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ボルタ・コンゴ語族は、大西洋・コンゴ語族の主要な分派である。これには、かつての大西洋語族とコルドファン語族の分派、そしておそらくセヌフォ語族を除く、すべての大西洋・コンゴ語族が含まれる。
右側の情報ボックスでは、最も分岐していると思われる言語（疑わしいセヌフォ語を含む）が上部に配置され、中心に近い言語（クワ語、ボルタ・ニジェール語、ベヌエ・コンゴ語の類似した「ベヌエ・クワ」系統）が下部に配置されています。[ 1 ]クワ語またはサバンナ語の系統が無効であることが判明した場合、系統樹はさらに混雑します。
1960年代と1970年代に行われたジョン・M・スチュワートによる比較言語学的研究は、ボルタ・コンゴ語の遺伝的統一性を確立し、その内部構造を解明するのに役立ったが、結果は暫定的なものにとどまっている。ウィリアムソンとブレンチ（2000）は、多くの場合、ボルタ・コンゴ語派の間に明確な境界線を引くことは困難であり、これは語族の明確な分離ではなく、方言連続体の多様化を示している可能性があると指摘している。これは、ベネット（1983、ウィリアムソンとブレンチ2000:17に引用）がグル語とアダマワ・ウバンギ語の場合に以前に示唆していたもので、ウバンギ語を除いて、これらは現在サバンナ語としてまとめられている。他の語派はクワ語とベヌエ・コンゴ語で、後者にはよく知られ、特に多数のバントゥー語族が含まれる。クワ語とベヌエ・コンゴ語（ベヌエ・クワ語と呼ばれる）の関係、およびベヌエ・コンゴ語の東部と西部の語派間の関係は不明瞭なままである。
ボルタ・コンゴ諸語の母音体系は、歴史的比較言語学において長らく議論の的となってきた。カサリ（1995）は、原ボルタ・コンゴ語には母音調和を用いた9つまたは10つの母音体系があり、この体系が多くのボルタ・コンゴ諸語で7つの母音体系に縮小されたという仮説を擁護している。ガーナ・トーゴ山岳諸語は、 9つまたは10つの母音体系が今もなお見られる言語の例である。