モデルの注釈に必要な最小限の情報

「参照対応」では、モデルを利用するために必要な基本的な参照情報を扱い、モデルファイルの形式やシミュレーション目的でのインスタンス化方法について概略的に説明します。

• モデルファイルは、公開されている標準化された機械可読形式（SBML、CellML、GENESISなど）でエンコードされている必要があります。
• モデルファイルは、そのエンコード方式に関して有効でなければなりません。
• たとえそれが合成モデルであっても、そのモデルには、その由来を詳述した参照説明または出版物を関連付ける必要がある。
• エンコードされたモデル構造は、参照記述に詳述されている（生物学的）プロセスを反映していなければならない。
• モデルはインスタンス化可能でなければならず、シミュレーションに必要な場合は、初期条件などの定量的パラメータを提供する必要がある。
• インスタンス化されたモデルは、参照説明に示されている代表的な結果を、イプシロン（アルゴリズム、切り上げ誤差）の範囲内で再現できる必要があります。

「帰属注釈」は、モデルファイル内に埋め込む必要のある帰属情報を扱います。

• モデルには名前が必要です。
• モデルには、モデルの作成者を特定する参考文献の記述を含める必要があります。
• モデルには、モデル作成者の氏名と連絡先を記載する必要があります。
• モデルの作成日時と最終更新日時を明記してください。モデル履歴は有用ですが、必須ではありません。
• モデルは、「無料で使用できる」か否かにかかわらず、その利用条件と配布条件に関する明確な記述と関連付けられるべきである。

「外部リソース注釈」は、注釈の作成方法を定義します。これらの注釈には、データベース、分類、オントロジーなどのエンティティへの参照が含まれます。注釈の目的の一つは、様々なモデルコンポーネントを明確に識別できるようにすることです。

• 注釈は、知識の断片とモデル構成要素を明確に関連付けるものでなければならない。
• 参照情報は、以下の3つの要素を用いて記述する必要があります{data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}。
  • 注釈は、統一リソース識別子（URI）として表現する必要があります。
  • コレクション固有の識別子は、データ収集の枠組みの中で分析されるべきである。
  • 修飾子（オプション）は、モデルコンポーネントと参照情報との間のリンクをより詳細にするために使用する必要があります。たとえば、「has_a」、「is_version_of」、「is_homolog_to」などです。

既存の修飾子に関する詳細情報はBioModels.netで入手できます。^{[ 4 ]}

これまで、アノテーションは主に手作業で行われてきたため、その永続性を確保するには、永続的なURIの使用が必要でした。アノテーション用の有効かつ一意なURIを生成するには、コミュニティが使用できる共有ネームスペースのカタログを作成する必要があることが認識されました。この機能はMIRIAMレジストリによって提供されています。レジストリは、これらのURIに基づいて自動化された手順を可能にするためのさまざまな補助機能も提供しています。解決可能な識別子を生成する機能は、解決レイヤーであるIdentifiers.orgを使用することで提供されます。