デビッド・T・ジョーンズ（生化学者）

デビッド・ジョーンズ
2006年のデイビッド・ジョーンズ
生まれる	デビッド・チューダー・ジョーンズ 1966年11月（57歳～58歳）[2]
国籍	イギリス
母校	ユニバーシティ・カレッジ・ロンドン（博士号） キングス・カレッジ・ロンドン（修士） インペリアル・カレッジ・ロンドン（BSc）
知られている	タンパク質フォールド認識 タンパク質構造予測
受賞歴	王立協会大学研究フェローシップ（1995年～1999年）
科学者としてのキャリア
フィールド	バイオインフォマティクス タンパク質構造 計算生物学[1]
機関	ユニバーシティ・ カレッジ・ロンドン ロンドン大学バークベック校
論文	タンパク質配列解析への構造的アプローチ (1993)
博士課程の指導教員	ウィリアム・R・テイラー ジャネット・ソーントン
Webサイト	http://www.cs.ucl.ac.uk/staff/d.jones/

デイビッド・チューダー・ジョーンズ FRS（1966年生まれ）^[2]は、ユニバーシティ・カレッジ・ロンドンのバイオインフォマティクス教授であり、バイオインフォマティクスグループの責任者です。^{[3]彼はまた、ブルームズベリー・バイオインフォマティクス・センターの所長でもあります。このセンターは、UCLと}ロンドン大学バークベック校の共同研究センターであり、バイオメディカル研究者にバイオインフォマティクスのトレーニングとサポートサービスを提供しています。2013年、彼はPLoS ONE、 BioData Mining、Advanced Bioinformatics、Chemical Biology & Drug Design、およびProtein: Structure, Function and Bioinformaticsの編集委員会のメンバーです。^[要出典]

ジョーンズはインペリアル・カレッジ・ロンドンで学び、物理学の理学士号を取得した。^{[いつ? ] [要出典]彼は}キングス・カレッジ・ロンドンに移り、生化学の理学修士号を取得した ^{[いつ? ]}後、ユニバーシティ・カレッジ・ロンドンに移り、ウィリアム・R・テイラーとジャネット・ソーントンの指導のもと、 1993年に博士号を取得した^[4]。^[要出典]

ジョーンズ氏の主な研究対象^[1]は、タンパク質構造の予測と分析、タンパク質の折り畳み、膜貫通タンパク質の分析、バイオインフォマティクスにおける機械学習の 応用、インテリジェントソフトウェアエージェントの応用を含むゲノム分析です。^[5]彼はグラクソ・スミスクラインを含むいくつかの異なる企業でコンサルタントを務めてきましたが、彼の主な業界経験は、 1998年にユニバーシティ・カレッジ・ロンドンからの企業スピンオフとして設立されたインファーマティカ・リミテッド^[2]の共同設立者としてのことでした。同社はバイオインフォマティクスとケモインフォマティクスを組み合わせて、タンパク質の構造と機能の関係、およびこれらのタンパク質への化学基の結合を調べ、新薬の発見につながりました。^[要出典]

THREADERは、タンパク質フォールド認識（スレッディング）として広く知られている方法^[6]を提供します。これは、既知の構造のタンパク質と同じフォールドを持つタンパク質をモデル化するために使用されるタンパク質モデリングの方法です。入力は、タンパク質構造が不明なアミノ酸配列であり、THREADERはこの配列に対して最も可能性の高いタンパク質構造を出力します。配列と提案された構造間の適合度は、既知の構造のタンパク質から得られた経験的ポテンシャルのセットによって評価されます。 この研究に先立って、David Bakerと彼の同僚は、THREADERのアイデアをさらに発展させ、この分野に大きな影響を与えたRosettaメソッドの形で開発しました。

MEMSAT ^[7]は、タンパク質のトポロジーモデルの認識に基づいて膜貫通ヘリックスセグメントの位置を予測するアプローチです。この方法では、十分に特徴付けられた膜タンパク質データから得られた一連の統計テーブルを使用し、期待値を最大化することで膜トポロジーモデルを認識する動的プログラミングアルゴリズムを備えています。MEMSATは1994年に最初に構築されて以来、二次構造の予測に多くの改善をもたらしました。最新バージョンは2007年にリリースされたMEMSAT3 ^[8]です。これは、ニューラルネットワークを使用して、膜の細胞質側または膜貫通ヘリックス内の残基の位置を決定します。

ジョーンズは、クリスティン・オレンゴとジャネット・ソーントン^[9]とともに、CATHデータベースの開発の初期段階に携わりました。CATHデータベースは、タンパク質データバンクにおけるタンパク質構造の階層的ドメイン分類であり、4つの主要な階層レベルは、クラス、アーキテクチャ、トポロジー、相同スーパーファミリーです。CATHデータベースは、自動技術と手動技術を組み合わせて採用しています。^{[10] [11]}

GenTHREADER ^[12]は、タンパク質フォールド認識のためのより高速で強力なツールであり、タンパク質配列全体または個々のタンパク質配列に適用できます。この方法では、従来の配列アライメントアルゴリズムを使用してアライメントを生成し、その後、アライメントをスレッド化技術によって評価します。最後のステップとして、各モデルをニューラルネットワークで評価し、提案された予測の信頼レベルの測定値を生成します。GenTHREADER の出現により、一連の改善作業が可能になりました。^[13]これまでのところ、^{[いつ? ]} mGenTHREADER、pDomTHREADER、pGenTHREADER など、いくつかの改善された方法が利用可能になりました。^{[14] [15]}

これは、いくつかの構造予測手法を集約したサーバーです。これには、タンパク質の二次構造を予測する技術であるPSIPRED（タンパク質二次構造予測）としても知られる新しく実装された手法、および膜貫通トポロジー予測（MEMSAT3）、およびフォールド認識（GenTHREADER）などの技術が含まれます。ユーザーはタンパク質配列を送信し、興味のある予測を実行し、結果を電子メールで受け取ります。^[16]

1996年以来、ジョーンズはバイオテクノロジー・生物科学研究会議（BBSRC）、工学・物理科学研究会議（EPSRC）、医学研究会議（MRC）、英国研究会議など、多くの研究委員会に関わってきました。^{[要出典]彼の研究は、BBSRC、}ウェルカムトラスト、エルゼビア、EPSRC、MRC、王立協会、欧州委員会、アストラゼネカ、グラクソ・スミスクライン、サン・マイクロシステムズから資金提供を受けています。^[3]

ジョーンズは1995年から1999年まで、権威ある王立協会大学研究フェローを務めた^{。[3] 2022年にジョーンズは}国際計算生物学会のフェローに選出され^[17]、2023年には王立協会のフェローに選出された。 ^[18]