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『ヒカルの碁』の物語は、日本の囲碁の世界を舞台としている。作中に登場する主要キャラクターの多くは囲碁のタイトル保持者である。タイトル保持者は、名前と保持するタイトルを組み合わせた呼び名で呼ばれる。複数のタイトル保持者の場合は、最も権威のあるタイトルが用いられる。作中で言及される主な7つのタイトルは、奇聖、名人、本因坊、十段、天元、王座、そして五星である。
ヒカルは『ヒカルの碁』の主人公で、小学校6年生です。ヒカルの囲碁への情熱の発展において重要な要素は、初期に囲碁の天才である鳥也明と出会い、ライバル関係になったことです。最初は囲碁は年寄りのものだと思っていて、サイが囲碁をしようと誘うのにイライラしていましたが、囲碁を打つにつれて少しずつ情熱が高まっていきました。学校の囲碁クラブのメンバーから院生になり、明の1年後にはプロ囲碁棋士（14歳で3敗）になるなど、シリーズを通してヒカルは成長していきます。シリーズでは、ヒカルが小学校6年生から高校に進学するまでを追うため、ヒカルの年齢も上がっていきます。ヒカルはよく「5」という数字の入った服を着ている姿が描かれています。これは日本語の「五」をもじったものです。彼の強みの一つは、試合展開を非常に速く読み取る能力と、一見愚かに見える手を打つことで、相手を明らかに正しいと思われる手を打たせるように仕向け、それを逆手に取って相手を翻弄する能力にある。
平安時代の日本の霊であり、新藤ヒカルの師匠。かつて天皇の囲碁教師を務めたサイは、いつか神の一手を取ることを目標に、囲碁を続けている。サイの霊はかつて、実在の人物で名棋士となった本因坊周作に憑依していた。サイは洞也光陽にライバル意識を抱いており、ヒカルを通して光陽に対戦を持ちかける。そして、インターネットを通して対戦することで、サイの願いは叶う。伝説的な対局は、サイがわずか0.5点差で勝利を収めた後、ヒカルは逆転できるはずだった別の一手を発見する。ヒカルの成長を目の当たりにしたサイは、神の一手を手に入れるという願いを叶えることなく、千年もの時が終わってしまうのではないかと感じ始める。しかし、もしかしたら自分は目覚めて、将来神の一手を手に入れるかもしれないヒカルに教える運命だったのかもしれないと考える。光陽との対局から数日後、サイは恐れていた通り、突然姿を消す。ヒカルは最後の対局中に居眠りしていたため、サイはヒカルとの最後の対局を終えることも、彼に別れを告げることもできなかった。サイがいなくなり、ヒカルは落ち込んでゲームをやめたいと思う。ヒカルがイズミと対局したとき、ヒカルはサイがヒカルの囲碁の中で生き続けていることに気づき、囲碁を続けることにした。現代の基準からすると非常に女性的なサイは、伝統的に女性的な特徴や仕草で描かれることが多い。堀田由美は、漫画の「幕間」のページでファンが誤って彼を「彼女」と呼んでいることを冗談めかして語っている。サイの非常に感情的な行動は平安時代の男性としては適切であり、彼は時々ちびキャラ風に大量に泣き、長袖を涙で濡らすが、これは彼の時代には知性と感受性の表れとして尊敬されていた。彼の名前である藤原は、彼が平安時代に非常に高い名声を持っていた貴族の藤原氏と関係があることを示唆している。サイは名誉心が非常に強く、不正行為やいじめを嫌悪する。
ヒカルの最大のライバルであり、海王中学校の生徒であるアキラは、トウヤ・コウヨウの息子で、ヒカルが囲碁を始めた頃にはすでにプロレベルの棋力を持っていた。アキラはヒカルの驚異的な能力に驚き、その強さの秘密を探ることに夢中になる。一方、ヒカルは、自分と同じ小学6年生であるにもかかわらず、アキラが囲碁に真剣に取り組む姿に感銘を受ける。物語が進むにつれ、この二人は様々な状況下で対局を重ね、そのたびに謎が深まっていく。
ヒカルの幼馴染。ヒカルが囲碁に興味を持ったことをきっかけに、彼女も囲碁を少しずつ学び、後にヘイズ中学校囲碁部に入部。実力は低いものの、女子チームの副キャプテンを務める。友人2人や他の登場人物からもわかるように、彼女はヒカルに好意を抱いている。しかし、ヒカルも徐々に彼女に惹かれていく。二人はシリーズを通してずっと友人関係を続ける。
