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細胞オントロジーは、動物の細胞タイプの多様性を捉えることを目的としたオントロジーです。[1]これは、オープンバイオメディカルおよび生物学オントロジー（OBO）ファウンドリーの一部です。[2]細胞オントロジーの識別子と組織構造は、単一細胞RNA-seq研究などで、細胞タイプレベルでデータを注釈付けるために使用されます。[3]これは、ヒト細胞アトラスの構築における重要なリソースの1つです。[4]
細胞オントロジーは2005年に学術論文で初めて説明されました。 [5]
参照
参考文献
- ^ Diehl AD、Meehan TF、Bradford YM、Brush MH、Dahdul WM、Dougall DS、他 (2016 年 7 月)。「The Cell Ontology 2016: 強化されたコンテンツ、モジュール化、およびオントロジーの相互運用性」。Journal of Biomedical Semantics。7 ( 1 ) : 44。doi : 10.1186/ s13326-016-0088-7。PMC 4932724。PMID 27377652。
- ^ Smith B、Ashburner M、Rosse C、Bard J、Bug W、Ceusters W、他 (2007 年 11 月)。「OBO ファウンドリー: バイオメディカル データ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」。Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–5. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061 . PMID 17989687。
- ^ Bernstein MN、 Ma Z、Gleicher M、Dewey CN (2021年1月)。「CellO：細胞オントロジーによるヒト細胞の包括的かつ階層的な細胞型分類」。iScience。24 ( 1 ):101913。Bibcode ：2021iSci ...24j1913B。bioRxiv 10.1101 /634097。doi：10.1016/ j.isci.2020.101913。PMC 7753962。PMID 33364592。
- ^ オスミ＝サザーランド、デヴィッド;シュウ、チュアン。キーズ、マリア C.ハルチェンコ、ピーター V.レゲブ、アビブ;エド・S・レイン；タイヒマン、サラ（2021-06-28）。 「ヒト細胞アトラスの細胞型オントロジー」。自然の細胞生物学。23 (11): 1129–1135。arXiv : 2106.14443。土井：10.1038/s41556-021-00787-7。S2CID 235658396。
- ^ Bard, Jonathan; Rhee, Seung Y.; Ashburner, Michael (2005). 「細胞タイプのオントロジー」.ゲノム生物学. 6 (2): R21. doi : 10.1186/gb-2005-6-2-r21 . PMC 551541. PMID 15693950 .
外部リンク
- 細胞オントロジー GitHub ページ