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統計学において、デュアルフラッシュライトプロットは、対照変数の標準化平均（SMCV ）が、比較対象を表す対照変数の平均に対してプロットされる散布図の一種である。 [1]一般的に使用されるデュアルフラッシュライトプロットは、マイクロアレイやハイスループットスクリーニング研究などのハイスループット実験における2つのグループ間の差を示すもので、実験で調査されたすべての遺伝子または化合物（ siRNAや小分子など）について、SSMDと平均logフォールドチェンジをそれぞれy軸とx軸にプロットする。 [1] 全体として、デュアルフラッシュライトプロットの点は、2つのヘッドを備えた懐中電灯の光線のように見えるため、デュアルフラッシュライトプロットと呼ばれている。[1]
デュアルフラッシュライトプロットでは、図に示すように、遺伝子または化合物が効果サイズの各カテゴリにどのように分布しているかを確認できます。同時に、各遺伝子または化合物の平均フォールドチェンジも確認できます。デュアルフラッシュライトプロットはボルケーノプロットに似ています。ボルケーノプロットでは、 SMCVまたはSSMDではなく、 p値（またはq値[説明が必要]）が平均フォールドチェンジに対してプロットされます[2] 。[3] p値（またはq値）ではなくSMCVを使用する利点は、遺伝子または化合物にゼロ以外の真の効果が存在する場合、推定SMCVはその母集団の値になるのに対し、平均差がない（またはゼロ対比平均）をテストするためのp値（またはq値）はサンプルサイズが増加するとゼロになることです。[4] したがって、SMCVの値は比較可能ですが、p値やq値の値は、特に調査対象の遺伝子や化合物の多くが正確にゼロの効果を持たない場合には、異なるサンプルサイズの実験では比較できません。デュアルフラッシュライトプロットは、火山プロットと比較して、SMCVと同じ利点を持っています。
参照
さらに読む
- Zhang XHD (2011)「最適なハイスループットスクリーニング：ゲノム規模のRNAi研究のための実用的な実験設計とデータ分析、ケンブリッジ大学出版局」
参考文献
- ^ abc Zhang XHD (2010). 「多因子ハイスループット実験における遺伝子またはRNAi効果のサイズの評価」. Pharmacogenomics . 11 (2): 199–213. doi :10.2217/PGS.09.136. PMID 20136359.
- ^ Jin W, Riley RM, Wolfinger RD, White KP, Passador-Gurgel G, Gibson G (2001). 「Drosophila melanogaster における転写変異への性別、遺伝子型、年齢の寄与」Nature Genetics . 29 (4): 389–95. doi :10.1038/ng766. PMID 11726925. S2CID 16841881.
- ^ Cui X, Churchill GA (2003). 「cDNAマイクロアレイ実験における差次的発現の統計的検定」.ゲノム生物学. 4 (4): 210. doi : 10.1186 /gb-2003-4-4-210 . PMC 154570. PMID 12702200.
- ^ Zhang XHD (2010). 「2つのグループの比較のための厳密に標準化された平均差、標準化された平均差および古典的なt検定」。バイオ医薬品研究の統計。2 (2): 292–99。doi : 10.1198/ sbr.2009.0074。S2CID 119825625 。