オキシSRNA

オキシSRNA
オキシSRNA
	OxySの予測される二次構造と配列の保存性
識別子
シンボル	オキシS
Rfam	RF00035
その他のデータ
RNAタイプ	遺伝子; sRNA
ドメイン	細菌
それで	0000384 ...
PDB構造	PDBe

OxyS RNAは、大腸菌の酸化ストレスに反応して誘導される小さな非コードRNAです。このRNAは、fhlAでコード化された転写活性化因子やrpoSでコード化されたRNAポリメラーゼのシグマサブユニットなど、アンチセンス機構によって40個もの遺伝子の発現を活性化または抑制するグローバルレギュレーターとして機能します。 ^{[1] OxySは}Hfqタンパク質に結合し、OxyS RNAと標的メッセージとの相互作用を増加させます。^[2]^[3] Hfqに結合すると、OxySの構造が変化します。^[4] 109ヌクレオチドのRNAは、3つのステムループで構成されていると考えられています。

標的遺伝子

マイクロアレイ解析により、いくつかの追加ターゲットが予測され、検証されました。^[5]これらは以下の通りです。

yobF – ノーザン分析により確認
ヤイZ
ルマ
wrbA – ノーザン分析により確認
ybaY – ノーザン分析により確認

さらに、 nusG遺伝子によってコードされるmRNAはOxySの直接の標的である。^[6]

参考文献

^ アルトゥヴィア、S;張A;アルガマンL;ティワリ A;ストルツ G (1998)。「大腸菌 OxyS 調節 RNA は、リボソーム結合をブロックすることで fhlA 翻訳を抑制します。」エンボ J . 17 (20): 6069–6075。土井：10.1093/emboj/17.20.6069。PMC 1170933。PMID 9774350。
^ Zhang, A; Wassarman KM; Ortega J; Steven AC; Storz G (2002). 「Sm様Hfqタンパク質はOxyS RNAと標的mRNAの相互作用を増加させる」Mol Cell . 9 (1): 11–22. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00437-3 . PMID 11804582.
^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). 「生体内でのUV架橋により明らかになった転写後調節因子HfqおよびCsrAの全体的RNA認識パターン」EMBO J. 35 ( 9): 991–1011. doi :10.15252/embj.201593360. PMC 5207318. PMID 27044921 .
^ Henderson, CA; Vincent, HA; Casamento, A; Stone, CM; Phillips, JO; Cary, PD; Sobott, F; Gowers, DM; Taylor, JE; Callaghan, AJ (2013 年 8 月)。「Hfq 結合により、rpoS のリボ調節に関与する Escherichia coli の小さな非コード RNA OxyS および RprA の構造が変化する」。RNA . 19 ( 8): 1089–1104. doi :10.1261/rna.034595.112. PMC 3708529 . PMID 23804244。
^ Tjaden B, Goodwin SS, Opdyke JA, et al. (2006). 「細菌中の小さな非コードRNAのターゲット予測」Nucleic Acids Res . 34 (9): 2791–2802. doi :10.1093/nar/gkl356. PMC 1464411 . PMID 16717284.
^ バルシシャット S、エルグラブリー＝ワイス M、エーデルシュタイン J、ゲオルグ J、ゴビンダラジャン S、ハビブ M、ライト PR、ヘス WR、アルトゥヴィア S (2018)。「OxyS small RNA は細胞周期の停止を誘導し、DNA 損傷の修復を可能にします。」エンボ J . 37 (3): 413–426。土井：10.15252/embj.201797651。PMC 5793797。PMID 29237698。

外部リンク

Rfamの OxyS RNA のページ
ncRNA データベースの OxyS エントリ

[1] アルトゥヴィア、S;張A;アルガマンL;ティワリ A;ストルツ G (1998)。「大腸菌 OxyS 調節 RNA は、リボソーム結合をブロックすることで fhlA 翻訳を抑制します。」エンボ J . 17 (20): 6069–6075。土井：10.1093/emboj/17.20.6069。PMC 1170933。PMID 9774350。

[2] Zhang, A; Wassarman KM; Ortega J; Steven AC; Storz G (2002). 「Sm様Hfqタンパク質はOxyS RNAと標的mRNAの相互作用を増加させる」Mol Cell . 9 (1): 11–22. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00437-3 . PMID 11804582.

[pmid27044921-3] Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). 「生体内でのUV架橋により明らかになった転写後調節因子HfqおよびCsrAの全体的RNA認識パターン」EMBO J. 35 ( 9): 991–1011. doi :10.15252/embj.201593360. PMC 5207318. PMID 27044921 .

[4] Henderson, CA; Vincent, HA; Casamento, A; Stone, CM; Phillips, JO; Cary, PD; Sobott, F; Gowers, DM; Taylor, JE; Callaghan, AJ (2013 年 8 月)。「Hfq 結合により、rpoS のリボ調節に関与する Escherichia coli の小さな非コード RNA OxyS および RprA の構造が変化する」。RNA . 19 ( 8): 1089–1104. doi :10.1261/rna.034595.112. PMC 3708529 . PMID 23804244。

[pmid16717284-5] Tjaden B, Goodwin SS, Opdyke JA, et al. (2006). 「細菌中の小さな非コードRNAのターゲット予測」Nucleic Acids Res . 34 (9): 2791–2802. doi :10.1093/nar/gkl356. PMC 1464411 . PMID 16717284.

[pmid29237698-6] バルシシャット S、エルグラブリー＝ワイス M、エーデルシュタイン J、ゲオルグ J、ゴビンダラジャン S、ハビブ M、ライト PR、ヘス WR、アルトゥヴィア S (2018)。「OxyS small RNA は細胞周期の停止を誘導し、DNA 損傷の修復を可能にします。」エンボ J . 37 (3): 413–426。土井：10.15252/embj.201797651。PMC 5793797。PMID 29237698。