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ゴースト人口とは、統計的手法を用いて推定された人口である。[1]
人口調査
2004 年、合体理論を用いて移住率と人口規模を推定する最大尤度法またはベイジアン法では、データがない人口を含むデータセットを使用できることが提案されました。これは「ゴースト人口」と呼ばれます。この操作により、2 つの特定の人口間の人口規模と移住率の推定に欠落した人口が及ぼす影響を調査できます。推定された人口パラメータのバイアスは、未知の人口からの移住率の大きさに依存します。[1]ゴースト人口を導出する手法は、ゴースト人口が統計モデルの結果であり、その限界があるため、批判を集めました。[2]
集団遺伝学
人間
2012年、DNA分析と統計的手法を用いて、現在は絶滅したユーラシア北部の人類集団が、ヨーロッパ人の祖先と、後にアメリカ大陸に移住したシベリアの集団の両方と交配していたと推測された。この集団は、骨や古代DNAではなく、ゲノムに残された痕跡によって特定されたため、幽霊集団と呼ばれた。[3] 2013年、別の研究でこの幽霊集団のメンバーの遺骨が発見され、彼らが存在していたという以前の予測が実現した。[4] [5]
2020年に発表された研究によると、西アフリカの4つの集団のDNAの2%～19%（または約≃6.6%と≃7.0%）は、36万年前から102万年前の間にサピエンス（現生人類）とネアンデルタール人の祖先から分岐した未知の古代人類に由来している可能性があることが示されています。ただし、この研究では、この古代の混合の少なくとも一部はユーラシア人/非アフリカ人にも存在し、混合イベントは0～124ka BPの範囲であり、これには出アフリカ移住前とアフリカ人/ユーラシア人分岐前の期間が含まれます（したがって、アフリカ人とユーラシア人/非アフリカ人の共通の祖先に部分的に影響します）。[6] [7] [8]これまで説明されていなかった大量の人間の遺伝的変異を発見した最近の別の研究では、現代人よりも古く、ほとんどの非アフリカ人では失われていた祖先の遺伝的変異がアフリカ人にも発見されました。[9]
その他の動物
2015年に行われた家畜豚の系統と初期の移動に関する研究では、データに適合する最良のモデルには、現在は絶滅している更新世の幽霊集団からの遺伝子流動が含まれていることが判明しました。[10]
2018年の研究では、オオカミとコヨーテの共通の祖先が、ドールと関連のある未知のイヌ科動物と交雑した可能性があることが示唆されている。[11]
参照
参考文献
- ^ ab Beerli, P (2004). 「サンプル採取されていない個体群が、サンプル採取された個体群間の個体群サイズと移動率の推定に与える影響」分子生態学. 13 (4): 827–836. doi : 10.1111/j.1365-294x.2004.02101.x . PMID 15012758. S2CID 18326408.
- ^ Skatkin, M (2005). 「幽霊を見る: サンプルを採取した個体群の移行率推定値に対するサンプルを採取していない個体群の影響」分子生態学. 14 (1): 67–73. doi :10.1111/j.1365-294X.2004.02393.x. PMID 15643951. S2CID 17600283.
- ^ パターソン、N (2012). 「人類史における古代の混合」.遺伝学. 192 (3): 1065–93. doi :10.1534/genetics.112.145037. PMC 3522152. PMID 22960212 .
- ^ Raghavan, M (2013). 「上部旧石器時代のシベリアのゲノムがネイティブアメリカンの二重祖先を明らかにする」. Nature . 505 (7481): 87–91. Bibcode :2014Natur.505...87R. doi :10.1038/nature12736. PMC 4105016. PMID 24256729 .
- ^ キャラウェイ、E (2015). "「幽霊人口」は、アメリカ大陸への遠い昔の移住を示唆している」。Nature . doi : 10.1038/nature.2015.18029. S2CID 181337948。
- ^ Arun Durvasula、Sriram Sankararaman (2020)。「アフリカの集団におけるゴースト古風な遺伝子移入のシグナルの回復」。Science Advances。6 ( 7 ) : eaax5097。Bibcode : 2020SciA ....6.5097D。doi : 10.1126/ sciadv.aax5097。PMC 7015685。PMID 32095519。 「非アフリカ系集団（北ヨーロッパと西ヨーロッパの祖先を持つ北京とユタの漢民族）も CSFS で類似のパターンを示しており、アフリカ系集団と非アフリカ系集団が分裂する前に古代祖先の要素が共有されていたことを示唆しています...私たちが記録した最近の移入時期の 1 つの解釈は、古代形態がかなり最近までアフリカに存続していたというものです。あるいは、古代集団が以前に現代人集団に導入され、その後、ここで分析した集団の祖先と交雑した可能性もあります。ここで検討したモデルは相互に排他的ではなく、導入した古代集団に関連する大規模な有効人口サイズによって証明されるように、アフリカ系集団の歴史には複数の異なる集団からの遺伝的寄与が含まれている可能性があります...移入時期の推定の不確実性を考えると、CEU (北ヨーロッパと西ヨーロッパの祖先を持つユタ州居住者) と YRI ゲノムは、さらなる解決を提供できる可能性があります。モデル C では、アフリカ人と非アフリカ人の集団の分裂前と後の遺伝子移入をシミュレートし、アフリカ人と非アフリカ人の集団の CSFS の高頻度由来の対立遺伝子ビンで 2 つのモデル間の質的な違いを観察しました (図 S40)。ABC を使用して、CSFS の高頻度由来の対立遺伝子ビンを CEU と YRI (50% を超える頻度として定義) に一緒に適合させたところ、遺伝子移入時間の 95% 信頼区間の下限が、CEU と YRI のシミュレートされた分裂よりも古いことがわかりました (2800 世代前と 2155 世代前)。これは、YRI に見られる古い系統の少なくとも一部が CEU とも共有されていることを示しています..."
