スーパーポーズ

SuperPose は、ペアワイズおよびマルチプルのタンパク質構造重ね合わせを実行するように設計された、無料で利用できるウェブ サーバーです。 ^{[ 1 ]}「構造重ね合わせ」という用語は、ある構造を別の構造に一致または整列させるために実行される回転と並進を指します。構造重ね合わせは、類似度または差異の尺度で定量化できます。最適な重ね合わせは、類似度尺度が最大化される (前者の場合) か、差異尺度が最小化される (後者の場合) 重ね合わせです。「SuperPose」ウェブ サーバーは、最適なペアワイズまたはマルチプルのタンパク質構造重ね合わせを見つけるために、差異尺度として「RMSD」または二乗平均平方根偏差を使用します。最初の配列と二次構造(配列同一性が低い場合) の整列の後、SuperPose は、2 つの分子の同等の C-α 原子から差異距離 (DD) マトリックス^{[ 2 ]}を生成します。配列/構造アライメントとDD行列解析情報は、修正された四元数固有値アルゴリズム^{[ 3 ]}に入力され、構造重ね合わせを迅速に実行し、2つの高分子のアライメントされた領域間のRMSDを計算します。

SuperPoseウェブサーバーは、入力としてPDB形式のファイル（重ね合わせる2つ以上のタンパク質構造）またはそのPDBアクセッション番号を必要とします。SuperPoseはX線構造とNMR構造の両方を処理できます。NMR 構造は、多くの場合、20～30個のほぼ同一の構造で構成されており、これらを重ね合わせて多重構造の「ブルーログラム」を作成する必要があります。2つ以上の構造の重ね合わせの場合、SuperPoseは、配列アライメント、構造アライメント、PDB（タンパク質データバンク）座標、RMSD統計、差分距離プロット、重ね合わせた分子の画像（静的およびインタラクティブの両方）を生成します。^{[ 1 ]} 重ね合わせたすべての構造画像は、[出力オプション]メニューを使用して、ワイヤーフレームまたはリボン、カラーまたはグレースケール、ステレオまたはモノクロとして再フォーマットできます。画像の背景色は、黒から白に切り替えることもできます。

SuperPoseは非常に柔軟性が高く、配列、サイズ、形状に大きな違いがある構造を重ね合わせることができます。そのため、他のほとんどのプログラムやサーバーよりもはるかに多様な重ね合わせクエリや状況を処理できます。特に、SuperPoseは次のような重ね合わせを処理できます。(i) 配列は同一だが構造がわずかに異なるもの。(ii) 配列は同一だが構造が大きく異なるもの（例：カルモジュリンの開型と閉型）。(iii) 配列、長さ、構造がやや異なるもの。(iv) 配列の長さは異なるが構造または配列が類似しているもの。(v) 配列は大きく異なるが構造はほぼ類似しているもの。SuperPoseは、ペアワイズおよびマルチプル構造の重ね合わせを計算できます。また、α炭素、主鎖原子、重原子、およびすべての原子の平均およびペアワイズRMSD値を生成できます。配列が同一の場合、SuperPoseは「残基ごと」のRMSDテーブルとプロットを生成し、ユーザーは個々の残基のシフトまたは位置ずれを識別、評価、表示できます。

• 構造アライメント
• 四元数

SuperPoseウェブサーバー