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第16回国際エイズ会議は、 2006年8月13日から18日の週にオンタリオ州トロントで開催されました。カナダが国際エイズ会議を主催するのは、1989年のモントリオール、1996年のバンクーバーに続き、今回で3回目となります。会議のメイン会場は、トロント中心部にあるメトロ・トロント・コンベンションセンター（MTCC）でした。会議のテーマは「実現の時」でした。会議では、治療、ケア、予防の規模拡大に向けた約束と進捗状況に焦点が当てられました。
特に：
活動内容には、文化、青少年、地域貢献プログラムのほか、文化、食、コミュニティの展示やマーケットプレイスを備えた国際的な交流の場であるグローバルビレッジも含まれていた。
代表者および一般市民が参加できるイベントには、HIV/AIDSで亡くなったすべての人々を追悼する国際エイズ追悼集会が含まれていました。この集会は、 8月17日午後9時にトロントのヤング・ダンダス・スクエアで開催されました。
著名な出席者や講演者には、ミシェル・ジャン総督 、スティーブン・ルイス（国連アフリカHIV/AIDS特使）、ビル・ゲイツとメリンダ・ゲイツ（ゲイツ財団）、リチャード・ギア、アリシア・キーズ、ビル・クリントンなどがいた。
会議への出席を見送ったカナダのスティーブン・ハーパー首相に対し、共同議長のマーク・ワインバーグ博士は演説の中で、「カナダのスティーブン・ハーパー首相が今晩ここにいらっしゃらないことを残念に思います。首相の役割には、国際舞台でリーダーシップを発揮する責任が含まれます。あなたの欠席は、あなたがHIV/AIDSを重要な優先事項と考えていないというメッセージを送ることになり、ここにいる全員があなたに同意できないことは明らかです」と批判した。ハーパー首相の代わりに、カナダのトニー・クレメント保健大臣が出席した。ハーパー首相が会議を欠席するのは、カナダの首相が会議に出席しないことを決定した2度目のケースとなる。1996年には、当時のジャン・クレティエン首相が会議を欠席した。
スティーブン・ハーパー首相が会議に出席しなかったことに続く2つ目の論争は、出席していた代表団のうち151人が自国への帰国を拒否し、カナダへの亡命を求めたことである。この事態は会議の信頼性を著しく損ない、首相官邸がハーパー首相を出席させないという決定を下したのは正当だったのではないかと多くの人が指摘した。