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| 4-ヒドロキシテトラヒドロジピコリン酸合成酵素 | |||||||||
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 ジヒドロジピコリン酸合成酵素ホモテトラマー、ブドウ | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| EC番号 | 4.3.3.7 | ||||||||
| CAS番号 | 9055-59-8 | ||||||||
| データベース | |||||||||
| インテンズ | IntEnzビュー | ||||||||
| ブレンダ | BRENDAエントリー | ||||||||
| エクスパス | NiceZyme ビュー | ||||||||
| ケッグ | KEGGエントリー | ||||||||
| メタサイク | 代謝経路 | ||||||||
| プリアモス | プロフィール | ||||||||
| PDB構造 | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| 遺伝子オントロジー | アミゴー / クイックゴー | ||||||||
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| ジヒドロジピコリン酸合成酵素ファミリー | |||||||||
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 炭疽菌由来のジヒドロジピコリン酸合成酵素 dapa-2 (ba3935) の1.94 Å 解像度での結晶構造。 | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | DHDPS | ||||||||
| パム | PF00701 | ||||||||
| ファム一族 | CL0036 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00569 | ||||||||
| SCOP2 | 1dhp / スコープ / SUPFAM | ||||||||
| 医療機器 | cd00950 | ||||||||
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4-ヒドロキシテトラヒドロジピコリン酸合成酵素（EC 4.3.3.7、ジヒドロジピコリン酸合成酵素、ジヒドロピコリネート合成酵素、ジヒドロジピコリン酸合成酵素、L-アスパラギン酸-4-セミアルデヒドヒドロリアーゼ（ピルビン酸を付加して環化する）、dapA（遺伝子））は、系統名L-アスパラギン酸-4-セミアルデヒドヒドロリアーゼ（ピルビン酸を付加して環化する、（4 S）-4-ヒドロキシ-2,3,4,5-テトラヒドロ-（2 S）-ジピコリネート形成）という酵素です。[1] [2] [3] [4]この酵素は、次の化学反応を触媒します。
- ピルビン酸+ L -アスパラギン酸-4-セミアルデヒド(2 S ,4 S )-4-ヒドロキシ-2,3,4,5-テトラヒドロジピコリネート + H 2 O
反応は 3 つの連続したステップで進行します。
関数
この酵素はリアーゼファミリーに属し、特に炭素-窒素結合を切断するアミンリアーゼに属します。4-ヒドロキシテトラヒドロジピコリン酸シンターゼは、原核生物、一部の藻類、高等植物のジアミノピメリン酸経路によるリジン生合成の鍵となる酵素です。この酵素は、ピルビン酸がリジン残基とシッフ塩基を形成して酵素に結合するピンポン機構を介して、L-アスパラギン酸-β-セミアルデヒドとピルビン酸を4-ヒドロキシテトラヒドロピコリン酸に縮合する反応を触媒します。[5]
関連酵素
この酵素と構造的に関連があり、同様の触媒機構を介して作用すると考えられる他の3つのタンパク質は、 N -アセチル-D-マンノサミンとピルビン酸の縮合を触媒してN -アセチルノイラミン酸を形成する大腸菌N-アセチルノイラミン酸リアーゼ（EC 4.1.3.3）（タンパク質NanA）、リゾビウム・メリロティ（Sinorhizobium meliloti）タンパク質MosA（[6]リゾピン3- O -メチル-シロ-イノサミンの生合成に関与）、および大腸菌の仮説タンパク質YjhHです。
構造
4-ヒドロキシテトラヒドロジピコリン酸合成酵素の配列は、さまざまな起源からよく保存されています。構造はホモテトラマーの形をとり、2つのモノマーが約2倍の対称性で関連しています。[5]各モノマーは、8倍のα/βバレルとC末端 αヘリカルドメインの2つのドメインで構成されています。折り畳みは、N-アセチルノイラミン酸リアーゼの折り畳みに似ています。活性部位のリジンはバレルドメインに位置し、バレルのC末端側にある2つのチャネルを介してアクセスできます。
参考文献
- ^ Yugari Y, Gilvarg C (1965年12月). 「ジアミノピメレート合成における縮合段階」. The Journal of Biological Chemistry . 240 (12): 4710–6. doi : 10.1016/S0021-9258(18)97013-4 . PMID 5321309.
- ^ Blickling S, Renner C, Laber B, Pohlenz HD, Holak TA, Huber R (1997年1月). 「X線結晶構造解析とNMR分光法による大腸菌ジヒドロジピコリン酸合成酵素の反応機構の調査」.生化学. 36 (1): 24–33. doi :10.1021/bi962272d. PMID 8993314.
- ^ Devenish SR、Blunt JW、Gerrard JA (2010 年 6 月)。「NMR 研究により、ジヒドロジピコリン酸合成酵素の代替基質が明らかになり、ジヒドロジピコリン酸還元酵素も脱水酵素であることが示唆される」。Journal of Medicinal Chemistry。53 ( 12): 4808–12。doi :10.1021/jm100349s。PMID 20503968 。
- ^ Soares da Costa TP、Muscroft-Taylor AC、Dobson RC、Devenish SR、Jameson GB、Gerrard JA (2010 年 7 月)。「ジヒドロジピコリン酸合成酵素の「必須」活性部位リジンはどの程度必須か?」Biochimie . 92 (7): 837–45. doi :10.1016/j.biochi.2010.03.004. PMID 20353808。
- ^ ab Mirwaldt C, Korndörfer I, Huber R (1995年2月). 「Escherichia coli由来ジヒドロジピコリン酸合成酵素の2.5Å分解能での結晶構造」. Journal of Molecular Biology . 246 (1): 227–39. doi :10.1006/jmbi.1994.0078. PMID 7853400.
- ^ Murphy PJ、Trenz SP、Grzemski W、De Bruijn FJ、Schell J (1993 年 8 月)。「Rhizobium meliloti rhizopine mos locus は共生制御を促進するモザイク構造である」。Journal of Bacteriology。175 ( 16 ) : 5193–204。doi : 10.1128 /jb.175.16.5193-5204.1993。PMC 204987。PMID 8349559。
さらに読む
- Shedlarski JG、Gilvarg C (1970年3 月)。「大腸菌のピルビン酸-アスパラギン酸セミアルデヒド縮合酵素」。The Journal of Biological Chemistry。245 ( 6): 1362–73。doi : 10.1016 /S0021-9258(18)63245-4。PMID 4910051。
外部リンク
- 米国国立医学図書館の医学主題標目表(MeSH)にある 4-ヒドロキシテトラヒドロジピコリネート+シンターゼ
