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神経科学情報フレームワークは、実験神経科学、臨床神経科学、トランスレーショナル神経科学のデータベース、知識ベース、アトラス、遺伝子／ゲノムリソースなど、世界中の神経科学ウェブリソースのリポジトリであり、ウィキペディアの神経科学ポータル全体にわたって多くの信頼できるリンクを提供しています。
神経科学情報フレームワーク（NIF）は、米国国立衛生研究所（NIH）が2004年に設立した神経科学研究のためのNIHブループリントのイニシアチブです。[ 1 ]
NIFの開発は2008年に始まり、カリフォルニア大学サンディエゴ校医学部が「インターネットに接続されたどのコンピュータからでも科学者や学生がアクセスできる、ウェブベースの神経科学データ、リソース、ツールの動的なインベントリ」を作成および維持するためのNIH契約を獲得した。[ 2 ] [ 3 ]このプロジェクトは、カリフォルニア大学サンディエゴ校に本部を置く学際的な生物システム研究センター（CRBS）の一部である国立顕微鏡およびイメージング研究センター（NCMIR）の共同ディレクターであるメアリーアン・マートンが率いている。マートンは、共同主任研究者のジェフリー・S・グレテとアマナス・グプタとともに、イェール大学、カリフォルニア工科大学、ジョージ・メイソン大学、ハーバード大学、セントルイスのワシントン大学の研究者を含む全国的な協力を率いている。
一般的な検索エンジンとは異なり、NIFは神経科学に関連する特定のリソースへのより深いアクセス、神経科学に特化した検索戦略、そして従来ウェブ検索エンジンでは「隠されていた」コンテンツへのアクセスを提供します。NIFは、神経科学データベースの動的なインベントリであり、生物医学用語の統一システム（NeuroLexなど）で注釈付けされ、統合されています。NIFは、生物学的構造の複数のスケールと生物学的機能の複数のレベルにわたる概念ベースのクエリをサポートし、結果の検索と理解を容易にします。NIFはまた、リソース提供者が神経科学研究に関連するリソースの可用性を公開できるレジストリも提供します。NIFは、それ自体が倉庫やリポジトリになることを意図したものではなく、ウェブを介して利用可能な他のリソースを公開および検索するための手段です。
NIFSTD、またはNIF標準オントロジーには、神経科学に役立つ用語、同義語、略語の多くに加え、神経伝達物質別、回路役割別、米国国立薬物乱用研究所による乱用薬物分類など、さまざまな特性に基づく細胞クラスなどの動的なカテゴリが含まれています。任意の用語（関連する同義語を含む）または動的なカテゴリ（すべての用語とその同義語を含む）を使用して、NIFが現在インデックス化しているすべてのデータを同時にクエリできます。以下にいくつかの例を示します。
NIFコンテンツは、カタログ（NIFレジストリ）と詳細なデータベース検索（NIFデータフェデレーション）として考えることができる。
現在利用可能なリソースの一覧は、www.neuinfo.org/registry で確認できます。
NIFの理念は、科学データベースには膨大な数のインターフェースがあり、中には非常に複雑なものもあるものの、それらを統一的に閲覧・検索できる方法が必要だという点にあります。この統一的な検索方法はサービスにも拡張され、開発者はNIFで行われた研究成果を活用し、NIFインターフェースを通じて利用可能なすべてのデータにアクセスすることで、自身のアプリケーションを強化できるようになりました。
NIFを通じてデータが公開されると、Webサービスを通じて即座に利用可能になります。これらのRESTful Webサービスは、他のアプリケーションに組み込むことができるプログラミング機能と考えることができます。現在、データはXMLフィードとしてクエリおよび取得でき、DOMEOやEagle iなど、他のいくつかのサイトもサービスを介してNIFデータを取得しています。開発者は、http://neuinfo.org/developersで入手できるWADLファイルを参照することで、データへのアクセス方法を学ぶことができます。
以下は、学生がアクセスしたり、アプリケーション開発に使用したりできる、いくつかの公開RESTfulサービスです。
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
URLには、注釈を付けたいテキスト（入力）である「小脳は素晴らしいものです」が含まれています。これを変更するには、他のテキストを使用してみてください。サービスからの出力は、小脳という用語が認識され、それが解剖学的構造の一種であることを示すSPANタグ付きの文を返します。認識されなかった用語は、SPANタグなしで返されます。なお、longestOnly=trueパラメータはオプションです。これは、最も長い用語セットのみが認識されることを意味し、この例では違いはありませんが、海馬ニューロンのような用語では、1つの応答しか返されません。
開発者は、識別子が一意であり、定義、同義語、他の脳領域、場合によっては画像にリンクされているため、span タグを使用して認識された用語に関する情報を取得できます。人間が読めるバージョンについては、以下を参照してください。
* http://neurolex.org/wiki/Birnlex_1489
機械可読版については、以下を参照してください。
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
上記の例では「hippocampu」という文字列に対する補完候補を示していますが、URLに他の文字の組み合わせを入力してみることもできます。サービスが返すのは、この文字列に一致する用語のセットで、例えば「Hippocampus」や「many hippocampal cells」などが含まれます。
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
NIFレジストリはデータソースであり、このサービスは特定の検索語に一致するレジストリ内のすべての項目を返します。この場合、検索語はmiame（miame標準）です。このデータ取得機能を使用するには、miameという語に加えて、またはmiameの代わりに、このURLの末尾に検索語を入力します。これは、ここにある検索ボックスに検索語を入力するのと同じように機能します。
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
なお、データソースの利用規約を必ずご確認ください。利用規約はNIFで提供されていますが、アプリケーションに組み込みたい個々のソースにも確認することをお勧めします。上記で説明したデータはすべてNIFが所有しており、クリエイティブ・コモンズ表示ライセンスの対象となっているため、自由に配布および共有できます。