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| 原作者 | コリン・W・グラス、シュテフェン・ライザー、ガボール・ルトカイ、シュテファン・デューブライン、アンドレアス・ケスター、ガブリエラ・ゲバラ＝カリオン、アメール・ワファイ、マルティン・ホルシュ、マルティン・ベルンロイター、トルステン・ウィンドマン、カイ・ランゲンバッハ、デヴィッド・セルニー、セルゲイ・プロコペフ、イザベル・ニッケ、トルステン・メルカー、シュテファンドゥブラン、ベルンハルト・エックル、ユルゲン・ストール、セルゲイ・V・リシュチュク、デニス・サリッチ、ジョシュア・マルクス、タチアナ・ヤンゼン、マイケル・シャッパルズ、ロビン・フィンガーハット、マクシミリアン・コーンズ、サイモン・シュテファン、ハンス・ハッセ、ヤドラン・ヴラベック |
|---|---|
| 開発者 | カイザースラウテルン工科大学、ベルリン工科大学、HLRS シュトゥットガルト |
| 初回リリース | 2011年 |
| 安定版リリース | 2021年5月1日 / 2021年5月29日 |
| リポジトリ | ホームページ |
| 書かれた | フォートラン |
| オペレーティング·システム | Linux、macOS、Windows |
| プラットフォーム | x86、x86-64 |
| サイズ | 250MB |
| 利用可能 | 英語 |
| タイプ | 分子動力学、モンテカルロ |
| ライセンス | クリエイティブ・コモンズ CC by NC 3.0 |
| Webサイト | ホームページ |
ms 2 は非商用の分子シミュレーションプログラムです。 [1] [2] [3] [4]分子動力学とモンテカルロシミュレーションアルゴリズムの両方で構成されています。 ms 2 は流体の熱力学的特性を計算するために設計されています。 ms 2 を使用すると、相平衡、輸送、熱量特性など、多数の熱力学的特性を簡単に計算できます。 ms 2 は均質状態のシミュレーションに限定されています。
特徴
ms 2 には、分子動力学 (MD) とモンテカルロの 2 つの分子シミュレーション手法が含まれています。ms 2 は、純粋成分と多成分混合物の気液平衡の計算をサポートしています。ms 2 には、さまざまな相平衡計算方法が実装されています。 さらに、ms 2 は、NpT、NVE、NVT、NpH などのさまざまな古典的アンサンブルをサンプリングできます。 化学ポテンシャルを評価するために、Widom のテスト分子法と熱力学積分が実装されています。 また、輸送特性のサンプリングアルゴリズムもms 2 に実装されています。 輸送特性は、Green-Kubo 形式と Einstein 形式に従った平衡 MD シミュレーションによって決定されます。
アプリケーション
ms 2 は、化学工学アプリケーション[5] [6] [7] [8]における流体の熱物性予測や、科学計算、ソフトマター物理学[9] [10]に頻繁に使用されています。モデル流体と実際の物質の両方のモデリングに使用されています。ms 2 には、レナード・ジョーンズ・ポテンシャル、ミー・ポテンシャル、静電相互作用 (点電荷、点双極子、点四極子)、外力など、多数の相互作用ポテンシャルが実装されています。MolMod データベース[11]などのデータベースの力場は、ms 2で簡単に使用できます。
参照
参考文献
- ^ グラス、コリン・W.;ライザー、ステフェン。ルトカイ、ガボール。ドゥブラン、ステファン。ケスター、アンドレアス。ゲバラ＝カリオン、ガブリエラ。ワファイ、アメール。ホルシュ、マーティン。ベルンロイター、マーティン。ウィンドマン、トルステン。ハッセ、ハンス（2014 年 12 月）。 「ms2: 熱力学物性分子シミュレーションツール 新バージョンリリース」コンピュータ物理通信。185 ( 12) : 3302–3306.arXiv : 1507.07548。Bibcode :2014CoPhC.185.3302G。土井：10.1016/j.cpc.2014.07.012。ISSN 0010-4655。S2CID 7271270。
- ^ Deublein, Stephan; Eckl, Bernhard; Stoll, Jürgen; Lishchuk, Sergey V.; Guevara-Carrion, Gabriela; Glass, Colin W.; Merker, Thorsten; Bernreuther, Martin; Hasse, Hans; Vrabec, Jadran (2011 年 11 月). 「ms2: 熱力学特性の分子シミュレーション ツール」. Computer Physics Communications . 182 (11): 2350– 2367. Bibcode :2011CoPhC.182.2350D. doi :10.1016/j.cpc.2011.04.026. ISSN 0010-4655.
