機能要素SNPデータベース

FESD
コンテンツ
説明	ヒトの機能要素SNPデータベース。
生物	ホモサピエンス
接触
著者	カン・ヒョジン
主な引用	カンら（2005）
アクセス
Webサイト	http://combio.kribb.re.kr/ksnp/resd/

機能要素SNPデータベース（FESD）は、分子生物学における一塩基多型の生物学的データベースです。[ 1 ]このデータベースは^、機能要素をヒトの遺伝子領域内のカテゴリに整理し、ジェノタイピング^[2]実験に必要な配列を出力するとともに、各領域内にあるSNPのセットを提供するように設計されたツールです。データベースは、機能要素を10種類（プロモーター領域、CpGアイランド、5'非翻訳領域（5'-UTR）、翻訳開始部位、スプライス部位、コーディングエクソン、イントロン、翻訳終止部位、ポリアデニル化シグナル、および3' UTR）に定義しています。^[3]このデータベースを参照してハプロタイプ情報を得たり、ジェノタイピングのための隣接配列を取得したりできます。^[4]これは、一般的な疾患や多因子疾患に寄与する突然変異を見つけるのに役立つ場合があります。研究者は、特定の機能要素について特に興味のあるSNPのグループを、対応する配列とともに手動で選択できます。^[5]このデータベースは、HapMap、UCSC GoldenPath、dbSNP、OMIM、TRANSFACなどの情報源からの情報を組み合わせています。ユーザーはタグSNPに関する情報を取得し、各遺伝子のLDブロックをシミュレートできます。FESDはまだ開発中のデータベースであり、広く知られていないため、データベースを使用したプロジェクトを見つけることができませんでした。同様のデータベースまたはFESDの情報プールに統合されているデータベースを使用した研究が見つかりました。^[6]

用途

このデータベースは、特定の表現型（場合によっては疾患）に影響を及ぼす可能性のある機能単位内のすべての既知のSNPのリファレンスです。SNPは、疾患、遺伝子、または要因に基づいて選択されます。データベースには、HapMapプロジェクトのWebサイトへのリンクがあります。^[7]データベースは、次の研究例の1つで使用された可能性があります。韓国のHapMapプロジェクトのWebサイトには、「私たちは、韓国のHapMapデータとヨーロッパ、中国、日本、アフリカなどの他の集団との比較と分析だけでなく、関連研究のための一連のソフトウェアプログラムを開発しました。開発されたソフトウェアには、HapMapSNPAnalyzer、SNPflank、HWE Test、FESD、D2GSNP、SNP@Domain、KMSD、KFOD、KFRG、およびSNP@WEBが含まれます。」と記載されています。 ^[8]含まれている種の数は不明です。ただし、遺伝子名はわかっていても、それが関連する疾患や遺伝子が存在する要因がわからない場合に備えて、含まれるすべての遺伝子のアルファベット順リストがあります。遺伝子の一部はヒト、マウス、および D. Melanogaster のものでした。情報をデータベースに公開することはできません。データベースは定期的に更新され、ページにリストされているサイトから情報が集められます。また、各プロセスがどのようになるかを示すユーザーガイドタブもあります。

研究

心筋梗塞の感受性

この研究には、ITIH3 (インターアルファトリプシンインヒビター重鎖3) の調査が含まれていました。研究者らは、機能分析、連鎖不平衡マッピング、SNPマーカー、およびHapMapデータベースを使用しました。FESDバージョンIIは、HapMapおよびその他のデータベースからの情報を持っているため、使用された可能性があります。研究者らは、この遺伝子が染色体3にあることを発見しました。in vitro機能分析では、このSNPがITIH3遺伝子の転写レベルを高めることが示されました。さらに、ヒトの動脈硬化病変の血管平滑筋細胞およびマクロファージにおけるITIH3タンパク質の発現が見つかり、ITIH3 SNPがMIの新しい遺伝的リスク因子であることが示唆されました。この遺伝子は、免疫応答の炎症誘発プロセスに関連していることが示されています。ITIH3は、局所的に合成されたヒアルロン酸(HA) と複合体を形成し、炎症細胞と相互作用します。 ITIH3-HA複合体は、関節リウマチや炎症性腸疾患などの炎症性疾患に関与していると報告されている。統計的に最も有意なSNPは、ITIH3タンパク質のアミノ酸を置換していなかった。いくつかの論文で、いくつかの転写因子がいくつかの遺伝子のエクソンコード配列に結合し、その転写レベルを調節すると報告されていたため、研究者らはこの同義SNPが転写調節に影響しているという仮説を立てた。アテローム性動脈硬化病変ではITIH3タンパク質の発現が認められた。ITIH3は、アテローム性動脈硬化症およびそれに続く心筋梗塞の発症に重要な役割を果たしている可能性がある。^[9]

