『ヘラクレスとミノタウロスの迷宮』は、シンジケート配信されたファンタジーシリーズ『ヘラクレス:伝説の旅』の5作目にして最終作となるテレビ映画である。
映画の中で、ヘラクレスは旅の日々を終え、家族と過ごすために落ち着いた生活を送っている。そんなある日、遠く離れた村が目に見えない怪物に脅かされ、ヘラクレスは村を怪物から救うために呼び出される。
二人の男が森で埋蔵金を探している。地図に示された道を歩いていくと、茂みに覆われた洞窟を発見する。彼らは植物をかき分けて洞窟に入る。そこで、木製の扉を見つける。彼らがそれを通り抜けようとすると、ミノタウロスが扉を突き破って彼らを追いかける。一人は捕らえられ、もう一人は怪物がヘラクレスを連れてくるように言うので逃げる。ヘラクレスが冒険に出かけるのは久しぶりだが、今はデイアネイラと落ち着いて子供たちを育てていることに満足している。農場で働いているとき、ヘラクレスは息子たちが喧嘩しているのを見て、彼らを止めさせる。その後、ヘラクレスが厩で働いていると、ゼウスが現れる。ゼウスは彼に海の蛇の鱗を与える。
夜になると、子供たちはヘラクレスに物語を聞かせてほしいと頼みます。イレアは、ヘラクレスとデイアネイラが初めて出会った時の話を聞きたいと頼みます。ヘラクレスはそれに応じます。子供たちが眠りについた後、ヘラクレスとデイアネイラは寝室へと向かいます。
翌日、ヘラクレスが厩舎で働いていると、イオラウスが飛びかかってきた。二人はやがて中に入って飲み物を飲み、イオラウスはヘラクレスに、小柄な男が大柄な男を圧倒できる新しい技を教えてくれた男に会ったと話す。ヘラクレスは最初はイオラウスと戦うことを拒否するが、最終的には説得される。イオラウスを攻撃する際、ヘラクレスは最初は圧倒される。しかし、ヘラクレスはすぐにイオラウスを倒す。その後、デイアネイラはイオラウスに、ヘラクレスは気が散って気が狂いそうだと話す。ミノタウロスから生き残った男がヘラクレスを探しに厩舎にやって来て、何が起こったかを話す。ヘラクレスは、自分の居場所は家族と一緒にあると言って、手伝うことを渋る。その晩、デイアネイラは、自分や子供たちのためにヘラクレスであることをやめてはいけない、そして行く必要があると言う。翌日、彼とイオラウスはアルトゥリアの村へ出発する。道中、二人はさまざまな冒険について話す。ゼウスは一時的に現れ、彼らがエティオン山で戦った時のことを語る。
ヘラクレスとイオラウスはアルトゥリアに到着するが、そこは特に混乱している様子はない。二人は酒場に入り、一人の女性と話をするが、結局、ヘラクレスが本物のヘラクレスだと信じない男たちと戦うことになる。
その後、ミノタウロスは酒場の男3人を殺害する。ヘラクレスが男たちを殺したと考えた村人たちは、ヘラクレスとイオラオスを追いかける。イオラオスと村人の一人は、やがて地面に吸い込まれてしまう。ヘラクレスに助けを求めた男が現れ、ヘラクレスをミノタウロスの洞窟へ連れて行く。ゼウスが現れ、ミノタウロスは自分が創造したものであり、神々に反逆した人間を怪物に変えたのだと明かす。ミノタウロスはゼウスへの復讐としてヘラクレスを殺そうとする。ゼウスはミノタウロスを殺すことはできないと言い、ヘラクレスに代わりに殺してくれるよう頼む。
洞窟の迷路で、ヘラクレスはミノタウロスを見つける。続く戦いで、ヘラクレスは怪物を制圧する。ヘラクレスがとどめを刺そうとする前に、ミノタウロスは自分が弟のグリフォスであることを明かす。ヘラクレスは彼を殺すことができなくなる。ミノタウロスはヘラクレスを攻撃するが、ヘラクレスは殺すことを拒み続ける。ミノタウロスはイオラオスを脅迫し、ヘラクレスはゼウスが到着した時に鍾乳石に蹴り飛ばして殺す。グリフォスが死にかけている時、ヘラクレスはゼウスが息子を失わなければならなかったことを残念に思うと言う。ゼウスはグリフォスはずっと前に失われていたと言う。グリフォスがそんな死に方をさせないでくれと懇願すると、ゼウスは彼を人間の姿に戻す。ヘラクレスは迷路に閉じ込められていたイオラオスと村人を助ける。