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ヘリカルホイールは、タンパク質のアルファヘリックスの特性を説明するために使用されるプロットまたは視覚表現の一種です。
タンパク質の二次構造のらせん領域を構成するアミノ酸の配列は、連続するアミノ酸間の回転角度が 100° となるように回転してプロットされ、最終的な表現はらせん軸を下向きに見るようになります。
極性と特性
このプロットは、疎水性アミノ酸がらせんの片側に集中しているかどうか、通常は極性または親水性アミノ酸が反対側に集中しているかどうかを示します。この配置は球状タンパク質内のアルファらせんによく見られ、らせんの片面は疎水性コアに向けられ、もう片面は溶媒にさらされた表面に向けられます。ロイシンジッパー二量体化領域やコイルドコイルの識別など、タンパク質の折り畳みやタンパク質ドッキングモチーフに特有のパターンも明らかになります。この投影図は、発明者にちなんで「エドマンドソンホイール」と呼ばれることがよくあります。[1]
らせん状の車輪を描く
らせん状の車輪は、 Rのhelixvis [2] 、 Rのheliquest 、またはHELIQUESTサーバー[3]など、さまざまなソフトウェアパッケージで描画できます。
参考文献
- ^ Schiffer M, Edmundson AB (1967). 「タンパク質の構造を表現し、らせん状ポテンシャルを持つセグメントを識別するためのらせん状ホイールの使用」Biophysical Journal . 7 (2): 121–35. Bibcode :1967BpJ.....7..121S. doi :10.1016/S0006-3495(67)86579-2. PMC 1368002. PMID 6048867 .
- ^ Wadhwa, R; Subramanian, V; Stevens-Truss, R (2018). 「helixvis による R でのアルファヘリカルペプチドの視覚化」. Journal of Open Source Software . 3 (31): 1008. Bibcode :2018JOSS....3.1008W. doi : 10.21105/joss.01008 .
- ^ Gautier, R; Douguet, D; Antonny, B; Drin, G (2008). 「HELIQUEST: 特定のアルファヘリカル特性を持つ配列をスクリーニングするウェブサーバー」.バイオインフォマティクス. 24 (18): 2101–2102. doi : 10.1093/bioinformatics/btn392 . PMID 18662927.
さらに読む
- マウント DM (2004)。バイオインフォマティクス: 配列とゲノム解析(第 2 版)。コールド スプリング ハーバー、ニューヨーク: コールド スプリング ハーバー ラボラトリー プレス。ISBN 0-87969-712-1。
外部リンク
- 伝統的ではない、よりカラフルなホイール 2019-07-15 にWayback Machineでアーカイブされました( Macromedia Flashが必要です)
- ドローコイル 1.0
- ヘリカルホイールプロジェクション、カリフォルニア大学リバーサイド校
- NetWheels、高品質のらせん状のホイールとネット投影。2020-02-22にWayback Machineでアーカイブされました。
- 高品質のRヘリカルホイール
- ヘリックスヴィス
- ヘリクエスト