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| B3 DNA結合ドメイン | |||||||||||
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 RAV1のB3 DNA結合ドメイン | |||||||||||
| 識別子 | |||||||||||
| シンボル | B3_ドメイン | ||||||||||
| パム | PF02362 | ||||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||||
| プロサイト | PS50863 | ||||||||||
| SCOP2 | 1wid / スコープ / SUPFAM | ||||||||||
| 医療機器 | cd10017 | ||||||||||
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B3 DNA結合ドメイン（DBD）は、転写因子（≥40種）（Pfam PF02362）にのみ見られる高度に保存された ドメインであり、他のドメイン（ InterPro： IPR003340）と組み合わされています。100〜120残基で構成され、7つのベータストランドと2つのアルファヘリックスを含み、DNA結合擬似バレルタンパク質フォールド（SCOP 117343 ）を形成します。これはDNAの主溝と相互作用します。[1]
B3ファミリー
シロイヌナズナには、B3ドメインを含む転写因子の3つの主要なファミリーがある。[2]
PDB :1WID [ 1]とPDB :1YEL [ 8]は、B3 DNA結合ドメインの 唯一知られているNMR溶液相構造である。
関連タンパク質
制限酵素EcoRIIのN末端ドメイン、制限酵素BfiIのC末端ドメインは、同様のDNA結合擬似バレルタンパク質フォールドを有する。[9] [10]
参照
参考文献
- ^ abcde Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K, Yokoyama S (2004). 「アラビドプシス低温応答性転写因子RAV1のB3 DNA結合ドメインの溶液構造」. Plant Cell . 16 (12): 3448–59. doi :10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737 .
- ^ Riechmann JL、Heard J、Martin G、Reuber L、Jiang C、Keddie J、Adam L、Pineda O、Ratcliffe OJ、Samaha RR、Creelman R、Pilgrim M、Broun P、Zhang JZ、Ghandehari D、Sherman BK、Yu G (2000)。「シロイヌナズナ転写因子：真核生物間のゲノムワイド比較分析」。Science。290 ( 5499 ) : 2105–10。Bibcode : 2000Sci ...290.2105R。doi :10.1126/science.290.5499.2105。PMID 11118137 。
- ^ Ulmasov T, Hagen G, Guilfoyle TJ (1997). 「ARF1、オーキシン応答要素に結合する転写因子」. Science . 276 (5320): 1865–8. doi :10.1126/science.276.5320.1865. PMID 9188533.
- ^ Tiwari SB、 Hagen G、Guilfoyle TJ (2003)。「オーキシン応答性転写 におけるオーキシン応答因子ドメインの役割」。植物細胞。15 (2): 533–43。doi :10.1105/tpc.008417。PMC 141219。PMID 12566590。
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- ^ Ezcurra I、Wycliffe P、Nehlin L、Ellerström M、Rask L (2000)。「ABI3 による Brassica napus napin プロモーターのトランス活性化には、ABI3 の保存された B2 および B3 ドメインと異なるシス要素との相互作用が必要: B2 は ABRE を介して活性化を仲介し、B3 は RY/G ボックスと相互作用する」。Plant J. 24 ( 1): 57–66. doi :10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704。
- ^ Kagaya Y, Ohmiya K, Hattori T (1999). 「新規 DNA 結合タンパク質 RAV1 は、高等植物に特有の 2 つの異なる DNA 結合ドメインを介して二分認識配列に結合する」Nucleic Acids Res . 27 (2): 470–8. doi :10.1093/nar/27.2.470. PMC 148202 . PMID 9862967.
- ^ Waltner, JK; Peterson, FC; Lytle, BL; Volkman, BF (2005). 「シロイヌナズナタンパク質 At1g16640 の B3 ドメインの構造」. Protein Sci . 14 (9): 2478–83. doi :10.1110/ps.051606305. PMC 2253459. PMID 16081658 .
- ^ Zhou XE、Wang Y、Reuter M、Mücke M、Krüger DH、Meehan EJ、Chen L (2004)。「IIE 型制限エンドヌクレアーゼ EcoRII の結晶構造は、新しいエフェクター結合フォールドによる自己阻害メカニズムを明らかにする」。J. Mol. Biol . 335 (1): 307–19. doi :10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759。
- ^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). 「金属非依存性制限酵素 BfiI の構造は、特定の DNA 結合ドメインと非特異的ヌクレアーゼの融合を明らかにする」(PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 102 (44): 15797–802. Bibcode :2005PNAS..10215797G. doi : 10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID 16247004.
外部リンク
- 予測転写因子の DBD データベース Archived 2008-12-04 at the Wayback Machine Kummerfeld SK, Teichmann SA (2006). 「DBD: 転写因子予測データベース」. Nucleic Acids Res . 34 (データベース号): D74–81. doi :10.1093/nar/gkj131. PMC 1347493. PMID 16381970 . 厳選されたDNA結合ドメインセットを使用して、完全に配列されたすべてのゲノムの転写因子を予測します。
- Transfac データベースに従った「転写因子」表の分類。
- アラビドプシス転写因子データベース
- B3 2019-10-17にWayback Machineにアーカイブ、RAV、ARF 2019-10-17にWayback Machineにアーカイブfamily at PlantTFDB:Plant Transcription Factor Database