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スロバキア軍事教区（スロバキア語: Vojenský ordinariát ）は、スロバキア軍のためのローマ・カトリック教会のラテン軍事教区である。
それは免除されており、聖座の直轄下にある（いかなる教会管区にも属さず、そのローマ司教省の管轄下にある）。
司教座は、スロバキアの首都ブラチスラバにある聖セバスチャン大聖堂（Katedrála sv. Šebastiána ）です。2009年以前は、同じ都市にある三位一体教会（正式には聖ヨハネ・マタと聖フェリックス・ヴァロワ大聖堂（Katedrála sv. Jána a sv. Felixa z Valois））が司教座でした。
軍事教区は、前例もなく、チェコスロバキアの解体による同国の独立から10年後の2003年1月20日に、教皇ヨハネ・パウロ2世によって設立された。
2014年時点で、同教会は56の教区において、54人の司祭（教区司祭46人、修道司祭8人）、1人の助祭、8人の修道士によって、スロバキア軍に所属するローマ・カトリック教徒とその家族に司牧的ケアを提供している。