッド。15 (5): 351–354 .土井: 10.1038/nmeth.4638。PMC 6095686。PMID 29578535。
外部リンク
- 公式ウェブサイト、TCBウェブサイト
- PPLウェブサイトのNAMDページ
- GPU上でのNAMD
