ベータバルジループ

ベータバルジループは、 5～6個のアミノ酸からなるタンパク質やポリペプチドによく見られるモチーフである。^[1]^[2]^[3] 2つのタイプがある。タイプ1はペンタペプチドであり、タイプ2は6個のアミノ酸からなる。これらはベータバルジの一種とみなされ、タイプG1ベータバルジという別名がある。他のベータバルジと比較して、ベータバルジループは鎖の反転を生じ、ベータヘアピンのループ末端によく見られる。この種のヘアピンは、3:5（タイプ1のβバルジループの場合）または4:6（タイプ2の場合）と表現される。^[4]タンパク質のβバルジループを検索および調査するための2つのWebサイト、Motivated Proteins：[1] ^[5]とPDBeMotif：[2]が利用可能である。^[6]

タイプ I のベータバルジループには、2 つの特徴的な主鎖間水素結合があります。1 つは残基 i の CO と残基 i+3 の NH の間 (β ターン) であり、もう 1 つは残基 i+4 の CO と残基 i の NH の間です。

タイプ 2 のベータバルジループには、2 つの特徴的な主鎖間水素結合があります。1 つは残基 i の CO と残基 i+4 の NH (α ターン) の間であり、もう 1 つは残基 i+5 の CO と残基 i の NH の間です。

ベータバルジループは、残基 i にアスパラギン酸、アスパラギン、セリン、またはスレオニンを持ち、残基 i+2 ～ i+4 (タイプ 1) または残基 i+3 ～ i+5 (タイプ 2) にネスト (タンパク質構造モチーフ)を持ち、側鎖の酸素がネストの主鎖 NH 基に結合していることが多い。^[7]タンパク質の β バルジループ内の asx 残基の部位特異的変異誘発が報告されており、β バルジループ内のさまざまな代替位置にある asx 残基の側鎖がネストに結合し、ループの安定化に役立つことが示されている。^[8]

参考文献

^ Milner-White, EJ (1987). 「ループ内のベータバルジはタンパク質構造の繰り返し特徴である」Biochim Biophys Acta . 911 (2): 261–265. doi :10.1016/0167-4838(87)90017-3. PMID 3801498.
^ Chan, EAW; Hutchinson EG (1993). 「タンパク質中のβバルジの同定、分類および分析」.タンパク質科学. 2 (10): 1574–1590. doi :10.1002/pro.5560021004. PMC 2142268. PMID 8251933 .
^ Blandl , T ; Cochran AG (2003). 「βヘアピンペプチドのターン安定性。3:5タイプ1 G1バルジターンを含むペプチドの調査」。タンパク質科学。12 (2): 237–247。doi :10.1110/ ps.0228603。PMC 2312432。PMID 12538887。
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^ Golovin, A; Henrick K (2008). 「MSDmotif: タンパク質部位とモチーフの探索」BMC Bioinformatics . 9 (1): 312. doi : 10.1186/1471-2105-9-312 . PMC 2491636 . PMID 18637174.
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[1] Milner-White, EJ (1987). 「ループ内のベータバルジはタンパク質構造の繰り返し特徴である」Biochim Biophys Acta . 911 (2): 261–265. doi :10.1016/0167-4838(87)90017-3. PMID 3801498.

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[5] Leader, DP; Milner-White EJ (2009). 「Motivated Proteins: 小さな3次元タンパク質モチーフを研究するためのWebアプリケーション」BMC Bioinformatics . 10 (1): 60. doi : 10.1186/1471-2105-10-60 . PMC 2651126 . PMID 19210785.

[6] Golovin, A; Henrick K (2008). 「MSDmotif: タンパク質部位とモチーフの探索」BMC Bioinformatics . 9 (1): 312. doi : 10.1186/1471-2105-9-312 . PMC 2491636 . PMID 18637174.

[7] Afzal, AM; Al-Shubailly F (2014). 「ネストモチーフにおける水素結合によるアニオンの架橋と、タンパク質内のシェルマンモチーフおよびその他の大きなモチーフにおけるその重要性」.タンパク質. 82 (11): 3023–3031. doi :10.1002/prot.24663. PMID 25132631. S2CID 12131403.

[8] ^ Lee, J; Dubey VK; Longo LM; Blaber M ( 2008). 「Asx-Pro-Asx-Gly βターンモチーフ内の論理OR冗長性」。分子生物学ジャーナル。377 (4): 1251–1264。doi :10.1016/ j.jmb.2008.01.055。PMID 18308335 。