ヘイズ中学校囲碁部の部長兼創設者。当初は戦略書に頼っていたが、寄勢（終盤）の腕前は抜群。加賀に説得され、本を捨てて自分の実力を信じるよう促される。ヘイズ中学校囲碁部創設時は部員1名だったが、光とあかりの尽力により部員は増えていく。海王中学校囲碁部を倒すという夢を実現する前に、君広はヘイズ中学校を卒業する。
ヘイズ中学校将棋部部長。加賀は囲碁が大嫌いで将棋を好む。父親が囲碁を禁じ、幼い頃から強制的に囲碁をさせていたが、どれだけ上手くても父親を満足させることができず、いつも東谷明に負けていたからだ。幼少期の回想シーンでは、明に負けるだけでなく、明の対戦相手に対する冷淡な態度に侮辱されたと感じている。それでも、腕を鈍らせないために時折囲碁を打っている。シリーズを通して、筒井君弘と共にヘイズ中学校を卒業する。
囲碁クラブの選手であり、バレーボールクラブにも所属している。
ヘイズ中学校囲碁部の選手で、不正行為の癖を克服した。大会が間近に迫っているのに、学校の囲碁部に残るのではなく院生になることを選んだヒカルに腹を立てている。ユキとヒカルはもはや友人とは見なされていない。サイが去り、ヒカルが囲碁をやめたいと言ったとき、ユキはヒカルが囲碁部を辞めて、アキラ・トヤに追いつくためにプロになったのに、今辞めようとしていることに腹を立てた。ユキは説得されてようやく囲碁部に残る。
津田久美子は、藤崎あかりの友人であり、ヘイズ中学校の生徒である。
ヘイズ中学校囲碁部の男子部員。
囲碁クラブの会員。
ヒカルの「兄貴分」であるインセイ。加賀と同様、アキラ・トヤには決して勝てないことと、アキラが対戦相手を軽蔑しているように見えることから、アキラを嫌っている。かつてインターネット囲碁でサイと対戦し、「ゼルダ」というニックネームを使用していたことがある。ヒカルと同じ15歳でプロになり、3敗を喫している。また、非常に無鉄砲で短気な性格で知られており、友人のイズミを動揺させた元インセイ・マシバの顔面を殴ったこともある。
光と仲の良い院生の一人である伊澄は、シリーズ中に18歳になる光と同世代で最年長である。彼は最初のプロ試験で先駆者として非常に優秀で、光との対局までは無敗だった。その対局中、光の驚異的な強さについての噂が時間制限のプレッシャーに拍車をかけ、石を置き忘れてしまう。石を離した後に動かそうとしたことがきっかけで、光に不正行為を疑われる前に潔く投了する。この対局が彼の心に重くのしかかり、次の2局も負けてプロになるチャンスを失い、最終的に4敗で終わる。その後、彼は中国で囲碁を学ぶために渡航するが、これはシリーズの中で光が中心ではない数少ないキャラクターアークの一つである。そこで彼は感情をコントロールすることを学び、翌年のプロ試験を無敗で合格する。また、イズミは知らず知らずのうちにヒカルがサイを失った悲しみを乗り越える手助けをすることになる。二人の練習対局を通して、ヒカルは対局することで、サイがヒカルに受け継いだ囲碁という概念、つまりサイの手の中に自分の心を見出すことができると気づくのだ。
光と同じグループの院生である越智は、最年少（登場時は12歳）だが、自分の実力について非常に率直に語る。彼の強さを自慢する裏には不安があり、負けるたびに長時間トイレにこもってしまうことで知られている。明は光の現在の強さを知るために越智を指導する。明が光に執着していることから、越智は光には自分が知らない何かがあるのではないかと不安になる。また、明が光だけをライバルと認め、越智自身を認めないことにも越智は腹を立てる。彼はプロ試験で光に勝てたら自分をライバルと認めるよう明に要求する。越智は光に負けるが、プロ試験では最高得点、わずか2敗で合格する。彼は裕福な家庭の出身で、彼の家に囲碁の個人指導に来るプロ棋士の数からもそれがわかる。
本田俊典は実力のある院生で、五大先鋒（光、越智、和谷、伊角、本田）の一人。プロ試験では上位3位以内に入る寸前まで迫り、光にも勝利するほどの活躍を見せるが、最終的には不合格となる。翌年、伊角、門脇と共にプロに昇格したが、わずか6敗という僅差での昇格だった。
