アラン・ガルシア大統領の2期目( 2006年~2011年)は、1980年代のガルシア大統領1期目の危機から回復し、国の経済成長が順調に進んだことから始まった。アルベルト・フジモリ大統領(1990年~2000年)とアレハンドロ・トレド大統領(2001年~2006年)は、ガルシア政権の危機後、新たな新自由主義経済政策で政権運営を開始した。
国家選挙管理委員会が全票の集計を完了し、アラン・ガルシア・ペレスがペルーの新大統領に選出されたことを確認した後、2006年6月21日、国家選挙委員会は彼を次期大統領と認定し、2001年の選挙で対立候補だったアレハンドロ・トレドの後任とした。
政権移行期間中、ガルシア氏は自身の次期政権の方針となる数々の発表を行った。主な発表内容としては、漁業省と将来の文化スポーツ省の創設が挙げられる。また、ガルシア氏は内閣の人選についても発表し、女性の平等問題を選挙運動の中心に据えていた野党党首のルルド・フローレス氏から称賛を受けた。
ガルシア・ペレス氏は7月11日、キリスト教人民党党首で国民統一党(ペルー)の指導者であるルルド・フローレス氏と会談した。フローレス氏の自宅で行われたこの会談は1時間にわたり、ペルーの現状に関する様々な話題が話し合われた。ガルシア氏は当初、フローレス氏に閣僚ポストを提示したことを否定したが、数週間後にペルー首相のポストと連立政権への参加を提案したと釈明した。
7月20日、彼は閣僚2名を発表した。ホセ・アントニオ・ガルシア・ベラウンデが外務大臣に、ルイス・カランサが経済財務大臣に任命された。ガルシア・ベラウンデの任命は官民両部門から歓迎されたが、カランサは経済界と経済問題の専門家からのみ好意的に受け止められた。ペルー労働者総連合とペルー労働組合の代表は、カランサの任命をアレハンドロ・トレドとアルベルト・フジモリの新自由主義モデルの継続であり、ルルド・フローレスの右派への接近であると評した。フローレスはカランサの大臣への任命を「異例」と評した。
私生活の一環として、10月23日にジャーナリストのセサル・ヒルデブラントによる記事が掲載された後、ガルシア大統領が妻のピラール・ノレスとの間に6人目の婚外子をもうけていたことが確認された。フェデリコ・ダントン・ガルシア・チーズマンは、2005年に妻と別居した後も続いた関係から生まれた息子として大統領に認知された。ガルシア大統領は息子を公に認めたことで国会議員からすぐに称賛を受けたが、ルルド・フローレス(野党党首)やダニエル・アブガッタス議員などは、ガルシア大統領を「不貞」だと、ピラール・ノレスを「夫のどんな不満も受け入れる」と批判した。
2007年10月、彼は国家反汚職局の設立とカロリーナ・リサラガを局長に任命することも発表した。この発表は会計検査院、検事総長、最高裁判所長官から「機能の重複」になる可能性があるとして批判された。
2006 年 7 月 28 日、権力移譲式が行われました。式典には、ブラジルのルイス・イナーシオ・ルーラ・ダ・シルバ大統領、ボリビアのエボ・モラレス、チリのミシェル・バチェレ、パラグアイのニカノール・ドゥアルテ・フルトス、ホンジュラスのマヌエル・セラヤ、コロンビアのアルバロ・ウリベ、パナマのマルティン・トリホス・エスピノ、エクアドルのアルフレッド・パラシオ・ゴンザレス、エルサルバドルのアントニオ・サカ大統領が出席した。アストゥリアス王子、アルジェリア上院議長アッベルカデル・ベンサラ、中国文化大臣鄭建成、ルクセンブルク副首相兼外務大臣ジャン・アッセルボルム、ポーランド国務長官アンドジェク・クロチク。他国を代表して、アルゼンチン、ウルグアイ、米国、ロシア、中国、ルクセンブルク、メキシコ、アルジェリア、日本などの代表団が訪問した。アラン・ガルシアは午前11時41分(ペルー時間)に大統領に就任したが、大統領のリボンを議会議長のメルセデス・カバニージャスが付けなかったため、ガルシア自身が付けた。これは彼の身長の高さによるものだが、目立ちたいという願望からそうしたと考える人もいる。
