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2006年のAFCチャンピオンズリーグは、アジア最高峰のクラブサッカー大会としては25回目の開催であり、現在のAFCチャンピオンズリーグという名称になってからは4回目の開催となった。アル・イティハドは前回優勝チームとして自動的に準々決勝に進出した。
全北現代モータースは、決勝でアル・カラマを合計スコア3対2で破り、初のAFCチャンピオンズリーグ優勝を果たした。全北はまた、国内リーグ優勝よりも先にチャンピオンズリーグを制覇したアジア史上初のチームとなった（Kリーグ初優勝は3年後の2009年）。
合計28のクラブが地域ごとに4つのグループに分けられました。各クラブは、同じグループの3つのクラブと総当たり戦（ホーム＆アウェイ）を行い、合計6試合を戦いました。勝利には3ポイント、引き分けには1ポイント、敗北には0ポイントが与えられました。クラブはポイントに基づいて順位付けされました。2つ以上のチームが同ポイントだった場合は、次のタイブレーク基準が適用されました。
7つのグループの勝者と前回優勝チームが準々決勝に進出した。
8つのクラブはすべてランダムに組み合わせられましたが、唯一の制限は、同じ国のクラブ同士が準々決勝で対戦できないことでした。試合はホームアンドアウェイ方式の2試合で行われ、合計得点で勝敗が決まりました。合計得点が同点の場合は、アウェーゴールルールが適用されました。それでも同点の場合は、延長戦が行われ、アウェーゴールルールが引き続き適用されました。それでも同点の場合は、 PK戦が行われました。
全北現代自動車が合計スコア4対3で勝利した。
アル・カディシヤが合計5対2で勝利した。
蔚山現代ホランイが合計スコア7対0で勝利した。
アル・カラマが合計スコア4対2で勝利した。
全北現代自動車が合計スコア6対4で勝利した。
アル・カラマが合計スコア1対0で勝利した。
全北現代自動車が合計スコア3対2で勝利した。