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分子生物学、生化学、細胞シグナル伝達において、生物のキノームとは、そのゲノムにコード化されているタンパク質キナーゼの完全なセットのことである。キナーゼは通常、（アミノ酸の）リン酸化反応を触媒する酵素であり、いくつかのグループとファミリーに分類される。例えば、アミノ酸のセリンとスレオニンをリン酸化するもの、チロシンをリン酸化するもの、MAP2KファミリーやGSKファミリーのように両方をリン酸化できるものなどである。この用語は、2002年にジェラルド・マニングと同僚が518のヒトタンパク質キナーゼを分析した2本の論文で初めて使用した。タンパク質キナーゼとタンパク質擬似キナーゼの両方[1]と、真核生物全体にわたるタンパク質キナーゼの進化を指している。[2]その他のキノームは、イネ、[3]いくつかの菌類、線虫、昆虫、ウニ、[4]細胞性粘菌[5]、結核菌による感染プロセスで決定されています。[6]タンパク質キナーゼの一次配列は、無関係な真核生物間で大きな相違を示し、触媒モチーフのアミノ酸の違いにより、キノームを標準キナーゼと擬似キナーゼのサブタイプに分離できましたが、[7]真核生物キナーゼによる基質の実際のリン酸化部位に隣接するアミノ酸モチーフに見られる変異ははるかに小さいです。[8]
キナーゼは主要な薬物標的であり、細胞挙動の主要な制御点であるため、キノームはRNAiスクリーンを用いた大規模な機能ゲノミクスや、特に癌治療における薬物発見の取り組みの標的にもなっている。[9]
動物では、キノームにはチロシンのみをリン酸化させるキナーゼ（チロシンキナーゼ）、セリンまたはスレオニンに作用するキナーゼ、および両方に作用できるGSK3やMAP2Kなどのいくつかのクラスが含まれます。 [引用が必要]研究では、BRCA ドメインやFHA ドメインなど、リン酸化セリンおよびスレオニン残基に結合する特殊なタンパク質ドメインがあることが示されています。[引用が必要]
参照
参考文献
- ^ Manning G 、Whyte DB、Martinez R、Hunter T 、Sudarsanam S (2002 年 12 月)。「ヒトゲノムのタンパク質キナーゼ補完」。Science。298 ( 5600): 1912–34。Bibcode : 2002Sci ... 298.1912M。doi :10.1126/science.1075762。PMID 12471243。S2CID 26554314。
- ^ Manning G、Plowman GD、Hunter T、Sudarsanam S (2002 年 10 月)。「酵母からヒトへのタンパク質キナーゼシグナル伝達の進化」。Trends Biochem. Sci . 27 (10): 514–20. doi :10.1016/S0968-0004(02)02179-5. PMID 12368087。
- ^ Dardick C, Chen J, Richter T, Ouyang S, Ronald P (2007 年 2 月). 「イネキナーゼデータベース。イネキノームの系統ゲノムデータベース」。Plant Physiol . 143 (2): 579–86. doi :10.1104/pp.106.087270. PMC 1803753. PMID 17172291 .
- ^ Bradham CA, Foltz KR, Beane WS, et al. (2006年12月). 「ウニのキノーム：初見」. Dev. Biol . 300 (1): 180–93. doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.074 . PMID 17027740.
- ^ Goldberg JM、Manning G、Liu A、他 (2006 年 3 月)。「Dictyostelium Kinome - 単純なモデル生物のタンパク質キナーゼの分析」。PLOS Genet . 2 (3): e38. doi : 10.1371/journal.pgen.0020038 . PMC 1420674 . PMID 16596165。
- ^ Hestvik AL、Hmama Z、Av-Gay Y (2003 年 10 月)。「マイコバクテリア感染に対する宿主反応のキノーム分析: プロテオミクスにおける新しい手法」。Infect . Immun . 71 (10): 5514–22. doi :10.1128/IAI.71.10.5514-5522.2003. PMC 201077. PMID 14500469 。
- ^ Reiterer V、Eyers PA、Farhan H (2014)。「死者の日：生理学と疾患における擬似キナーゼと擬似ホスファターゼ」。Trends in Cell Biology 24 ( 9): 489–505. doi :10.1016/j.tcb.2014.03.008. PMID 24818526。
- ^ Diks SH、Parikh K、van der Sijde M、Joore J、Ritsema T、ペペレンボッシュ MP (2007)。インソールR（編）。 「最小の真核生物のリンプロテオームの証拠?」。プロスワン。2 (1): 777。ビブコード:2007PLoSO...2..777D。土井：10.1371/journal.pone.0000777。PMC 1945084。PMID 17712425。
- ^ Workman P (2005). 「がんキノームの薬物治療：個別化分子がん治療薬開発の進歩と課題」Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol . 70 : 499–515. doi : 10.1101/sqb.2005.70.020 . PMID 16869789.
外部リンク
- キンベース
- 米木の芽データベース