ガルシア・ペレスは2006年7月28日に大統領に就任し、ペルー国家の政治職の給与を削減する多数の法案と政令を提出した。国防大臣のアラン・ワグネルは、チリとの軍事費支出の再開が承認されたと発表したが、このニュースはチリ外務大臣のアレハンドロ・フォックスリーによって確認された。2006年8月4日、ガルシア・ペレスはスペインの第一副首相マリア・テレサ・フェルナンデス・デ・ラ・ベガと会談し、スペインとペルーの関係について話し合った。フェルナンデス・デ・ラ・ベガはまた、ペルーの先住民コミュニティに対するスペインの支援やペルーへの投資についても話した。
ガルシア・ペレスは8月5日、ペルーのホルヘ・デル・カスティージョ首相、ベロニカ・ザバラ・ロンバルディ運輸通信大臣、セサール・ズマエタ下院議員を伴ってプーノとタクナを訪れた。ペルー内陸への最初の旅行で、プーノは新しいゾーンとタクナでアドミラル・グラウ橋とタクナ鉄道局を重要視するよう制定した。
選挙公約の一環として、8月8日、児童強姦犯に対する死刑復活に関する国民投票を提案した。この提案は、ルルド・アルコルタ議員やルイサ・マリア・ククリサ議員などから即座に支持されたが、ルイス・ジャンピエトリ副大統領とルルド・メンドーサ・デル・ソラール副大統領からは反対された。ペルー共和国議会は、大統領の提案を受け入れるかどうか内部で議論することになった。この発表は、内閣内でも意見の対立を引き起こした。
運輸通信大臣のベロニカ・ザバラ氏は、ガルシア政権下でペルー国内の複数の空港でコンセッション契約が締結されたと発表した。また、ピラール・マゼッティ内務大臣は、ペルー国家警察向けに200台以上のオートバイを購入する「クモの巣計画2」を開始した。同氏はまた、ガルシア政権下では、緊縮財政政策が認められたため、今後9か月間で警察官の給与が増加する可能性があると発表した。8月18日、同氏は、ルイス・ジャンピエトリ副大統領、ルルド・メンドーサ副大統領、アラン・ワグナー国防大臣が議長を務める会議で「フリゲート艦BAPボロニェージ」を受け取った。同日、多数のタクシー運転手を医療制度に統合する法律が、マウリシオ・マルデル下院議員と数人の党員が同席する大統領官邸での式典で施行された。
8月20日、建設業界はガルシア・ペレス政権が選挙公約を果たしていないとして、全国ストライキを発表した。ルイス・ゴンサレス・ポサダ率いる政治家たちは、この声明は矛盾しているとして拒否し、オジャンタ・ウマラもこの緊縮策を引き起こしたとして非難された。示されているように、アラン・ガルシアは2006年8月22日に社会健康保険(EsSalud)に加入し、アレハンドロ・トレドも生命保険に加入していた。
翌日、ヤナコチャ鉱山は村人たちの抗議にもかかわらず、操業を完全に停止した。ホルヘ・デル・カスティージョ、フアン・バルディビア、ピラール・マゼッティは、このような結果を招く紛争を許したとして、すぐに職務怠慢の烙印を押された。8月29日、ペルー首相府での困難な交渉の後、ヤナコチャ・カハマルカのニーズに対応し、鉱山の門を再び開くことで合意した。
2006年9月8日、教育大臣ホセ・アントニオ・チャンと労働大臣スサナ・ピニージャと共に、識字率向上プロジェクトを開始した。政府はこのプロジェクトを支援するために年間約3億5000万ペルー・ニューソルを投資し、2011年までに識字率向上を目指した。翌日、ペルー労働者総連合とオジャンタ・ウマラが主導する政府に対する最初の大規模なデモが発生し、リマの主要道路で大渋滞を引き起こした。このデモは、ガルシアが選挙公約を果たすよう求めるものであった。
