膜タンパク質の配向データベース

膜タンパク質配向データベース（OPM）は、脂質二重層に対する膜タンパク質構造の空間位置を提供します。^{[1] [2] [3] [4]}タンパク質の位置は、脂質二重層の暗黙の溶媒和モデルを使用して計算されます。^{[5] [6]}計算結果は、膜貫通タンパク質と膜周辺タンパク質の空間配置の実験研究に対して検証されました。^{[4] [7] [8] [9] [10] [11] [12]}

タンパク質構造は、Protein Data Bankから取得されます。OPM では、膜結合タンパク質のファミリーおよびスーパーファミリーへの構造分類、膜トポロジー、膜結合状態のタンパク質の四次構造、および各タンパク質の目的膜の種類も提供しています。計算された膜境界を含む座標ファイルはダウンロード可能です。このサイトでは、 Jmolを通じて膜境界面を含むタンパク質構造を視覚化できます。

このデータベースは、膜関連タンパク質の実験的および理論的研究で広く使用されました。^{[13] [14] [15] [16] [17]} しかし、多くの膜関連タンパク質の構造は、膜内での空間配置が3次元構造から計算によって予測できない場合、データベースに含まれていません。これは、タンパク質のすべての膜アンカー部分（両親媒性 αヘリックス、露出した非極性残基、または脂質化アミノ酸残基）が実験構造にない場合に当てはまります。^{[4]データベースには、}タンパク質データバンクによって提供される主鎖原子のみの低解像度構造も含まれていません。脂質二重層内の低解像度タンパク質構造の計算された空間配置は、PDBTMなどの他のリソースで見つけることができます。^[18]