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日本軍第16軍は、オランダ領東インドのジャワ島侵攻作戦において歩兵師団をはじめとする日本陸軍部隊を統括するため、1941年11月5日に南方遠征軍集団の下に編成された。太平洋戦争中、駐屯部隊としてジャワ島に駐留し続けた。
1944年3月27日、連合軍によるオランダ領東インド奪還のための上陸作戦の脅威が高まる中、南方遠征軍の組織構造が変更され、日本陸軍第16軍は第7方面軍に編入された。同軍は以前と同様、ジャカルタに駐屯部隊として司令部を置いた。日本陸軍第16軍は、1945年8月15日の日本の降伏に伴い解散した。