- ^ [1] アフリカの集団におけるゴースト古代遺伝子移入のシグナルを回復するための補足資料」、セクション「S8.2」 「セクション S5.2 と同じ事前確率を使用してデータをシミュレートしましたが、YRI [西アフリカのヨルバ人] と CEU [ヨーロッパ起源の集団] の両方のスペクトルを計算しました。最適なパラメータは、古代分岐時刻が 27,000 世代前 (95% HPD: 26,000-28,000)、混合率が 0.09 (95% HPD: 0.04-0.17)、混合時刻が 3,000 世代前 (95% HPD: 2,800-3,400)、有効集団サイズが 19,700 個体 (95% HPD: 19,300-20,200) であることがわかりました。混合時間の下限は、CEU と YRI の間のシミュレートされた分岐 (2155 世代前) よりもさらに遡っていることがわかり、出アフリカ以前の出来事を支持する証拠がいくつか得られました。このモデルは、アフリカ以外の多くの集団にもこの移入イベントからのハプロタイプが含まれているはずであることを示唆していますが、多くの方法では、移入されたハプロタイプの検出に混合されていないアウトグループを使用しているため、検出は困難です [Browning ら、2018、Skov ら、2018、Durvasula と Sankararaman、2019] (5、53、22)。これらのハプロタイプの一部は、出アフリカのボトルネックの間に失われた可能性もあります。
- ^ Durvasula, Arun; Sankararaman, Sriram (2020). 「アフリカの集団におけるゴースト古風な外来種の移入のシグナルの回復」。Science Advances . 6 (7): eaax5097. Bibcode :2020SciA....6.5097D. doi :10.1126/sciadv.aax5097. PMC 7015685. PMID 32095519. S2CID 211472946 .
- ^ Bergström, A; McCarthy, S; Hui, R; Almarri, M; Ayub, Q (2020). 「929の多様なゲノムから得られたヒトの遺伝的変異と集団史の洞察」. Science . 367 (6484): eaay5012. doi :10.1126/science.aay5012. PMC 7115999. PMID 32193295 . 「現代人の古代の配列を分析すると、アフリカ人の祖先の遺伝的変異が特定された。これは現代人より古く、アフリカ人以外のほとんどの人では失われている可能性が高い。西アフリカ人のゲノムには、おそらくユーラシア人との混血を反映した、少量のネアンデルタール人の祖先が見つかった。古代の祖先が非常に少ないかまったくないにもかかわらず、アフリカ人はユーラシア人にはない多くのネアンデルタール人とデニソワ人の変異を共有しており、祖先の人類の変異の大部分がアフリカで維持されていることを反映している。」
- ^ Frantz, L (2015). 「ユーラシア野生豚と家畜豚のゲノム解析による家畜化中の長期的遺伝子流動と選択の証拠」Nature Genetics . 47 (10): 1141–1148. doi :10.1038/ng.3394. PMID 26323058. S2CID 205350534.
- ^ ゴパラクリシュナン、シャム;シンディング、ミッケル・ホルガー S.ラモス・マドリガル、ジャズミン。ニーマン、ジョナス。サマニエゴ・カストゥルイタ、ホセ・A.ヴィエイラ、フィリペ G.カロエ、クリスチャン。モンテロ、マルク・デ・マヌエル。クデルナ、ルーカス。セレス、アイトール。ゴンサレス＝バサロット、ビクトル・マヌエル。リュウ・ヤン・フー。王国東。マルケス・ボネ、トーマス;ミララブ、シアヴァシュ。フェルナンデス、カルロス。ゴーベール、フィリップ。ケフリ、クラウス・ピーター。バッド、ジェーン。ルーネス、イーライ・ニスペル。ハイデ＝ヨルゲンセン、マッツ・ピーター。ベント州ピーターセン。シケリッツ・ポンテン、トーマス。バックマン、ルッツ。ウィグ、オイスタイン。 Hansen, Anders J.; Gilbert, M. Thomas P. (2018). 「種間の遺伝子流動がイヌ属の進化を形作った」Current Biology . 28 (21): 3441–3449.e5. doi :10.1016/j. cub.2018.08.041. PMC 6224481. PMID 30344120 .