ミズーリ州の連合国政府は、親連合国派のクレイボーン・F・ジャクソン知事の亡命政権の継続であった。この政府は、1865年5月26日、E・カービー・スミス将軍がニューオーリンズでミシシッピ川以西の全連合国軍を降伏させるまで存続した。

南北戦争が始まると、多くの有力市民は、州が拡大する紛争において中立を保つことを望んでいた。こうした希望は、1861年5月21日のいわゆるプライス=ハーニー休戦協定に込められていた。しかし、休戦協定の履行は、拡大する紛争の犠牲となった。1861年6月11日にセントルイスのプランターズ・ハウスで開催された会合で、ミズーリ州の有力者たちはどちらかの側につかなければならないことが明らかになった。1861年秋、クレイボーン・ジャクソン知事とミズーリ州の他の有力な分離主義者たちは、ミズーリ州ネオショーに集まった。ミズーリ州議会として行動したこの組織は、 1861年10月28日に分離条例を制定したが、この条例の法的地位は、当時もその後もミズーリ州の連邦支持者によって受け入れられなかった。
分離独立政府は、1861年11月28日に、自称12番目の州として南部連合への加盟を申請し、承認された。しかし、軍事作戦、特に1862年3月のピーリッジの戦いの結果、ミズーリ州の南部連合政府は州の大部分を支配下に置くことができず、その管轄範囲は南部連合軍の軍事力が及ぶ範囲に限られていた。ジャクソン知事とその政府は亡命を余儀なくされた。亡命政府は、南部諸州の行政政府からなるミシシッピ川以西のブロックの一員として、テキサス州マーシャルに拠点を置いた。
ミズーリ州の南部連合支持者は分離独立を成し遂げることができなかったが、亡命中の南部政府は南部連合議会に議員を送り、ミズーリ州は南部連合旗の12番目の星で代表された。[ 1 ]