シフトコール

シフトコール
コンテンツ
説明	タンパク質化学シフトの再参照
; キャプチャされたデータの種類	データ入力: BMRB または SHIFTY 形式の化学シフト割り当てと対応する 3D タンパク質構造 (PDB 形式);データ出力: 参照補正された化学シフト割り当て
接触
研究センター	アルバータ大学
研究室	デイビッド・ウィシャート博士
主な引用
アクセス
Webサイト	http://shiftcor.wishartlab.com/
その他
キュレーションポリシー	手動でキュレーション（最終更新: 2003）

SHIFTCOR (Shift Correction) は、タンパク質化学シフトの再参照を行うための無料で利用できるウェブサーバーおよびスタンドアロンのコンピュータープログラムです。^[1] 化学シフトの参照は、生体分子のNMRにおいて特に広く見られる問題で、既存のNMR 化学シフト割り当ての最大 25% が不適切に参照されています。^[1] これらの参照の問題の中には、1.0 ～ 2.5 ppm の系統的エラーにつながるものもあります (特に 13C および 15N 化学シフト)。この規模のエラーは、タンパク質間の割り当てを比較したり、化学シフトを構造的に解釈したりする試みを台無しにする可能性があります。どのタンパク質が誤って割り当てられているか、または不適切に参照されているかを特定することは困難であり、エラーが見つかった場合にそれを修正することも困難です。SHIFTCOR プログラムは、これらの化学シフトの参照の問題を特定して修正するのに役立つように設計されています。具体的には、ペプチドやタンパク質の1H、13C、15N バックボーンの化学シフトを、観測された化学シフトと、対象のタンパク質の3D 構造 ( PDB座標を使用) から導き出された予測化学シフトを比較することで比較、識別、修正、再参照します^[1] [1]。予測化学シフトは、 ShiftXプログラムを使用して計算されます。^[2] SHIFTCOR プログラムは、もともと、RefDB と呼ばれる、適切に再参照されたタンパク質化学シフト割り当てのデータベースを構築するために使用されました。^[1] RefDB は、正しく参照された 2000 を超えるタンパク質化学シフト割り当ての Web アクセス可能なデータベースです。もともとはスタンドアロンプログラムとしてのみ利用可能でしたが、SHIFTCOR はその後、Web サーバーとして一般使用するためにリリースされました。

参照

参考文献

^ abcde Zhang, H; Neal, S.; Wishart, DS (2003). 「RefDB: 均一に参照されたタンパク質化学シフトのデータベース」J. Biomol. NMR . 25 (3): 173–195. doi :10.1023/A:1022836027055. PMID 12652131. S2CID 12786364.
^ Neal, S; Nip, A.; Zhang, H.; Wishart, DS (2003). 「タンパク質の1H、13C、15N化学シフトの迅速かつ正確な計算」J. Biomol. NMR . 26 (3): 215–240. doi :10.1023/A:1023812930288. PMID 12766419. S2CID 29425090.

外部リンク

シフトX
参照DB

[pmid12652131-1] Zhang, H; Neal, S.; Wishart, DS (2003). 「RefDB: 均一に参照されたタンパク質化学シフトのデータベース」J. Biomol. NMR . 25 (3): 173–195. doi :10.1023/A:1022836027055. PMID 12652131. S2CID 12786364.

[pmid12766419-2] Neal, S; Nip, A.; Zhang, H.; Wishart, DS (2003). 「タンパク質の1H、13C、15N化学シフトの迅速かつ正確な計算」J. Biomol. NMR . 26 (3): 215–240. doi :10.1023/A:1023812930288. PMID 12766419. S2CID 29425090.