海軍作戦司令部(SKL)は1937年4月1日に設立された。当初は海軍総司令部(OBdM)と海軍司令部(Marinekommandoamt )の両方と密接に連携しており、海軍総司令官(OBdM)がSKLの長も兼任し、海軍司令部長がSKLの参謀長も兼任していた。1939年8月23日からは両組織が分離され、海軍司令部はSKLの傘下となり、独自の長と参謀を擁するようになった。SKLは海軍作戦の計画と実行を主導し、海軍部隊の配置を指揮したが、戦争中は権限が非国内海域に限定され、1943年2月にデーニッツが海軍総司令官に任命されると、Uボート作戦の指揮権も失った。 1944年5月1日、SKL参謀長はChef der Seekriegsleitungに改称された。同部署はその後、輸送船、封鎖突破船、補助巡洋艦、補給船として活動する艦隊部隊の指揮を担うことになった。
海軍司令部( Marinekommandoamt )は、1936年1月11日にOKMの設立とともに設立されたが、それ以前は1920年から海軍指導部(Marineleitung)内に存在していた。海軍最高司令官(Oberbefehshaber der Marine)の指揮下にあった海軍司令部長は、1937年4月からSKLの参謀長も兼任した。1939年半ばに両部署は分離され、海軍司令部長はSKLの参謀長の指揮下にあった。1942年からは、同部署はクアルティエマイスターアムト(Quartiermeisteramt)としても知られ、1943年4月20日からは、司令官はアドミラルクアルティエマイスター(Admiralquartiermeister )と改称された。1944年5月1日、同部署は正式にクアルティエマイスターアムトと改称された。海兵隊司令部は、海軍作戦に加え、人員配置、補給、情報収集、訓練、沿岸防衛、防空といった分野にも責任を負っていた。