門脇は自信過剰な選手で、当初は院生を目指していたが、サイがヒカルのチームでプレーし、彼を簡単に打ち負かした。そのため門脇はもう一年練習することを決意する。翌年、彼はほぼ満点に近い成績で合格し、唯一敗れたのはイズミだけだった。
「フク」の愛称で知られる、院生で和谷の同級生。極めて速いプレイスタイルで有名。和谷の方が実力は上だが、フクにはなかなか勝てない。光はプロ試験でフクに1局負けるが、最終的に試験に不合格となる。
シリーズで重要な役割を担う唯一の女性院生。プロ試験では本田に勝利するものの、最終的には試験に不合格となる。
最強の院生の一人であり、和谷を破り、若き獅子トーナメントを勝ち進むことができた。しかし、最終的にはプロ試験に不合格となる。
最強の院生の一人。彼は最終的に職業試験に不合格となる。
「ゴリラマン」の異名を持つ椿は、大柄で声が大きく、毛深い男で、光を容易に威圧する。彼はプロ試験に落ちてしまい、30歳という年齢制限のため再受験は不可能。そこで彼は、自分の代わりに光に試験に合格してほしいと頼む。
先駆者を倒そうと試みるものの失敗し、最終的にはプロ試験にも不合格となる院生。
飯島亮は、光の成長に気づいた院生だった。和谷から、和谷のグループが光を囲碁サロンに連れて行って手助けしていたことを聞き、飯島は激怒する。なぜなら、光はグループ全員にとってプロ囲碁の地位を得るための「ライバル」だったからだ。飯島はその後、囲碁をやめることを決意する。
塔矢明の父であり、塔矢名人（とうや めいじん）として知られるプロ囲碁棋士。名人は彼が獲得した称号の一つである。彼はサイとライバル関係にあり、サイと同様に神業を追求していた。サイに敗れた後、彼は日本の囲碁界から引退し、中国で対局する。彼は光に興味を持っており、光がプロになった後に初心者段シリーズで対局することを希望した。
ベテランのプロで、本因坊の現保持者。桑原は桃矢名人とは友人だが、尾形とはライバル関係にあり、尾形からの挑戦を退ける。翌年の防衛戦では、急速に成長している若手の倉田を破る。彼は漠然と斎の存在を感じ取ることができ、光に興味を持つようになる。桑原は、ビギナーダンシリーズの試合で光を賭ける。桑原は周作の本名である。声優：納谷六郎（日本語）、フレンチ・ティックナー（英語）
森下先生、または森下氏としても知られる彼は、九段のプロ棋士で、和谷の囲碁の師匠であり、和谷の誘いで光もよく参加する勉強会のリーダーでもある。森下は、同時期にプロになった東谷光陽をライバル視している。また、コミュニティの囲碁リーダーである白川道夫（七段）の指導も行っている。
囲碁のプロで、子供の大会でヒカルがプロの囲碁棋士でも見抜くのに時間がかかるような一手についてコメントした際に、ヒカルの才能を見抜いた（ただし、これはサイの洞察力によるもので、この時点ではヒカルはまだそれほど熟練していなかった）。彼はまた、洞也光陽の弟子でもあり、洞也光陽の引退に伴い、十段と護生の称号を継承する。
プロ囲碁棋士であり、院生クラスの院生講師。
ザマは現在の王座保持者であり、傲慢で尊大な男である。彼は新将団シリーズで東谷明と対戦し、その生意気な態度に腹を立て、彼を叩き潰すことを決意した。試合の大半は東谷が優勢だったが、彼の過剰なリスクテイクによって王座は試合の流れを逆転させることができた。
囲碁七段で、地域囲碁界のリーダー。森下氏の指導を受けた。森下氏の研究会メンバーであり、地域囲碁の指導者でもある。
倉田篤はプロ囲碁棋士七段。彼は、ヒカルが歴史的に重要な碁盤が偽物だと指摘した際にヒカルと出会い、囲碁サロンで単色碁を対局した際にヒカルの才能を見抜いた。その後、北斗杯日本代表チームの監督となり、ヒカルを日本代表として韓国代表のコ・ヨンハと対戦させた。
カイオ中学校囲碁部の部長で、プロにならなかった元院生。アキラと対局したが、早々に投了し、実力差を認め、プロを目指さなかったのは正しかったと認めた。その後、ヒカルの実力を測るために対局し、あっさりと勝利する。学校の囲碁部でアキラのレベルを目指すヒカルの計画を軽視する態度が、ヒカルが院生登録を決意するきっかけとなる。ヒカルが院生登録した直後、ヒカルがブラックコーヒーを好むことから、他の選手たちが話題にしていた「落ちこぼれ院生」は彼だと気づく。
