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| c-ジ-GMP-I | |
|---|---|
 | |
| 識別子 | |
| シンボル | c-ジ-GMP-I |
| Rfam | RF01051 |
| その他のデータ | |
| RNAタイプ | シス-レグ |
| 行く | GO:0035438 |
| それで | 0005836 ... |
| PDB構造 | PDBe |
| c-ジ-GMP-I-GGC | |
|---|---|
 | |
| 識別子 | |
| シンボル | c-ジ-GMP-I-GGC |
| Rfam | RF03167 |
| その他のデータ | |
| RNAタイプ | シス-レグ |
| 行く | GO:0035438 |
| それで | 0005836 ... |
| PDB構造 | PDBe |
| c-ジ-GMP-I-UAU | |
|---|---|
 | |
| 識別子 | |
| シンボル | c-ジ-GMP-I-UAU |
| Rfam | RF03168 |
| その他のデータ | |
| RNAタイプ | シス-レグ |
| 行く | GO:0035438 |
| それで | 0005836 ... |
| PDB構造 | PDBe |
環状ジGMP-Iリボスイッチは、毒性、運動性、バイオフィルム形成など、さまざまな微生物プロセスで使用されるセカンドメッセンジャーである環状ジGMP [1]に特異的に結合するリボスイッチの一種です。環状ジGMP-Iリボスイッチは、もともとバイオインフォマティクスによって「GEMMモチーフ」と呼ばれる保存されたRNAのような構造として特定されました。 [2] これらのリボスイッチはさまざまな細菌に存在し、クロストリジウム属と特定の種類のシュードモナス属に最も多く見られます。リボスイッチは、クロストリディオイデス・ディフィシル、コレラ菌（コレラの原因）、炭疽菌（炭疽病の原因）などの病原体に存在します。ジオバクター・ウランリデューセンスは、ゲノム内にこのリボスイッチのインスタンスを30個持つと予測されています。C. difficileに感染するバクテリオファージは、環状ジ GMP-I リボスイッチを保有すると予測されており、感染した細菌の生理学的状態を検出して利用するために使用できる可能性があります。
このリボスイッチ クラスの発見により、多くの異なる細菌において、遺伝子が環状ジGMP レベルに応じてどのように制御されるかという疑問に答えが出されました。しかし、環状ジGMP が研究されている細菌の中には、緑膿菌など、環状ジGMP-I リボスイッチを持たないものもあります。環状ジGMP-I リボスイッチは、代謝の制御が主な役割ではなく、シグナル伝達の一部であることが発見された最初の種類のリボスイッチです。環状ジGMP に結合する 2 番目のクラスのリボスイッチは、環状ジGMP-II リボスイッチと呼ばれます。環状ジGMP 結合リボスイッチの 2 つのクラスには、既知の配列や構造的特徴が共通していません。
環状ジGMP-Iリボスイッチの高解像度3次元構造は、X線結晶構造解析によって決定されている。[3] [4]
c-di-GMP-Iリボスイッチ構造のいくつかの相同体は、実際には別のシグナル分子である環状AMP-GMPを認識するリボスイッチとして機能する。[5] [6]
参考文献
- ^ Sudarsan N、Lee ER、Weinberg Z、Moy RH、Kim JN、Link KH、Breaker RR (2008)。「真正細菌のリボスイッチはセカンドメッセンジャーの環状ジGMPを感知する」。Science。321 ( 5887 ) : 411–413。Bibcode : 2008Sci ...321..411S。doi :10.1126/science.1159519。PMC 5304454。PMID 18635805。
- ^ Weinberg Z、Barrick JE、Yao Z、他 (2007)。「CMfinder比較ゲノムパイプラインを使用した細菌中の22の候補構造化RNAの同定」。Nucleic Acids Res。35 ( 14 ) : 4809–4819。doi : 10.1093/nar/gkm487。PMC 1950547。PMID 17621584。
- ^ Kulshina N、Baird NJ、Ferré-D'Amaré AR（2009年12月）。「細菌のセカンドメッセンジャー環状ジグアニル酸の同族リボスイッチによる認識」Nat . Struct. Mol. Biol . 16（12）：1212–1217。doi ：10.1038/ nsmb.1701。PMC 2925111。PMID 19898478。
- ^ Smith KD、Lipchock SV、Ames TD、Wang J、Breaker RR、Strobel SA (2009 年 12 月)。「c-di-GMP リボスイッチによるリガンド結合の構造的基礎」Nat. Struct. Mol. Biol . 16 (12): 1218–1223. doi :10.1038/nsmb.1702. PMC 2850612. PMID 19898477 .
- ^ Nelson JW、Sudarsan N、Phillips GE、Stav S、Lünse CE、McCown PJ、Breaker RR (2015)。「c-AMP-GMPによる細菌外電発生の制御」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 112 (17): 5389–5394。Bibcode :2015PNAS..112.5389N。doi : 10.1073 / pnas.1419264112 . PMC 4418907 . PMID 25848023。
- ^ Kellenberger CA, Wilson SC, Hickey SF, Gonzalez TL, Su Y, Hallberg ZF, Brewer TF, Iavarone AT, Carlson HK, Hsieh YF, Hammond MC (2015). 「Geobacter 由来の GEMM-I リボスイッチは細菌のセカンドメッセンジャー cyclic AMP-GMP を感知する」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 112 (17): 5383–5388. Bibcode :2015PNAS..112.5383K. doi : 10.1073/pnas.1419328112 . PMC 4418906 . PMID 25848022.
外部リンク
- Rfamの Cyclic_di-GMP_riboswitch のページ