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Virtual Fly Brain（VFB ）は、神経生物学者がキイロショウジョウバエの脳の詳細な神経解剖、トランスジーン 発現、および関連する表現型を探索できるようにするインタラクティブなWebベースのツールです。[1]ユーザーは、ショウジョウバエの脳のペイントされた3D画像スタックを閲覧し、任意の断面を選択してペイントされた領域をクリックすると、選択した領域の名前の定義、参照、および同義語を見つけることができます。各領域について、クエリを実行してニューロン、トランスジーン発現、および表現型を見つけることができます。見つかったニューロンごとに、ユーザーは定義、参照、および同義語を閲覧できます。
背景
Virtual Fly Brainは、3D画像スタックの閲覧や、FlyBaseによって管理されている基礎となる解剖学および表現データベースのクエリを可能にする汎用ウェブベースのアプリケーションです。[2] Virtual Fly Brainプロジェクトは、ケンブリッジ大学とエディンバラ大学の研究者によって実施されています。
技術的な詳細
Virtual Fly Brain は、 OWL2で記述され、ショウジョウバエの文献に基づいたショウジョウバエの解剖学のオントロジー モデルを使用します。これには、全体的な神経解剖学、ニューロン クラス、およびそれらの関係に関する詳細な情報が含まれています。各神経解剖学クエリの基礎となるのは、 OWL-DLのこのオントロジーのクエリです。
表現型と発現のクエリは、ショウジョウバエの解剖学オントロジーを使用して注釈が付けられたFlyBase [3]の大量の発現と表現型データを利用します。各発現または表現型のクエリは、選択された領域に適切な用語の解剖学オントロジーのクエリから始まります。このクエリの出力は、これらの用語を使用して注釈が付けられた発現または表現型をFlyBase chado [4]データベースにクエリするための入力として使用されます。
ビューア内の画像は、ブラウザウィンドウの表示領域のみをカバーする一連のタイルとして配信されます。タイルは、全体の構造と個々のペイント領域を表す複合3D Woolz [5] [6]オブジェクトから生成されます。
参照
参考文献
- ^ 「バーチャルフライブレイン」。バーチャルフライブレイン。
- ^ 「FlyBaseホームページ - ショウジョウバエの遺伝子とゲノムのデータベース」 。 2023年12月23日閲覧。
- ^ R, Drysdale; FlyBase Consortium (2008). 「FlyBase: ショウジョウバエ研究コミュニティのためのデータベース」.ショウジョウバエ. Methods Mol. Biol. Vol. 420. pp. 45–59. doi :10.1007/978-1-59745-583-1_3. ISBN 978-1-58829-817-1. PMID 18641940。
- ^ 「Chado - Getting Started」GMOD 2014年2月13日。 2017年6月9日閲覧。
- ^ 「Woolz 画像処理: Woolz コア ソフトウェア」。EMAPホーム。2017年 6 月 9 日閲覧。
- ^ “Ma-tech/Woolz”. GitHub . 2021年5月10日.
外部リンク
- バーチャルフライブレイン
- フライベース