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カルチュロミクスは、細菌のハイスループット 細胞培養であり、ヒトの腸などの組織や環境から採取したサンプル中の菌株や種を包括的に特定することを目的とします。[1] [2] [3]このアプローチは、相同配列の存在に基づいて新しい細菌を特定するメタゲノミクスの代替補完方法として考案されました。[3]細菌に関する系統発生情報は限られているため、メタゲノミクスデータには通常、大量の「微生物ダークマター」、つまり起源不明の配列が含まれます。[4]カルチュロミクスは、欠落しているギャップの一部を提供し、生成された培養物の機能研究を可能にするという利点も追加されます。その主な欠点は、多くの細菌種は、その成長条件がよりよく理解されるまでは事実上培養できないことです。そのため、カルチュロミクスアプローチの最適化は、培養条件を改善することで行われてきました。[5] [6]
直接ショットガンシーケンシングや16S rRNA遺伝子シーケンシングに依存するメタゲノミクスとは異なり、カルチュロミクスはマトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（MALDI-TOF）質量分析に基づいています。[2] [3]しかし、カルチュロミクスでは16S RNAシーケンシングも使用して新しい種を特定します。[7]
参照
参考文献
- ^ Lagier J、Armougom F、Million M、他 (2012 年 12 月)。「微生物カルチュロミクス: ヒト腸内微生物叢研究におけるパラダイムシフト」。 臨床微生物学および感染。18 (12): 1185–1193。doi : 10.1111/ 1469-0691.12023。PMID 23033984。
- ^ ab Lagier J、Khelaifia S、Alou M 、 et al. (2016年12月)。「カルチュロミクスによるこれまで培養されていなかったヒト腸内細菌叢のメンバーの培養」。Nature Microbiology。1 ( 12 ): 16203。doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.203。PMID 27819657。
- ^ abc Greub, G. (2012年12月). 「カルチュロミクス：ヒトマイクロバイオームを研究するための新しいアプローチ」.臨床微生物学および感染. 18 (12): 1157–1159. doi : 10.1111/1469-0691.12032 . PMID 23148445.
- ^ Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, et al. (2013年7月25日). 「微生物暗黒物質の系統発生とコーディングの可能性に関する洞察」. Nature . 499 (7459): 431–437. Bibcode :2013Natur.499..431R. doi : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . PMID 23851394.
- ^ Diakite A, Dubourg G, Dione N, et al. (2020年12月). 「ヒトマイクロバイオーム探索のためのカルチュロミクス技術の最適化と標準化」. Scientific Reports . 10 (1): 9674. Bibcode :2020NatSR..10.9674D. doi : 10.1038/s41598-020-66738-8 . PMC 7295790. PMID 32541790 .
- ^ Chang Y、Hou F、Pan Z、et al. (2019年12月 17日) 。「ヒト糞便サンプルにおけるカルチュロミクス戦略の最適化」。Frontiers in Microbiology。10 : 2891。doi : 10.3389 / fmicb.2019.02891。PMC 6927924。PMID 31921067。
- ^ Diakite A, Dubourg G, Dione N, et al. (2019年10月21日). 「8つの健康なサンプルの広範なカルチュロミクスによりメタゲノミクスの効率が向上」. PLOS ONE . 14 (10): e0223543. Bibcode :2019PLoSO..1423543D. doi : 10.1371/journal.pone.0223543 . PMC 6802823. PMID 31634343 . （この論文には現在懸念の表明があります。doi :10.1371/journal.pone.0278361、PMID36512561 、 Retraction Watch を参照してください）
さらに読む
- Lagier, Jean-Christophe; Hugon, Perrine; Khelaifia, Saber; Fournier, Pierre-Edouard; La Scola, Bernard; Raoult, Didier (2015 年 1 月)。「微生物学における文化の復活: ヒト腸内細菌叢の研究におけるカルチュロミクスの例から」。臨床微生物 学レビュー。28 (1): 237–264。doi : 10.1128 / CMR.00014-14。PMC 4284300。PMID 25567229。
- ビレン、メルヘム。デュフール、ジャン＝シャルル。ラジェ、ジャン＝クリストフ。カドレ、フレデリック。ダウド、ジアド。デュブール、グレゴリー。ラウール、ディディエ（2018年12月）。 「単離されたヒトの細菌および古細菌種のレパートリーに対するカルツロミクスの貢献」。マイクロバイオーム。6 (1): 94.土井: 10.1186/s40168-018-0485-5。PMC 5966928。PMID 29793532。