事故をこれ以上起こさないために、ガルシアは「ゼロトレランス」計画を開始し、レキスタさえ満たさず、道路を走行できない車両を取り締まった。彼はベロニカ・ザバラ・ロンバルディと共に活動した。2007年1月8日、ペルーの教師を対象とした評価が実施されたが、ペルー教育労働者労働組合とその事務総長カリダッド・モンテスは、このプログラムを不適切であるとして拒否し、また、犠牲者が教師であるという悪魔化も問題視した。このプロセスは、重要な政治指導者や社会指導者の承認を得て、ガルシア大統領によって提案された。2007年1月11日、議会はテロ行為を行った者に死刑を適用するという彼の計画を否決し、APRAとフジモリ派に賛成票を投じ、国民党、ウペピスタ、国民統一党、議会党のメンバーに反対票を投じた。しかし同日、この問題について国民に問うための国民投票を提案した。ただし、憲法は基本的人権(この場合は生命)を制限する国民投票を認めていないため、憲法改正の前に実施されることになる。
この件に関して、両野党指導者から批判を受けた。オジャンタ・ウマラ氏は、米州人権裁判所への提訴に関する大統領の見解に反対を表明し、ペルーは同裁判所の規則を遵守しなければならないと主張した。同様に、ルルド・フローレス氏は、ガルシア大統領は、銀行の国有化や対外債務の不払いといった、前任期中の「気まぐれな行動」に戻ることはできないと述べた。
2008年10月、政府高官が外国企業への石油鉱区の引き渡しについて交渉する音声が流出した。ホルヘ・デル・カスティージョ首相とフアン・バルディビア大臣が関与する音声が明らかになった後、閣僚はアラン・ガルシア大統領に辞任した。ガルシア大統領は嘆きつつも、閣僚の辞任を受け入れた。閣僚の辞任後、ランバイエケ州知事のイェフデ・シモンがホルヘ・デル・カスティージョの後任としてペルー首相に任命された。
2009年6月5日、メルセデス・カバニージャス内務大臣は、バグア地域で封鎖していたアマゾン先住民が占拠した道路を警察が奪還するよう命じた。先住民は、行政機関が制定した、未耕作地の非再生可能資源および再生可能資源の開発に関する特別法令に抗議していた。封鎖解除の試みで、先住民10人と警察官24人が死亡した。目撃者によると、殺害された先住民の遺体は川に投げ込まれた。さらに、派遣された警察官のかなりの部分が、非武装の先住民グループによって処刑された。これらの事実は、オンブズマンも国連特別調査団も確認できなかった。その後、議会はイェフデ・シモン首相とメルセデス・カバニージャス大臣を追及し、両者に対する不信任決議案を提出したが、否決された。7月8日、アラン・ガルシアは7月11日の内閣改造を発表し、ハビエル・ベラスケスが首相に任命された。
2006年の国内総生産(GDP)の成長率はほぼ8%で、次の2年間は9%近くまで伸びましたが、2009年の世界金融危機の影響で1.12%に落ち込み、2010年には8.78%のプラスとなりました。さらに、当初の予測が5.3%だったにもかかわらず、5年間でGDPは7.2%成長しました。確かに、鉱業と金属の国際価格がこのような重要な数字の原因となっています。中央準備銀行(BCR)によると、6月末時点での純国際準備高は470億5900万米ドルです。ペルーは、主要な買い手である米国、中国などを襲った世界的な大不況を、経済の適切な管理によって乗り越えることができました。
ニュアンスは異なるものの、ペルーの輸出ブームの一因は、積極的な自由貿易協定(FTA)締結政策にある。この政策は、例えば生物多様性の保護や医薬品問題においてペルーにとってより有益であったかもしれないが、同時に、未開拓市場への主要製品の進出をもたらした。米国、チリ、中国とのFTAに加え、カナダ、シンガポール、EFTA(スイス、リヒテンシュタイン、アイスランド、ノルウェー)、タイ、韓国、メキシコ、欧州連合ともFTAを締結している。
2006年7月27日、アラン・ガルシアは、ガルシア・ペレスの親友でありAPRA事務総長でもあるホルヘ・デル・カスティージョが議長を務める初代閣僚評議会のメンバーを発表した。注目すべきは、ペルー史上最多でラテンアメリカでも最多の5人の女性閣僚、そしてトレド政権の独立系労働者多数が閣僚に含まれていたこと、一方、APRAメンバーはわずか7人だったことである。2007年2月にマゼッティが辞任すると、閣僚には5人の女性と1人のAPRAメンバーが加わった。
