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高分子の階層的編集言語（HELM）は、複雑な生体分子を記述する方法です。これは、ペプチド、タンパク質、オリゴヌクレオチド、および関連する低分子リンカーの構成と構造を表現するために機械が読み取れる表記法です。[ 1 ]
HELMは、ピストイア・アライアンスとして知られる製薬会社のコンソーシアムによって開発されました。開発は2008年に開始されました。2012年に表記法はオープンかつ無料で公開されました。[ 2 ]
研究者が分子や人工生体分子を含むモデリングや計算プロジェクトに取り組み始めたとき、生体分子の標準的な表現の必要性が明らかになった。これらの実体を正確に記述するための言語は存在せず、それらは組成と複雑な分岐および構造の両方を必要とした。[ 1 ]タンパク質配列はより大きなタンパク質を記述し、molファイルは単純なペプチドを表現できる。しかし、新しい研究生体分子の複雑さにより、化学フォーマットで大きな複雑な分子を記述することは困難であり、ペプチドフォーマットは非天然アミノ酸やその他の化学を記述するには十分な柔軟性がない。[ 3 ]
HELMでは、分子は階層構造の4つのレベルで表現されます。[ 4 ]
モノマーにはHELM内部データベースで短い一意の識別子が割り当てられ、文字列ではその識別子で表現できます。このアプローチは、簡略化された分子入力行入力システム（SMILES）で使用されているものと似ています。交換可能なファイル形式により、モノマーに異なる識別子を割り当てた企業間でデータを共有できます。[ 5 ]
（現時点では、HELM wiki の「HELM 表記法」およびテストデータファイルを参照してください。）
2014年、ChEMBLは2014年までにHELMを採用する計画を発表した。[ 6 ]情報学企業BIOVIAは、自己完結型配列表現（SCSR）と呼ばれる改良版Molfileフォーマットを開発した。HELMの目標は、問題を解決するための個々の試みを組み込むことができ、普遍的に使用でき、標準の乱立を避けることができる標準である。[ 5 ]
生体分子を適切な詳細レベルで視覚化および操作するには、エディタツールが必要です。エディタは、大きな分子をアミノ酸配列レベルで表示するために「ズームアウト」し、その後、特定の結合または誘導体化部位の原子レベルに「ズームイン」するために必要です。[ 7 ]
HELM EditorとHAbE（HELM Antibody Editor）は、将来的にウェブベースのアプリケーションとしてリリースされる可能性のある2つのクライアントツールです。[ 8 ]
イタリアのピストイアで開催された会議で、ファイザー、アストラゼネカ、グラクソ・スミスクライン、ノバルティスの研究者グループが、後にピストイア・アライアンスとして知られるようになる組織を結成した。すべての関係者は、医薬品研究のためのデータ集約、データ共有、分析の問題解決に関心を持っていた。このアライアンスは2008年に法人化された。現在、このアライアンスは、産業界、学術界、ライフサイエンスサービス組織の情報学専門家と研究者で構成されている。[ 9 ]