肝細胞癌

これらの研究者は、SNP 選択ウェブツールを使用しており、SNP の選択には FESD バージョン II を使用することもできました。彼らは、概日遺伝子の多型が肝細胞癌の予後に関連している可能性があるという仮説を立てました。概日負のフィードバック制御遺伝子である CRY1、CRY2、PER1、PER2、および PER3 は、包括的な文献レビューに基づいて特定され、潜在的に機能する SNP はウェブツールによって選択されました。最終的に、CRY1: rs1056560、rs3809236、CRY2: rs6798、rs2292910、PER1: rs2585405、rs3027178、PER2: rs934945、rs2304669 を含む 5 つの遺伝子で合計 12 の潜在的に機能する SNP が選択されました。 PER3: rs2640908、rs172933、rs2859390、rs228669。優性遺伝子モデルをテストしたところ、PER3遺伝子のSNP rs2640908のみが肝細胞癌患者の全生存率と有意に関連していることがデータから示された。rs2640908の変異アレルを少なくとも1つ保有する患者は、ホモ接合野生型アレルを保有する患者と比較して、死亡リスクが有意に減少した。^[10]

関節リウマチ

多型相互作用解析（PIA）アルゴリズムを使用して、RA疾患に寄与する協調的な一塩基多型（SNP）を取得しました。取得したSNPペアを使用して、SNP-SNPネットワークを構築しました。次に、ハブSNPによって定義されたサブネットワークを抽出し、dbSNPデータベースを使用してSNPを遺伝子にマッピングすることで遺伝子モジュールに変換しました。FESDバージョンIIも、dbSNPデータベースをカバーしているため、データベースには適しています。研究者らは、Haseman Elstonテストを実行し、次にランダムフォレストアルゴリズムを実行しました。検出された共有SNPは、多型相互作用解析（PIA）アルゴリズムにかけられました。研究者らは、作成された5つのモジュールの遺伝子オントロジー解析を実行しました。Ets-1は、RAのサイトカイン媒介炎症経路および破壊的カスケード特性における重要な転写因子である可能性があることが示唆されました。 ATP 結合カセット (ABC) トランスポーター ABCA1 は、ヒト単球がマクロファージに分化する過程で誘導され、マクロファージの脂質代謝と炎症において ABCA1 には二重の調節機能があった。細胞外シグナルは複数の経路を介して細胞内に伝達され、特定のタンパク質の転写と翻訳に変化をもたらす。これらのシグナル伝達経路の一部は、RA の病因に関与するサイトカインやマトリックスメタロプロテアーゼなどのタンパク質の生成につながる。ジンクフィンガータンパク質 238 (ZNF238) は、ヒト免疫不全ウイルス 1 型を調節できるジンクフィンガータンパク質に結合している。ハブ遺伝子 CD160 は、RA 関連遺伝子の可能性がある。CD160 受容体は、細胞傷害性 NK 細胞によって発現される独自のトリガー表面分子であり、炎症反応に関与し、その後の特異的免疫のタイプを決定する。^[11]

参考文献

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外部リンク

https://web.archive.org/web/20100131164508/http://combio.kribb.re.kr/ksnp/resd。
https://web.archive.org/web/20131104135322/http://sysbio.kribb.re.kr:8080/fesd/
http://academic.research.microsoft.com/Paper/5643267
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3699

[pmid15608252-1] Kang, HJ; Choi, KO; Kim, BD; Kim, S; Kim, YJ (2004). 「FESD: ヒトの機能要素 SNP データベース」. Nucleic Acids Research . 33 (データベース号): D518–22. doi :10.1093/nar/gki082. PMC 540036. PMID 15608252 .

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[8] ジャーナル記事 ID 5299735。キム・ヤング、ウク。キム・スンホ。ジン・フーン。パーク・ヨンキュ。ジ・ミヒョン。ジュ・ヤング。2008 年。韓国ハップマッププロジェクトウェブサイト

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