ヨハネという名の教皇の番号付けは、厳密な数字順ではありません。ヨハネという名の正統な教皇は21人いましたが、番号がXXIIIまでになっているのは、中世に生じた2つの聖職者の誤りによるものです。まず、対立教皇ヨハネ16世が番号付けから削除されずに残されたこと、そして、教皇ヨハネ21世がヨハネ14世を2回数えたため、XXという番号が飛ばされたことです。
ヨハネ14世(983~984年)に関する混乱のため、XXという番号は省略されました。この混乱は、『教皇列伝』におけるヨハネ14世の記述のテキスト伝達の誤りに起因しています。この記述は元々、彼の教皇在位期間(「VIII mens.」 =8ヶ月)だけでなく、対立教皇ボニファティウス7世によるその後の投獄期間(「per IV menses」=「4ヶ月」)も明記していました。11世紀、ヨハネ19世の教皇在位後のある時期に、ヨハネ14世に関するこの記述は、2人の異なる「教皇ヨハネ」を指していると誤解されました。最初のヨハネは8ヶ月間在位し、その直後に別のヨハネが4ヶ月間在位したというものです。
この二人のヨハネを区別するにあたり、二番目のヨハネは「ヨハネ14世 bis」(「ヨハネ14世 2世」)と呼ばれるようになり、ヨハネ14世の死後、ボニファティウス7世に反対した歴史上の人物、ロベルトの子である枢機卿助祭ヨハネと混同された。ヨハネ15世から19世はヨハネ14世「bis」の存在を無視していたようであったため、ペドロ・ジュリアンはヨハネ21世という名前を採用することでこの「誤り」を「訂正」した。
これらの計算が19世紀に発見されて以来、教皇は在位中に使用された番号で表記されるようになった。実際にはヨハネ20世という教皇は存在しない。しかし、「ヨハネ15世」から「ヨハネ19世」までは、一部の資料で既に変更された番号付けが用いられていたため、「16世」から「20世」と二重に表記されている。ヨハネ21世も、古い文献では20世と二重に表記されている。
西方教会大分裂の間、教皇位を主張する者が2人いた。ピサ公会議(1409年)は、アレクサンデル5世を教皇に選出することで分裂を終結させようと試みた。しかし、アヴィニョンの対立教皇もローマ教皇も退位を望まなかったため、教皇位を主張する者は3人になった。ピサの対立教皇アレクサンデル5世の後を継いだのはヨハネ23世で、彼は分裂終結のための合意の一環として1415年に退位した。
20 世紀半ばまで、教皇年鑑では、ローマ系が 1409 年まで正統であり、続いてピサ系が 1415 年まで正統であるとされていた。分裂の最後の 3 人の教皇は、グレゴリウス 12 世(1406–1409 年)、アレクサンダー 5 世(1409–1410 年)、ヨハネ 23 世(1410–1415 年) と記載されている。[ 7 ]しかし、ヨハネ 23 世(1958–1963 年) が「疑いようのない正統の 22 人のヨハネ」を挙げて 23 世という称号を再利用することを選んだとき、西方教会の分裂は再解釈された。[ 8 ]これは、グレゴリウス 12 世の在位期間を 1415 年まで延長した現代の教皇年鑑に反映されている。ピサの教皇アレクサンダー 5 世とヨハネ 23 世は現在対立教皇とみなされている。