- ^ Fingerhut, Robin; Guevara-Carrion, Gabriela; Nitzke, Isabel; Saric, Denis; Marx, Joshua; Langenbach, Kai; Prokopev, Sergei; Celný, David; Bernreuther, Martin; Stephan, Simon; Kohns, Maximilian (2021年5月). 「ms2: 熱力学特性のための分子シミュレーションツール、リリース4.0」. Computer Physics Communications . 262 : 107860. Bibcode :2021CoPhC.26207860F. doi :10.1016/j.cpc.2021.107860. ISSN 0010-4655. S2CID 264228170.
- ^ Rutkai, Gábor; Köster, Andreas; Guevara-Carrion, Gabriela; Janzen, Tatjana; Schappals, Michael; Glass, Colin W.; Bernreuther, Martin; Wafai, Amer; Stephan, Simon; Kohns, Maximilian; Reiser, Steffen (2017 年 12 月). 「ms2: 熱力学特性の分子シミュレーション ツール、リリース 3.0」. Computer Physics Communications . 221 : 343– 351. Bibcode :2017CoPhC.221..343R. doi :10.1016/j.cpc.2017.07.025. ISSN 0010-4655.
- ^ Linnemann, Matthias; Nikolaychuk, Pavel Anatolyevich; Muñoz-Muñoz, Y. Mauricio; Baumhögger, Elmar; Vrabec, Jadran (2020-03-12). 「実験と分子シミュレーションによる水、メタノール、エタノール、イソプロパノール中の希ガスのヘンリーの法則定数」。Journal of Chemical & Engineering Data。65 ( 3): 1180– 1188。doi : 10.1021 / acs.jced.9b00565。ISSN 0021-9568。S2CID 208749534 。
- ^ Guevara-Carrion, Gabriela; Nieto-Draghi, Carlos; Vrabec, Jadran; Hasse, Hans (2008-12-25). 「分子シミュレーションによる輸送特性の予測: メタノール、エタノール、およびその混合物」. The Journal of Physical Chemistry B. 112 ( 51): 16664– 16674. arXiv : 0906.1717 . doi :10.1021/jp805584d. ISSN 1520-6106. PMID 19367909. S2CID 17757946.
- ^ ドゥブライン、ステファン;エクル、ベルンハルト。ストール、ユルゲン。リシュチュク、セルゲイ V.ゲバラ＝カリオン、ガブリエラ。グラス、コリン・W.メルカー、トルステン。ベルンロイター、マーティン。ハッセ、ハンス。ヴラベック、ヤドラン (2011-12-20)。 「ms2: Ein Werkzeug zur Berechnung の熱力学、Stoffeigenschaften ミッテル、分子シミュレーション」。ケミー・インヂュニア・テクニック。84 ( 1–2 ): 114–120 .土井:10.1002/cite.201100079。ISSN 0009-286X。
- ^ ヴラベク、ヤドラン;ベルンロイター、マーティン。ブンガルツ、ハンス＝ヨアヒム。チェン、ウェイリン。コード、ヴィルフリート。フィンガーハット、ロビン。グラス、コリン・W.グメーリング、ユルゲン。ハンバーガー、ルネ。ハイリグ、マンフレッド。ハイネン、マティアス (2018)。 「SkaSim – 化学産業における分子シミュレーションのための Skalierbare HPC ソフトウェア」。Chemie Ingenieur Technik (ドイツ語)。90 (3): 295–306。土井:10.1002/cite.201700113。ISSN 1522-2640。
- ^ Stephan, Simon; Thol, Monika; Vrabec, Jadran ; Hasse, Hans (2019-10-28). 「レナード・ジョーンズ流体の熱物性：データベースとデータ評価」。Journal of Chemical Information and Modeling。59 (10): 4248– 4265. doi :10.1021/acs.jcim.9b00620. ISSN 1549-9596. PMID 31609113. S2CID 204545481.
- ^ Stephan, Simon; Hasse, Hans (2020-01-23). 「気液界面における分子相互作用：単純流体の二成分混合物」. Physical Review E . 101 (1): 012802. Bibcode :2020PhRvE.101a2802S. doi :10.1103/PhysRevE.101.012802. PMID 32069593. S2CID 211192904.
- ^ Stephan, Simon; Horsch, Martin T.; Vrabec, Jadran; Hasse, Hans (2019-07-03). 「MolMod – 流体の分子シミュレーションのための力場のオープンアクセスデータベース」.分子シミュレーション. 45 (10): 806– 814. arXiv : 1904.05206 . doi :10.1080/08927022.2019.1601191. ISSN 0892-7022. S2CID 119199372.
外部リンク
- 公式サイト