dNaM

dNaM
	dNaMの2D構造
名前
	IUPAC名 (1 R )-1,4-無水-2-デオキシ-1-(3-メトキシナフタレン-2-イル)-D-エリスロ-ペンチトール
	体系的なIUPAC名 (2 R ,3 S ,5 R )-2-(ヒドロキシメチル)-5-(3-メトキシナフタレン-2-イル)オキソラン-3-オール
識別子
CAS番号	1117893-19-2;
3Dモデル（JSmol）	インタラクティブ画像;
ケムスパイダー	58191600;
パブケム CID	102129315;
CompTox ダッシュボード ( EPA )	DTXSID501046397;
	インチ InChI=1S/C16H18O4/c1-19-14-7-11-5-3-2-4-10(11)6-12(14)15-8-13 (18)16(9-17)20-15/h2-7,13,15-18H,8-9H2,1H3/t13-,15+,16+/m0/s1 キー: XVSHFDVHYNHNDU-NUEKZKHPSA-N;
	笑顔 COc1cc2ccccc2cc1[C@H]3C[C@@H]([C@H](O3)CO)O;
	特に記載がない限り、データは標準状態（25 °C [77 °F]、100 kPa）の材料に関するものです。インフォボックス参照

dNaM は、天然塩基の代わりに 3-メトキシ-2-ナフチル基を含む人工核酸塩基です。

もともと大腸菌の半合成生物で複製のためにDNAに導入されたとき、 d5SICSと対になっていました。略してXと呼ばれ、d5SICSはYと呼ばれています。 ^[1]d5SICSは、より広範囲の配列コンテキストで複製する能力が向上したため、改訂版ではdTPT3に置き換えられました。^[2] Xは、天然の塩基対で起こる水素結合の代わりに、疎水性相互作用とパッキング相互作用を使用してYと対になります。半合成生物内では、メチル誘導性ミスマッチ修復経路（MMR）が実際には非天然-天然のミスペアを修復しますが、組換え修復は実際には非天然を切り取ります。^[3]大腸菌の半合成生物は、プラスミド上にあるときも染色体に格納されているときも、新しい塩基を長期間保持することができました。^[4]^[5]遊離DNAでは、 d5SICSとdNaMのリングは同じ平面ではなく平行平面に配置されますが、DNAポリメラーゼの内部では、エッジツーエッジ構造を使用して対になります。^[6] dNaMとdTPT3は、大腸菌リボソームでデコードして非天然アミノ酸を含むタンパク質を生成する能力を持つT7 RNAポリメラーゼによるmRNAとtRNAの転写をテンプレート化することもでき、遺伝暗号を拡張します。^[7]

参考文献

^ Sarah Caplan (2017年11月29日). 「研究室で作られたDNAを持つ細胞が合成生物学の『聖杯』につながる」ワシントンポスト。
^ Zhang, Yorke; Lamb, Brian M.; Feldman, Aaron W.; Zhou, Anne Xiaozhou; Lavergne, Thomas; Li, Lingjun; Romesberg, Floyd E. (2017-01-23). 「遺伝子アルファベットの安定した拡張のために設計された半合成生物」。米国科学アカデミー紀要。114 ( 6): 1317– 1322。Bibcode : 2017PNAS..114.1317Z。doi : 10.1073 / pnas.1616443114。ISSN 0027-8424。PMC 5307467。PMID 28115716。
^ Ledbetter, Michael P.; Karadeema, Rebekah J.; Romesberg, Floyd E. (2018-01-17). 「遺伝子アルファベットの拡張のための半合成生物のレプリソームの再プログラミング」アメリカ化学会誌. 140 (2): 758– 765. doi :10.1021/jacs.7b11488. ISSN 0002-7863. PMC 5793209. PMID 29309130 .
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^ Malyshev, Denis A.; Dhami, Kirandeep; Quach, Henry T.; Lavergne, Thomas; Ordoukhanian, Phillip; Torkamani, Ali; Romesberg, Floyd E. (2012). 「3番目の塩基対を含むDNAの効率的かつ配列非依存的な複製により、機能的な6文字の遺伝アルファベットが確立される」。米国科学アカデミー紀要。109 ( 30): 12005– 12010。Bibcode : 2012PNAS..10912005M。doi : 10.1073 / pnas.1205176109。PMC 3409741。PMID 22773812。S2CID 26653524 。
^ Betz, Karin; et al. (2013). 「水素結合のないDNA複製の構造的洞察」J Am Chem Soc . 135 (49): 18637– 43. doi :10.1021/ja409609j. PMC 3982147 . PMID 24283923.
^ チャン、ヨーク;プタシン、ジェロッド L.フィッシャー、エミール・Ｃ．アーニ、ハンス R.カロライナE、カファロ。サンノゼ、クリスティン。フェルドマン、アーロン W.ターナー、コートR。ロメスバーグ、フロイド E. (2017 年 11 月)。「増加した遺伝情報を保存し、取り出す半合成生物」。自然。551 (7682): 644–647。ビブコード:2017Natur.551..644Z。土井：10.1038/nature24659. ISSN 1476-4687。PMC 5796663。PMID 29189780。

