フリーサーファー

フリーサーファー
開発者	マルティノス生物医学画像センター
安定リリース	7.3
リポジトリ	github.com/freesurfer/freesurfer ;
オペレーティング·システム	LinuxまたはMac OS X
タイプ	神経画像データの解析
ライセンス	FreeSurferソフトウェアライセンス
Webサイト	フリーサーファー

FreeSurfer に含まれる FreeView アプリケーションのスクリーンキャプチャ。

FreeSurferは、もともとBruce Fischl、Anders Dale、Martin Sereno、Doug Greveによって開発された脳画像ソフトウェアです。 ^{[2] FreeSurferの開発と保守は現在、}Athinoula A. Martinos生物医学画像センターの計算神経画像研究所^{[3]が主な責任を担っています。FreeSurferには、脳組織の}磁気共鳴画像（MRI）スキャンの分析に共通する焦点を持つ一連のプログラムが含まれています。これは機能的脳マッピングの重要なツールであり、ボリュームベースとサーフェスベースの両方の分析を実行するツールが含まれています。^[4] FreeSurferには、灰白質表面と軟膜表面の両方の位相的に正しく幾何学的に正確なモデルを再構築し、皮質の厚さ、表面積、折り畳みを測定し、皮質折り畳みのパターンに基づいて被験者間の登録を計算するツールが含まれています。

FreeSurferソフトウェアパッケージは、2022年4月現在、57,541部が使用登録されており^{[5] 、}ヒューマンコネクトームプロジェクト、^[6] UKバイオバンク、^[7]青年期の脳認知発達研究、^[8]アルツハイマー病神経画像化イニシアチブの処理パイプラインの中核ツールとなっています。^[9]

使用法

FreeSurfer の処理ストリームは、 recon-allと呼ばれるシェルスクリプトによって制御されます。^[10]このスクリプトは、生の MRI 画像を形態計測および統計分析に簡単に使用できる形式に整理するコンポーネントプログラムを呼び出します。FreeSurfer はボリュームを自動的にセグメント化し、表面を標準化された関心領域(ROI) に分割します。Freesurfer は、mri_glmfit ^{[11]ツールによる統計 (}一般線形モデル) 分析のために、モーフィングされた球面法を使用して被験者全体を平均化します。FreeSurferには、次のような幅広い用途を可能にするさまざまなパッケージが含まれています。

FreeViewはFreeSurferの出力を視覚化するツールであり、一般的なMRI画像フォーマットも表示できる^[12]
TRACULA、拡散画像から白質線維束データを構築するツール^[13]
機能的MRIデータの解析ツールであるFSFAST ^[14]
XHemi（インターヘミスフェリック登録）^[15]
LGIは、折り畳みの程度または局所GIを計算するためのものである^[16]
線形混合効果モデルのためのMATLABツールボックス^[17]

相互運用

FreeSurfer は、英国オックスフォードの機能的 MRI 脳 (FMRIB) グループが作成した画像解析用の総合ライブラリであるFMRIB ソフトウェアライブラリ(FSL)と簡単に相互運用できます。FreeSurfer 機能解析ストリーム (FS-FAST) または FSL ツールを使用して取得した機能的活性化結果は、FreeSurfer を使用して、膨張、球状、または平坦化された皮質表面にオーバーレイできます。統計的パラメトリックマッピング (SPM) のデータは、FreeSurfer パッケージに含まれるツールを使用して FreeSurfer データセットに統合できます。^[18] FreeSurfer は、MNI MINC、VXL、Tcl / Tk /Tix/BLT、VTK、KWWidgets、Qtのツールキットも使用します。 ^[19]これらはすべてディストリビューションで利用できます。Caret 、AFNI /SUMA、MNE、3D Slicer などの他の神経画像処理プログラムも、FreeSurfer で処理されたデータをインポートできます。

ダウンロード

FreeSurferはMac OSとLinuxで動作します。無料登録とバイナリインストールは無料で利用できますが、FreeSurferバイナリを実行するにはライセンスキー（テキストファイル）が必要です。^{[20]ドキュメントはFreeSurfer Wiki}^[21]で参照でき、開発者とコミュニティからのFreeSurferメーリングリストを通じて限定的なサポートを受けることができます。

選択された参考文献

以下は、FreeSurferチームが研究者にFreeSurferを通じて得られた研究結果を発表する際に引用することを推奨する参考文献の例です。^[22]引用数は2019年8月時点のGoogle Scholarから取得しました。

参照

機能的神経画像の解析
セントルイス・ワシントン大学、カレット・ヴァン・エッセン研究室
カリフォルニア大学ロサンゼルス校（UCLA）神経イメージング研究所
統計的パラメトリックマッピング（SPM）
計算解剖学ツールボックス
アナスタシア・イェンディキ

参考文献

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外部リンク

公式サイト

[1] [1] FreeSurferソフトウェアライセンスページ

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