1560年のスコットランド宗教改革により、司教が執行と婚姻事件に関して民事管轄権を行使していた教会裁判所の制度が崩壊した。この混乱により、1564年から1566年の間にコミッサリー裁判所が再設立された。エディンバラのコミッサリー裁判所が主要な裁判所であった。この裁判所は、婚姻、離婚、非嫡出子に関する専属管轄権を有し、旧裁判所と同じ地域で一般的な管轄権を有していた。また、ロージアン、ピーブルズ、スターリングシャーの一部についても地方管轄権を有していた。控訴裁判所への上訴権は限定的であった。下級コミッサリー裁判所もあり、その管轄権は主に遺言に関する宗教改革以前の司教区の管轄権に基づいていた。彼らはまた、名誉毀損訴訟、家政婦財産目録および管理財産目録の真正性確認、食糧請求訴訟、および40スコットランドポンドを上限とする債務請求訴訟についても管轄権を有していた。
裁判所は、改革派の宗教に反する場合を除き、概ね旧教会法を採用した。
1823年に下級裁判所の権限は保安官に移管されたが、エディンバラの裁判所は1836年まで存続した。エディンバラの裁判所は1830年に廃止され、その権限は民事裁判所に移管された[ 1 ] (ただし、扶養料に関する事件は保安官裁判所に移管された)。1876年に保安官裁判所(スコットランド)法 によりすべての裁判所が廃止され、その機能は保安官裁判所に引き継がれた。しかし、エディンバラの裁判所書記官の職は維持され、エディンバラの保安官裁判所は、スコットランド国外で死亡し、そこに動産を所有していた人の遺言の確認のための適切な場として残った。
刑務所裁判所の文書は、スコットランド国立公文書館に保管されている。