ユンはアキラの中学校の教師で、囲碁部の顧問を務めている。彼は韓国出身で、韓国で子供たちに囲碁を教えていた。当初は日本の若い囲碁棋士に失望していたが、海王の教員になってからは考えが変わった。
海王中学校3年生。囲碁部の部員3人がアキラをいじめている時、彼をかばう。彼女はあらゆるいじめを憎んでいるが、だからといって他人をいじめることをやめるわけではない。
海王中学校囲碁部に所属する東谷明の存在を嫌う３人の生徒が、彼に「目隠し囲碁」（目を見ずに手を声に出して指示する、いわば目隠しチェスのようなもの）をさせて部活を辞めさせようと企む。日高ゆりが現場を押さえ、いじめを止めさせる。
市川さんは、トヤ家が経営する囲碁サロンのレジ係です。アキラがプロとしてのスケジュールでクラブに来る頻度が減ると、彼女は寂しく感じます。アキラがプロになっても「先生」とは呼ばず、「アキラくん」という愛称で呼び続けます。彼女はよくアキラを車で色々な場所に連れて行き、アキラは時々彼女に囲碁を教えます。
光が三谷由紀を見つけた囲碁サロンのオーナー、シュウ。三谷がイカサマをしていることに気づいたシュウは、彼に懲らしめを与えるためにダケさんを雇う。
シュウに雇われた囲碁の詐欺師で、三谷ユキにイカサマをしないように教える役目を負っている。囲碁サロンの常連客を装い、実力を隠している。賭けをしてユキから1万円（約110米ドル）を勝ち取る。後にヒカルとサイがそのお金を取り戻し、ヒカルはこのお金を使って彼を学校の囲碁部に入部するよう説得する。ダケは無害な道化師を装うパフォーマンスの一環として、囲碁をしながらロマンチックな歌を歌い、不器用に見えるように右手で囲碁を打つ（実際は左利き）。
ヒカルの祖父は、地方の囲碁チャンピオンで、ヒカルが初めてサイに出会った碁盤の持ち主である。祖父によると、その碁盤は、兄が「背の高い帽子をかぶった幽霊」が時々現れるという噂に興味を持ち、骨董品店で購入したものだという。祖父は兄の死後、その碁盤を形見として保管し、ヒカルに譲ろうとはしなかったが、ヒカルが1年で囲碁の腕前をどれほど向上させたかを見て、ヒカルが一人で練習できるように立派な碁盤を買ってあげた。
インターネットカフェで働く女の子で、勤務時間中はヒカルに無料で囲碁をさせてあげている。彼女はヒカルの英語の勉強も手伝っている。
ヒカルの母親。
中国人囲碁棋士で、泉が中国を訪れた際に彼と親しくなった。泉がホテル代を節約できるよう、自分の寮の部屋に泊まるよう誘った。コンピューター技術に強い関心を持ち、コンピューターに囲碁の指し方を教えるプロジェクトにも携わっている。中国語の他に、日本語、韓国語、英語も話せる。後に北斗杯の中国代表チームのコーチに選ばれる。
北斗杯に中国代表として3番手として出場した、14歳の中国人囲碁プロ棋士。
13歳の中国人囲碁プロ棋士。11歳でプロになった楽は、故郷の雲南省から北京に移り、中国囲碁学院で学んだが、大都会生活に気を取られ、実力は伸び悩んでいた。伊角に敗れたことがきっかけで、楽は努力を重ねるようになった。容姿は和谷と瓜二つだった。
韓国の囲碁プロで、ヒカル（12歳）より2歳年下。ヒカル、ワヤ、イズミは院生時代に囲碁サロンを巡り、腕を磨いていた。そのうちの1つで、叔父が囲碁サロンを経営しているスヨンと出会う。スヨンは韓国から休暇で来ていた。当時、スヨンはヨングセン（韓国の院生に相当）だったが、囲碁に幻滅していた。ヒカルとスヨンの激しい口論がきっかけで、2人は囲碁サロンで白熱した対局を繰り広げる。ヒカルがスヨンに勝利し、スヨンはプロになるためにさらに努力するようになる。スヨンは韓国で9段を破り有名になる。北斗杯では韓国代表3人目として再び登場する。
北斗杯に韓国代表として選出されたプロ囲碁棋士。インタビュー中に韓国語の発言が誤訳されたことで、日本国内で本因坊秀作を侮辱したと誤解され、大会を巡って日本チームと韓国チームの間に意図せず大きな緊張を引き起こしてしまった。