NeuroLexは、 NIHの神経科学研究ブループリントによって資金提供されている神経科学情報フレームワークプロジェクトによってサポートされている神経科学概念の語彙集です。 [ 1 ]これはNIF知識ベースの語彙部分であり、NeuroLexは文献レビューを容易にし、実験神経科学、臨床神経科学、国際神経科学、および遺伝子とゲノムのリソースに関するトピックについて、研究者間で一貫した用語と使用法を保証することを目的としています。 [ 2 ]これは、セマンティックメディアウィキを使用してセマンティックウィキとして構成されています。
NIFは、神経科学に関連するリソースへのアクセス、この分野に特化した検索戦略、そして従来ウェブ検索エンジンでは「隠されていた」コンテンツへのアクセスを提供します。このフレームワークは、神経科学データベースのインベントリであり、生物医学用語の統一システム（NeuroLex）と統合され、注釈が付けられています。NIFは、生物学的構造の複数のスケールと生物学的機能の複数のレベルにわたる概念ベースのクエリをサポートします。
NIFの一環として、神経科学に関するさまざまな情報源やデータへの検索インターフェースが提供されています。この検索をより効果的にするために、NIFは神経科学の概念を階層構造に整理するのに役立つオントロジーを構築しています。例えば、「ニューロンは細胞である」といった定義です。これにより、ユーザーはより効果的な検索を実行し、返された情報を整理して理解できるようになります。しかし、この活動において重要なのは、データの説明に使用されるすべての用語を明確に定義することです。
コンテンツ
NeuroLexの初期エントリは、以前の語彙集であるBIRNLexを包含するNIFSTDオントロジーに基づいて構築されました。現在、NeuroLexには、肉眼解剖学、神経系の細胞、細胞内構造、疾患、機能、および技術に関する概念が含まれています。NIFは、コンテンツの追加と既存情報の修正のために、コミュニティからの情報提供に依存しています。
さらに読む
NIFは、2008年9月に発行されたNeuroinformatics誌の特集号で紹介されました。
- Bug WJ、Ascoli GA、Grethe JS、Gupta A、Fennema-Notestine C、Laird AR、Larson SD、Rubin D、Shepherd GM、Turner JA、Martone ME (2008年9月)。「NIFSTDとBIRNLexの語彙：神経科学のための包括的なオントロジーの構築」。Neuroinformatics。6 ( 3 ) : 175–94。doi : 10.1007/s12021-008-9032-z。PMC 2743139。PMID 18975148。2009年2月12日にオリジナルからアーカイブ済み。
- Gardner D、Akil H、Ascoli GA、Bowden DM、Bug W、Donohue DE、Goldberg DH、Grafstein B、Grethe JS、Gupta A、Halavi M、Kennedy DN、Marenco L、Martone ME、Miller PL、Müller HM、Robert A、Shepherd GM、Sternberg PW、Van Essen DC、Williams RW (2008 年 9 月)。「神経科学情報フレームワーク: 神経科学のためのデータと知識環境」。Neuroinformatics。6 ( 3 ) : 149–60。doi : 10.1007/s12021-008-9024 - z。PMC 2661130。PMID 18946742。
- Gardner D 、 Goldberg DH 、Grafstein B、Robert A、Gardner EP (2008 年 9 月)。「神経科学データ発見のための用語：マルチツリー構文と研究者由来のセマンティクス」。Neuroinformatics。6 ( 3): 161–74。doi : 10.1007 / s12021-008-9029-7。PMC 2663521。PMID 18958630。
- Gupta A、Bug W、Marenco L、Qian X、Condit C、Rangarajan A、Müller HM、Miller PL、Sanders B、Grethe JS、Astakhov V、Shepherd G、Sternberg PW、Martone ME (2008 年 9 月)。「神経科学情報フレームワーク (NIF) における異種情報リソースへの連合型アクセス」。Neuroinformatics。6 ( 3 ) : 205–17。doi : 10.1007/s12021-008-9033 - y。PMC 2689790。PMID 18958629。
- Halavi M、Polavaram S、Donohue DE、Hamilton G、Hoyt J、Smith KP、Ascoli GA (2008 年 9 月)。「NeuroMorpho.Orgによるデジタル神経科学の実装: 高密度カバレッジと NIF との統合」。Neuroinformatics。6 ( 3 ): 241–52。doi : 10.1007 / s12021-008-9030-1。PMC 2655120。PMID 18949582。
- Marenco L 、Ascoli GA、Martone ME、Shepherd GM、Miller PL （2008年9月）。「NIF LinkOutブローカー：NCBI識別子を使用したフェデレーションデータ統合を促進するWebリソース」。Neuroinformatics。6（3 ）： 219–27。doi ： 10.1007 / s12021-008-9025 - y。PMC 2704600。PMID 18975149。
- Marenco L、Li Y 、Martone ME、Sternberg PW、Shepherd GM、Miller PL（2008年9月）。「神経情報学情報フレームワークのためのパイロット版概念ベースクエリインターフェースの設計における課題」。Neuroinformatics。6（3）：229–39。doi ： 10.1007 / s12021-008-9035-9。PMC 2664632。PMID 18953674。
- Müller HM、Rangarajan A、Teal TK、Sternberg PW（2008年9月）。「神経科学のためのTextpresso：数千の神経科学研究論文の全文検索」。Neuroinformatics。6 （3）：195–204。doi：10.1007/ s12021-008-9031-0。PMC 2666735。PMID 18949581。
外部リンク
- NeuroLexサイト
- 神経科学情報フレームワーク（NIF）ウェブサイト
- 米国国立衛生研究所（NIH）NIFウェブサイト
- NeuroLexのバイオインフォマティクスリソース
