結合遺伝子

結合遺伝子( CG) は、同じ染色体上にあり、同じ方向にあり、多くの場合 (95%) 独立して異なるタンパク質に翻訳される、2 つ以上の異なる既知の (親) 遺伝子のそれぞれから 1 つのエクソンの少なくとも一部を組み合わせることによって転写物を生じる遺伝子として定義されます。場合によっては、CG によって形成された転写物が翻訳されて、キメラまたは完全に新しいタンパク質が形成されます。

親遺伝子 A と B から結合遺伝子 AB が形成される様子を漫画で表現したもの。

結合遺伝子には、複合遺伝子、複合遺伝子、^[1]、融合遺伝子、融合タンパク質、リードスルー転写産物、共転写遺伝子、ブリッジ遺伝子、スパニング遺伝子、ハイブリッド遺伝子、遺伝子座をまたぐ転写産物など、いくつかの別名が使用されています。

現在、Prakash et al. ^[2]、Akiva et al. ^[3]、Parra et al. ^[4]、Kim et al. ^[5]など世界中の様々な研究グループによって、ヒトゲノム全体で800個のCGが特定されており、ENCODEパイロットプロジェクトではヒトゲノムの1％で特定されています。^{[6]これらのCGの36％は、RT-PCRとシーケンシング技術を使用して実験的に検証できました。ただし、}Entrez Geneデータベース、UCSC Genome Browser、Vertebrate Genome Annotation (Vega)データベースなどの公開ヒトゲノムリソースで見つかるCGはごくわずかです。ヒトの結合遺伝子の70％以上は他の脊椎動物ゲノム全体で保存されており、最も近いヒトの祖先であるチンパンジーを含む高次脊椎動物ではより多くの保存が見られます。 CG の形成はヒトゲノムに限定されるものではなく、マウスやショウジョウバエなどの他の真核生物ゲノムでも一部の CG が特定されています。他の融合遺伝子に加えて一部の CG に関する情報を含む Web リソースがいくつかあります ( ChimerDBや HYBRIDdb など)。別のデータベースである ConjoinG は、ヒトゲノム全体で特定されている 800 個の結合遺伝子のみに特化した包括的なリソースです。

参照

遺伝子発現

参考文献

^ Roginski, et al. (2004). 「ヒトGRINL1A遺伝子は、真核生物における遺伝子構成の珍しい形態である複雑な転写単位を定義する」。Genomics . 84 (2): 265–276. doi :10.1016/j.ygeno.2004.04.004. PMID 15233991。
^ Prakash T、Sharma VK、Adati N、Ozawa R、Kumar N、et al. (2010 年 10 月)。Michalak P (編)。「結合遺伝子の発現: 真核生物における遺伝子調節のもう 1 つのメカニズム」。PLOS ONE。5 ( 10 ) : e13284。Bibcode : 2010PLoSO...513284P。doi : 10.1371 / journal.pone.0013284。PMC 2953495。PMID 20967262。
^ Akiva P, Toporik A, Edelheit S, et al. (2006年1月). 「ヒトゲノムにおける転写を介した遺伝子融合」.ゲノム研究. 16 (1): 30–6. doi :10.1101/gr.4137606. PMC 1356126. PMID 16344562 .
^ Parra G、Reymond A、 Dabbouseh N 、他 (2006 年 1 月)。「タンデムキメリズムはヒトゲノムのタンパク質複雑性を高める手段である」。ゲノム研究。16 (1): 37–44。doi :10.1101/ gr.4145906。PMC 1356127。PMID 16344564 。
^ Kim P、Yoon S、Kim N、他 (2009 年 11 月)。「ChimerDB 2.0 - 融合遺伝子のナレッジベースが更新されました」。Nucleic Acids Research。38 (データベース号): D81–D85。doi : 10.1093 /nar/gkp982。PMC 2808913。PMID 19906715。
^ Denoeud F、Kapranov P 、 Ucla C、他 (2007 年 6 月)。「遠位 5' 転写開始部位の顕著な使用と ENCODE 領域における多数の追加エクソンの発見」。ゲノム研究。17 ( 6): 746–59。doi :10.1101/ gr.5660607。PMC 1891335。PMID 17567994。

[1] Roginski, et al. (2004). 「ヒトGRINL1A遺伝子は、真核生物における遺伝子構成の珍しい形態である複雑な転写単位を定義する」。Genomics . 84 (2): 265–276. doi :10.1016/j.ygeno.2004.04.004. PMID 15233991。

[2] Prakash T、Sharma VK、Adati N、Ozawa R、Kumar N、et al. (2010 年 10 月)。Michalak P (編)。「結合遺伝子の発現: 真核生物における遺伝子調節のもう 1 つのメカニズム」。PLOS ONE。5 ( 10 ) : e13284。Bibcode : 2010PLoSO...513284P。doi : 10.1371 / journal.pone.0013284。PMC 2953495。PMID 20967262。

[3] Akiva P, Toporik A, Edelheit S, et al. (2006年1月). 「ヒトゲノムにおける転写を介した遺伝子融合」.ゲノム研究. 16 (1): 30–6. doi :10.1101/gr.4137606. PMC 1356126. PMID 16344562 .

[4] ^ Parra G、Reymond A、 Dabbouseh N 、他 (2006 年 1 月)。「タンデムキメリズムはヒトゲノムのタンパク質複雑性を高める手段である」。ゲノム研究。16 (1): 37–44。doi :10.1101/ gr.4145906。PMC 1356127。PMID 16344564 。

[5] Kim P、Yoon S、Kim N、他 (2009 年 11 月)。「ChimerDB 2.0 - 融合遺伝子のナレッジベースが更新されました」。Nucleic Acids Research。38 (データベース号): D81–D85。doi : 10.1093 /nar/gkp982。PMC 2808913。PMID 19906715。

[6] ^ Denoeud F、Kapranov P 、 Ucla C、他 (2007 年 6 月)。「遠位 5' 転写開始部位の顕著な使用と ENCODE 領域における多数の追加エクソンの発見」。ゲノム研究。17 ( 6): 746–59。doi :10.1101/ gr.5660607。PMC 1891335。PMID 17567994。