ゲノムオンラインデータベース

ゲノムオンラインデータベース（GOLD）は、世界中のゲノムおよびメタゲノム配列決定プロジェクトとそれに関連するメタデータに関する包括的な情報を提供するウェブベースのリソースです。 ^{[1] 2011年以来、GOLDデータベースは}DOE合同ゲノム研究所によって運営されています。

GOLDデータベースは1997年に作成されました。データベースの最初のバージョンには350の配列決定プロジェクトの情報が含まれており、そのうち48は完全に配列決定され、その分析が公開されていました。^[1]

GOLD v.5は2014年5月28日にリリースされました。2015年8月5日現在^{[アップデート]}、GOLDデータベースには67,879件のゲノム配列解析プロジェクトの情報が含まれており、そのうち7,210件が完了しています。^[2]

GOLDの情報と他のデータベース（ GenBankやEMBLなど）との比較分析を容易にするために、GOLDはゲノム標準コンソーシアムが推奨する最小情報標準メタデータ仕様、特にMIxS（任意の（x）配列に関する最小情報）仕様をサポートしています。^[2] GOLDでは、DOE JGI統合微生物ゲノムシステムを使用したゲノムまたはメタゲノムの注釈付けも可能で、 BioMed CentralジャーナルStandards in Genomic Sciencesへのリンクがあり、（メタ）ゲノムデータを公開できます。^[2]^[3]

参照

^ ab Kyrpides NC (1999年9月). 「ゲノムオンラインデータベース (GOLD 1.0): 世界中の完全かつ進行中のゲノムプロジェクトのモニター」.バイオインフォマティクス. 15 (9): 773–4. doi : 10.1093/bioinformatics/15.9.773 . PMID 10498782.
^ abc Reddy, TBK; Thomas, AD; Stamatis, D.; Bertsch, J.; Isbandi, M.; Jansson, J.; Mallajosyula, J.; Pagani, I.; Lobos, EA; Kyrpides, NC (2014 年 10 月 27 日). 「The Genomes OnLine Database (GOLD) v.5: a metadata management system based on a four level (meta)genome project classified」. Nucleic Acids Research . 43 (D1): D1099–D1106. doi :10.1093/nar/gku950. PMC 4384021. PMID 25348402 .
^ “JGI GOLD - ホーム”。2021年4月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2015年8月5日閲覧。