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レオチオミセス綱には、不完全菌類(deuteromycota)に属する無性世代を持つ多数の種が含まれており、これらの種はごく最近になって系統分類体系における位置づけが確立された。従来の分類では、レオチオミセス綱はディスコミセス綱(蓋のないディスコミセス綱)に分類されていた。近年の分子生物学的研究により、依然として不明瞭な系統分類体系に新たな光が当てられている。多くの研究者は、ペジゾミコティナの系統樹において、レオチオミセス綱をソルダリオミセス綱の姉妹群とみなしている。分子データによって亜綱への分割は強く支持されているが、レオチオミセス綱全体の単系統性については疑問が残る。
2019年に新たにシアノバクテリア属のLichinodiumを含むように定義されたLichinodiales目およびLichinodiaceae科は、 Leotiomycetes綱で最初に知られている地衣類形成菌のグループである。 [ 1 ]その後、 Lichinodiaceae科は2020年にLeotiales目に分類された。[ 2 ]
2020年には、Lahmiales、Lauriomycetales、Marthamycetales、Medeolariales、Micraspidales、Phacidialesなどの目が追加された。[ 2 ]