シェファーはペンシルベニア州ヨークで生まれた。本名はマーク・ウェイン・シェファー。ホーガンというニックネームは、弟のクレイグが、兄がピアニスト兼作曲家のホーギー・カーマイケルに似ていると思ったことから付けられた。
1986年から1994年まで、彼はフリーランスとして様々な制作会社の脚本分析に携わった。また、メアリー・スチュアート・マスターソンの制作会社でも働いた。1997年から2000年までは、ドリームワークスに雇用され、マーク・ジョンソンとエリザベス・キャンティロンの両プロデューサーの下で脚本開発ディレクターを務めた。彼は『マイ・ドッグ・スキップ』、『ギャラクシー・クエスト』、『ホーム・フライズ』 、『ホワット・ライズ・ビニーズ』などの映画の脚本開発を担当した。
シェファーはおそらく、2000年から2005年までCBSの昼ドラ『As the World Turns』の脚本主任を務めたことで最もよく知られている。
『アズ・ザ・ワールド・ターンズ』を制作するプロクター・アンド・ギャンブル社がシェファーを雇ったことは、業界関係者と視聴者の両方にとって驚きだった。インタビューで、シェファーが『アズ・ザ・ワールド・ターンズ』とその姉妹番組である『ガイディング・ライト』を、見るように言われるまで一度も見たことがなかったと認めたとき、一部のファンは心配した。P&Gはシェファーにどちらの番組の脚本を書きたいか選ばせ、彼は『アズ・ザ・ワールド・ターンズ』は「とてつもなく退屈だった」とコメントしたものの、番組に可能性を見出した。
テレビで最も古いジャンルの1つである、老舗番組である「As the World Turns」に対するシェファーの取り組みは、番組を活性化させるものとして受け止められた。シェファーが脚本を担当していた間、この番組は多くのデイタイム・エミー賞を受賞し、シェファーと彼のチームは2001年、2002年、2004年、2005年に優秀ドラマシリーズ脚本チーム賞を4回受賞した。2003年の「As the World Turns」の受賞を逃したのは、審査員が見たクリップの音声が悪かったり、全くなかったり、緑色に着色されていたりしたため、エミー賞のリールに技術的な問題があったためとされた。また、シェファーはコミカルな一言で記者たちのお気に入りになった。
シェファーの脚本スタイルは、長年の『ATWT』ファンの多くを遠ざけてしまった。彼らは、シェファーが特定のストーリー展開に合わせてキャラクターを書き換えていると不満を漏らした。特に、彼と彼のチームは、過去の出来事や確立されたキャラクターの動機や行動から逸脱しているとして批判された。ベテランキャラクターのストーリー展開の中にはうまくいったものもあった(バーバラ・ライアンを悪役に仕立て上げたなど)が、マーゴが女性蔑視的なフットボール選手ドクと戯れるなど、キャラクターにそぐわないものもあった。
『 As the World Turns』は放送期間中、おそらく最も多くのベテラン俳優が出演し続けていた番組だった。シェファーがプロデューサーを務めていた時期には、20年以上番組に出演している俳優が12人も契約(またはレギュラー出演)していた。番組のベテラン俳優の中には(特に長年ヒロインのリサ・グリマルディを演じたアイリーン・フルトンが声高に不満を漏らしていた)、シェファーの在任期間中に自分たちのキャラクターの出演時間が劇的に減ったと訴える者もいた。
2005年3月、シェファーは「ATWT」から「17週間の休暇」と呼ばれる期間を取った。その間、リア・ライマン、クリストファー・ホワイトセル、ジーン・パッサナンテといった他の脚本家が引き継いだ。P&Gは当初、シェファーが休暇終了後に復帰すると表明していたが、数週間後にシェファーがヘッドライターの職には復帰しないことを発表した。同社はジーン・パッサナンテを正式にヘッドライターに昇格させ、彼女は2010年に番組が終了するまでその職を務めた。
シェファーの休職とその後の解雇の理由は不明だった。シェファーが病気だったという説や、胃バイパス手術を受けるために休職したという説もあった。しかし、休職の理由を裏付ける声明は出されなかった。17週間の休職に入る前、シェファーは『ATWT』で不満を抱えていた。2年間かけて予定されていたストーリーラインが上層部によって途中で打ち切られたためだ。
2005年にATWTで4度目のデイタイム・エミー賞を受賞した際、彼は授賞式に出席しなかった。ジーン・パッサナンテが賞を受け取った。パッサナンテはシェファーに「彼の大きな心と素晴らしい想像力」に感謝し、番組の脚本家全員が「彼がいなくなることを寂しく思うだろう」と述べた。[ 3 ]
2002年、リチャード・カリトンがABCの昼ドラ『オール・マイ・チルドレン』を解雇された際、シェファーが『オール・マイ・チルドレン』を降板して同ドラマを引き継ぐのではないかと憶測された。 2005年にシェファーが解雇された後、シェファーが『ワン・ライフ・トゥ・リヴ』に移り、デナ・ヒグリーと共に脚本主任を務めるか、低視聴率の『ガイディング・ライト』のエグゼクティブ・コンサルタントとして手伝うのではないかという憶測が再び飛び交った。
2005年の夏、シェファーがヘッドライターとして復帰するよう依頼されたとき、 『ATWT』のファンは衝撃を受けた。彼はそれを断ったが、2005年初頭にリア・ライマンが番組の脚本に復帰した時と同様に、脚本スタッフの下位の役職に就くことに同意した。2005年10月、シェファーはブレイクダウンライターとして『ATWT』に復帰した。
2006年6月12日、シェファーはメグ・ケリーと共に「デイズ・オブ・アワ・ライブス」に新ヘッドライターとして参加することを発表した[ 4 ]。シェファーのストーリーは2006年10月に放送開始された。シェファーの最後のエピソードは2008年1月24日に放送された[ 5 ]。
シェファーは2007年にSOAPnetの番組「I Wanna Be a Soap Star」でDAYSのスター、メアリー・ベス・エヴァンスと共演した。[ 6 ]
2008 年 5 月 21 日、シェファーが「ザ・ヤング・アンド・ザ・レストレス」に共同ヘッドライターとして参加することが発表された。彼はマリア・アリーナ・ベルとスコット・ハムナーと緊密に協力した。彼の担当エピソードは 2008 年 7 月 15 日に放送開始された[ 7 ]以前は全米脚本家組合西部支部のメンバーであったが、 2007 年~2008 年の全米脚本家組合ストライキの間、脱退し、財政的なコアステータスを維持した[ 8 ]。
2012年7月下旬、マリア・アリーナ・ベルとスコット・ハムナーの解雇に伴い、シェファーの契約が同年11月をもって満了し、延長されないことが発表された。彼は2013年2月1日まで、番組の共同ヘッドライターとしてクレジットされていた。
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