ピークコール

ピークコーリングは、 ChIP-シーケンシングまたはMeDIP-seq実験の実行の結果としてアラインメントされたリードが濃縮されたゲノム領域を識別するために使用される計算方法です。これらの領域は、タンパク質がDNAと相互作用する領域です。^[1]タンパク質が転写因子の場合、濃縮された領域はその転写因子結合部位（TFBS）です。一般的なソフトウェアプログラムにはMACSがあります。^[2] Wilbanksと同僚^[3]はChIP-seqピークコーラーの調査であり、Baileyら^[4]はChIP-seqデータでのピークコーリングの実用的なガイドラインの説明です。

ピークコーリングは、転写後RNA修飾部位の検出のために、exomePeakなどのソフトウェアプログラムを使用して、トランスクリプトーム/エクソームだけでなく、 MeRIPseq ^[5]またはm6Aseq ^{[6]からのRNAエピゲノムシーケンシングデータに対しても実行できます。}^[7] ピークコーリングツールの多くは、転写因子ChIP-seqのみ、またはDNase-seqのみなど、特定の種類のアッセイに対してのみ最適化されています。^{[8]ただし、DFilter}^[9]などの新世代のピークコーラーは、一般化最適検出理論に基づいており、次世代シーケンシングデータからのタグプロファイル信号のほぼすべての種類に対して機能することが示されています。また、複数のChIP-seq信号を組み合わせて調節部位を検出するなど、このようなツールを使用してより複雑な分析を行うこともできます。^[10]

ChIP-exoの文脈では、このプロセスは「ピークペアコール」として知られています。^[11]

差分ピークコーリングは、2 つの ChIP-seq 信号の有意な差を識別することです。1 段階差分ピークコーリングと 2 段階差分ピークコーリングを区別できます。1 段階差分ピークコーリングは 2 つのフェーズで動作します。まず、個々の ChIP-seq 信号のピークを呼び出し、次に個々の信号を組み合わせて統計テストを適用し、差分ピークを推定します。DBChIP ^[12]と MAnorm ^[13]は、1 段階差分ピークコーリングの例です。

2段階差分ピークコーラーは、2つのChIP-seq信号をセグメント化し、1つのステップで差分ピークを識別します。これらは、隠れマルコフモデルなどの信号セグメンテーション手法を活用します。2段階差分ピークコーラーの例としては、ChIPDiff、^[14] ODIN、^[15]およびTHORがあります。差分ピークコーリングは、RNA結合タンパク質結合部位の解析にも適用できます。^[16]

参照

参考文献

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[pmid27044921-16] Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). 「生体内でのUV架橋により明らかになった転写後調節因子HfqおよびCsrAの全体的RNA認識パターン」EMBO J. 35 ( 9): 991– 1011. doi :10.15252/embj.201593360. PMC 5207318. PMID 27044921 .