ウェブタグ

Webtag ^{[1]は、特定の}ゲノムには存在しないオリゴヌクレオチド配列（通常タグまたはアンカーと呼ばれる）を提供するオンラインバイオインフォマティクスツールです。これらのタグは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR ）実験用の遺伝子特異的プライマーに付加することができ、ゲノムDNAの汚染を回避できます。

RT-PCRは、コピー数が非常に少ないmRNA 転写産物の検出にも使用される技術です。^[2]この技術は感度が高いため、DNA汚染の影響を受けやすいです。PCRはcDNAターゲットとゲノムDNA汚染を区別できないため、偽陽性や誤った定量結果が出る可能性があります。^{[3] [4]}

転写研究におけるゲノム DNA の汚染を克服するために、RT-PCR の改良法である逆テンプレート特異的ポリメラーゼ連鎖反応が使用されます。ゲノムに存在しない配列のタグを使用できる可能性により、逆特異的ポリメラーゼ連鎖反応実験がさらに改善されます。遺伝子特異的プライマーまたはポリ T テールの 5' 領域にアンカーまたはタグを使用すると、RNA 特異的増幅が可能になり、実行可能な戦略となります。RS-PCR ^[5]や (EXACT) RT-PCR などの技術は、このようなタグ (ゲノム DNA には存在しない固有の配列) を第 1 鎖 cDNA の 5' 末端に組み込むことに基づいており、感度を低下させることなく RNA 特異的増幅を可能にします。

このウェブベースのサービスはTagenerator ^[6]ツールをベースにしていますが、すべてのタグが事前に生成され、データベースに保存されるため、非常に高速です。また、Webtagは実験で使用するプライマーとタグの相互作用を考慮するため、大きな改善点でもあります。ウェブベースのサービスであるため、分子生物学者は自分のコンピューターにすべての依存関係を持つソフトウェアをダウンロードしてインストールする必要がありません。

Webtag は、RT-PCR ベースの実験に適した、ゲノムの不在と優れたプライミング特性を組み合わせたタグを生成します。このようなタグを使用すると、意図的にゲノム DNA の PCR 増幅が行われず、cDNA のみの増幅が可能になるため、RNA サンプル内のゲノム DNA 汚染の影響を回避できます。

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