8月12日から15日にかけて、住宅大臣のエルナン・ガリード・レッカは、入札なしで実施される予定の工事について国民に嘘をついたとして、国会議員で元国務大臣のカルロス・ブルースと口論になった。翌日、彼はホルヘ・デル・カスティージョと会談し、意見の相違を解消した。同じ日、労働大臣のスサナ・ピニージャは、前任者のカルロス・アルメリアが「都市開発」プログラムで重大な汚職行為を犯し、品質に応じて金銭を徴収し、それを信頼する側近やアレハンドロ・トレドに渡していたと述べた。また、ピラール・マゼッティは、2005年に消滅したペルー内務省のポストに親友を就かせたとして告発された。
2006年8月25日、信任投票を得るため、ペルー議会で非公式会合が開かれた。その際、ビクトル・アンドレス・ガルシア・ベラウンデ議員は、ホルヘ・デル・カスティージョ内閣のプレゼンテーションを中断し、バレンティン・パニアグアの死去を発表した。後にパニアグアは死亡していないことが確認されたが、出席者の間で動揺と安堵が広がり、彼らは「死後」の追悼として1分間の黙祷を捧げた。その後、ミロ・ルイス議員は、ペルーエネルギー鉱山省のホルダー大臣に「ひざまずき」をした。彼と彼の選挙区の住民によれば、政府は鉱山労働者と「ひざまずいて」交渉しているからだという。
最終的に、議会での討論の後、APRA党、国民統一議会グループ、フジモリ派議会同盟の支持を得た。ペルー連合のメンバーは棄権し、ペルー国民党は反対票を投じた。賛成68票、反対69票。2006年9月9日、元第一副大統領候補のアルトゥーロ・ウッドマンがペルースポーツ研究所の会長に任命された。同研究所は省ではないが、閣僚級の地位にある。
2007年2月24日、ピラール・マゼッティは、ホルヘ・デル・カスティージョが率いる内閣の第一階である内務大臣の職を辞任した。ピラール・マゼッティの後任には、同年2月26日に宣誓就任した元副大統領のルイス・アルバ・カストロが就任した。同様の問題は、フアン・ホセ・サラザールが農務大臣を辞任し、経済学者のイスマエル・ベナビデス・フェレイロスが後任となった際にも発生した。
2007年10月、ガルシア大統領はホルヘ・デル・カスティージョ首相によって閣僚人事を発表し、首相がそれを何らかの形で承認した。これはペルーでは「画期的な出来事」と見なされるかもしれない。ペルー首相の辞任なしに閣僚人事が話題になったのはこれが初めてだからだ。報道機関から流れた噂の中には、ベロニカ・サバラ・ロンバルディ、マリア・サバラ・バラダレス、カルロス・バジェホス・ソログレンの名前があった。同様に、スサナ・ピニージャが女性省に、ルイス・アルバ・カストロが国防省に「移籍」するという話もあったが、メルセデス・カバニージャスがそのポストに就くという憶測もあった。
しかし、12月19日に閣僚人事が発表され、6人の閣僚交代と4人の新任閣僚が2007年12月20日に宣誓を行った。さらに、2008年5月13日、ガルシアは環境省を創設し、初代大臣はアントニオ・ブラック・エッグとなった。宣誓は同年5月16日、第5回EU-LAC首脳会議の際に行われた。
アマゾンでのバグアスキャンダルの後、イェフデ・シモンは内閣全員とともに辞任した。2009年7月11日、ハビエル・ベラスケスが国会議長に任命された。2010年9月14日、ハビエル・ベラスケスはペルー大統領選に出馬する意向からペルー首相を辞任したが、予備選挙では当選しなかった。ガルシア大統領は教育大臣のホセ・アントニオ・チャンを首相に任命したが、チャンは大学の世話をする必要があったため、2011年3月までしか続かなかった。ガルシアはロサリオ・フェルナンデス法務大臣を最後の首相兼内閣長に任命した。ガルシア大統領の任期は2011年7月28日に終了したが、次期大統領のオジャンタ・ウマラに大統領リボンを授与することはなかった。