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| ペンタペプチドリピート | |||||||||||
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 ペンタペプチドリピートタンパク質HetLの構造。[1] | |||||||||||
| 識別子 | |||||||||||
| シンボル | ペンタペプチド | ||||||||||
| パム | PF00805 | ||||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||||
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ペンタペプチドリピートは、タンパク質分子中に複数の縦列コピーとして見られる配列モチーフのファミリーです。[2] [3]ペンタペプチドリピートタンパク質はすべての種に見られますが、シアノバクテリアのゲノムには多くのコピーが見られます。このリピートは、Blackと同僚によってhglKタンパク質で最初に特定されました。[4]その後、Batemanらは、関連するペンタペプチドリピートタンパク質の大きなファミリーが存在することを示しました。[3]ほとんどのタンパク質において、これらのリピートの機能は不明です。しかし、DNAジャイレース阻害剤であるMfpAタンパク質では、ペンタペプチドリピート構造がDNAの構造を模倣していることが示唆されています。[5]このリピートは、 Rfrフォールドとして知られる 規則的な右巻きの4辺のベータヘリックス構造 を形成します。
シーケンス機能
ペンタペプチド繰り返しは、タンパク質配列に見られる特徴です。これは、1 文字のアミノ酸コードを使用してA(D/N)LXX (X は任意のアミノ酸) と大まかに記述できます。この繰り返し配列は、HglK などのタンパク質の多重配列アラインメントやドット プロットで確認できます。ペンタペプチド繰り返しの中央の位置は通常ロイシンであり、位置iとして指定されています。その前の 2 つの位置は、 i -1 およびi -2として知られています。位置 i-2 は通常アラニンです。後続の 2 つの位置は、i +1 およびi +2 で示されます。位置i -2 およびiの側鎖はタンパク質の疎水性内部を指していますが、位置i -1、i +1、およびi +2 の側鎖はタンパク質の表面に露出しています。
構造
ペンタペプチドリピートは、当初、配列から3辺の右巻きβヘリックスを持つことが予測されました。[3]ペンタペプチドリピートタンパク質の最初の結晶構造は、ヘグデと同僚によって解明されたMfpAタンパク質でした。これにより、ペンタペプチドリピートタンパク質（PRP）は4辺のβヘリックス構造を持つことが示されました。[5] 4つのリピートがソレノイドのような構造の1回転を構成します。現在までに8つの異なるタンパク質の構造が解明されています。
参考文献
- ^ ab Ni S、Sheldrick GM、Benning MM、Kennedy MA (2009 年 1 月)。「シアノバクテリア Nostoc sp. PCC 7120 株における異質細胞分化の制御に関与するペンタペプチド反復タンパク質 HetL の 2 Å 解像度結晶構造」。J . Struct. Biol . 165 (1): 47–52. doi :10.1016/j.jsb.2008.09.010. PMID 18952182。
- ^ Vetting MW、Hegde SS、Fajardo JE、et al . (2006年1月)。「ペンタペプチドリピートタンパク質」。 生化学。45 ( 1): 1–10。doi :10.1021/bi052130w。PMC 2566302。PMID 16388575。
- ^ abc Bateman A、Murzin AG、Teichmann SA (1998年6月)。「細菌におけるペンタペプチド反復の構造と分布」。Protein Sci . 7 (6): 1477–80. doi :10.1002/pro.5560070625. PMC 2144021. PMID 9655353 .
- ^ Black K、Buikema WJ、Haselkorn R (1995 年 11 月)。「hglK 遺伝子は、シアノバクテリア Anabaena sp. 株 PCC 7120 における異質細胞特異的糖脂質の局在に必要である」。J . Bacteriol . 177 (22): 6440–8. doi :10.1128/jb.177.22.6440-6448.1995. PMC 177493. PMID 7592418 。
- ^ abc Hegde SS、 Vetting MW、Roderick SL、他 (2005 年 6 月)。「DNA を模倣した Mycobacterium tuberculosis 由来のフルオロキノロン耐性タンパク質」。Science。308 ( 5727 ) : 1480–3。Bibcode : 2005Sci ...308.1480H。doi :10.1126/science.1110699。PMID 15933203。S2CID 20194294 。
- ^ Vetting MW、 Hegde SS、Blanchard JS (2009 年 5 月)。「グルタルアルデヒドによる遊離アミンの還元的環状ペンチル化によるペンタペプチド反復タンパク質の結晶化」。Acta Crystallogr . D . 65 (Pt 5): 462–9。Bibcode : 2009AcCrD..65..462V。doi :10.1107/ S0907444909008324。PMC 2672816。PMID 19390151。
- ^ ab Vetting MW、Hegde SS、Hazleton KZ、Blanchard JS (2007 年 4 月)。「Nostoc punctiforme 由来の 2 つのペンタペプチド反復タンパク質 Np275 と Np276 の融合の構造特性: 祖先タンパク質の復活」。Protein Sci . 16 (4): 755–60. doi :10.1110/ps.062637707. PMC 2203339. PMID 17384236 。
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- ^ Buchko GW、Robinson H、Pakrasi HB、Kennedy MA (2008 年 4 月)。「ペンタペプチド反復タンパク質間の構造的変異に関する考察 - Cyanothece 51142 由来の Rfr23 の結晶構造」。J . Struct. Biol . 162 (1): 184–92. doi :10.1016/j.jsb.2007.11.008. PMID 18158251。
- ^ Ni S、McGookey ME 、 Tinch SL、他 (2011 年 12 月)。「シロイヌナズナのチラコイド腔内のペンタペプチド反復タンパク質 At2g44920 の 1.7 Å 解像度構造」。Acta Crystallographica Section F。67 (Pt 12): 1480–4。doi : 10.1107 /S1744309111037432。PMC 3232121。PMID 22139148。