[WashPost-20171129-1] Sarah Caplan (2017年11月29日). 「研究室で作られたDNAを持つ細胞が合成生物学の『聖杯』につながる」ワシントンポスト。

[2] Zhang, Yorke; Lamb, Brian M.; Feldman, Aaron W.; Zhou, Anne Xiaozhou; Lavergne, Thomas; Li, Lingjun; Romesberg, Floyd E. (2017-01-23). 「遺伝子アルファベットの安定した拡張のために設計された半合成生物」。米国科学アカデミー紀要。114 ( 6): 1317– 1322。Bibcode : 2017PNAS..114.1317Z。doi : 10.1073 / pnas.1616443114。ISSN 0027-8424。PMC 5307467。PMID 28115716。

[3] Ledbetter, Michael P.; Karadeema, Rebekah J.; Romesberg, Floyd E. (2018-01-17). 「遺伝子アルファベットの拡張のための半合成生物のレプリソームの再プログラミング」アメリカ化学会誌. 140 (2): 758– 765. doi :10.1021/jacs.7b11488. ISSN 0002-7863. PMC 5793209. PMID 29309130 .

[MyUser_Rsc.org_July_29_2015c-4] 「細菌、不自然なDNA移植から生還」Rsc.org 2015年7月29日閲覧。

[MyUser_Pnas.org_July_29_2015c-5] Malyshev, Denis A.; Dhami, Kirandeep; Quach, Henry T.; Lavergne, Thomas; Ordoukhanian, Phillip; Torkamani, Ali; Romesberg, Floyd E. (2012). 「3番目の塩基対を含むDNAの効率的かつ配列非依存的な複製により、機能的な6文字の遺伝アルファベットが確立される」。米国科学アカデミー紀要。109 ( 30): 12005– 12010。Bibcode : 2012PNAS..10912005M。doi : 10.1073 / pnas.1205176109。PMC 3409741。PMID 22773812。S2CID 26653524 。

[6] Betz, Karin; et al. (2013). 「水素結合のないDNA複製の構造的洞察」J Am Chem Soc . 135 (49): 18637– 43. doi :10.1021/ja409609j. PMC 3982147 . PMID 24283923.

[7] チャン、ヨーク;プタシン、ジェロッド L.フィッシャー、エミール・Ｃ．アーニ、ハンス R.カロライナE、カファロ。サンノゼ、クリスティン。フェルドマン、アーロン W.ターナー、コートR。ロメスバーグ、フロイド E. (2017 年 11 月)。「増加した遺伝情報を保存し、取り出す半合成生物」。自然。551 (7682): 644–647。ビブコード:2017Natur.551..644Z。土井：10.1038/nature24659. ISSN 1476-4687。PMC 5796663。PMID 29189780。