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| 設立 | 2010年4月 |
|---|---|
| 位置 |
|
| メンバー | 20,366（2022年3月15日現在） |
主要人物 | グラハム・ハットフル博士（HHMI教授）、ダン・ラッセル（ウェブマスター）、デビー・ジェイコブス・セラ（ファージハンティングプログラムコーディネーター）、ウェルキン・H・ポープ博士（研究助教授）、ヴィクネシュ・シヴァナサン博士（HHMIプログラムオフィサー） |
| 所属 | SEA-PHAGES (科学教育同盟 - ゲノム科学と進化科学を推進するファージハンター) |
| Webサイト | phagesdb.org |
アクチノバクテリオファージデータベース（通称PhagesDB）は、インタラクティブで包括的なデータベースベースのウェブサイトで、アクチノバクテリア宿主に感染するウイルスの発見、特徴、ゲノムに関連する情報を収集・共有する。このデータベースは、これらのファージとそのゲノム注釈を比較するために使用され、研究コミュニティが分析のために新しい発見を投稿できるようにしている。このデータベースは、8,000以上のバクテリオファージと、1,600以上の完全に配列されたファージに関する情報を提供している。[1]
デザインと機能
PhagesDBの作成は、サーバーホスティング環境であるDjangoを使用して行われました。 [2] PhagesDBには、データベース内の異なるウイルスごとに個別のエントリがあり、別のGeneMarkページとともに、ユーザーがゲノムの位置を相互参照してデータの正確性を確保できるようにしています。PhagesDBは単独でも使用できますが、NCBI Blastなどの他のバイオインフォマティクスWebサイトと連携して使用すると、より正確であることがわかっています。[3]以下の表は、配列決定されたファージのさまざまなタイプ（細菌宿主属別）と数を示しています。
ユーザーはさまざまな方法でファージのグループに関する情報を閲覧できます。[4] [5] PhagesDBには、Phameratorとの統合によって配列されたファージゲノムに関するアミノ酸レベルの詳細が含まれています。 [6] [7]
データへのアクセスと権利
このデータベースで公開されている情報は誰でも自由に閲覧でき、アプリケーションプログラミングインターフェース（API）も利用可能です。[8] PhagesDBには、新たに行われたゲノム配列など、どの媒体にも存在しない未発表のデータが保存されています。[9]
参照
参考文献
- ^ Russell DA、Hatfull GF、[1]「PhagesDB: アクチノバクテリオファージデータベース」
- ^ 「締め切りのある完璧主義者のための Web フレームワーク | Django」www.djangoproject.com 。 2018 年 4 月 11 日閲覧。
- ^ ラッセル、ダニエル A.; ハットフル、グラハム F. (2017-03-01). 「PhagesDB: アクチノバクテリオファージデータベース」.バイオインフォマティクス. 33 (5): 784–786. doi :10.1093/bioinformatics/btw711. ISSN 1367-4803. PMC 5860397. PMID 28365761 .
- ^ 「アクチノバクテリオファージデータベース」phagesdb.org . 2018年4月11日閲覧。
- ^ 「アクチノバクテリオファージデータベース | ファージの比較」phagesdb.org . 2018年4月11日閲覧。
- ^ 「Phamerator」。phamerator.org 。 2018年4月18日閲覧。
- ^ Cresawn, SG (2011). 「Phamerator: 比較バクテリオファージゲノミクスのためのバイオインフォマティクスツール」BMC Bioinform . 12 :395. doi : 10.1186/1471-2105-12-395 . PMC 3233612. PMID 21991981 .
- ^ 「Swagger UI」。phagesdb.org 。2018年4月16日閲覧。
- ^ 「アクチノバクテリオファージデータベース | 利用規約」phagesdb.org . 2018年4月16日閲覧。
外部リンク
- ホームページ