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『エイリアンvsプレデターvsターミネーター』は、ダークホースコミックスから出版されたコミックで、 『エイリアン』、『プレデター』、『ターミネーター』という3つの異なる映画シリーズの架空のキャラクターが登場する。シリーズは全4部構成で、第2部から第4部には表紙にキャッチフレーズが付けられている。
物語は、場所が明かされていない（おそらく地球上）下水道に住むコミュニティから始まる。アナリー・コール（『エイリアン4』でウィノナ・ライダーが演じたキャラクター）を含む登場人物たちは、エレン・リプリー（同じく『エイリアン4』に登場）のクローンであるリプリー8号を発見する。コールはリプリーを作戦基地に連れて行く。彼女はリプリーに、トロレンバーグ博士が率いるハイブリッド・エイリアン・スーパーソルジャーが関わる科学ステーション・タイフーンでの新たな軍事作戦について知らせる。リプリーが拒否すると、コールは彼女を脅迫して協力させる。一方、トロレンバーグ博士はスーパーソルジャーの開発に取り組んでいた。ステーションの責任者であるヘルム将軍が彼に接触し、トロレンバーグがサイバネティック部品を要求したため、プロジェクトを中止させようとする。将軍と護衛を殺害した後、トロレンバーグは声を変えて犠牲者になりすます。同時に、プレデターがタイフーン号を航行し、超兵士を狩ろうと企んでいる。
コールと彼女のクルー（リプリーも含む）は変装してステーションに潜入する。警備兵を倒した後、彼らはトロレンバーグの研究室へと向かう。トロレンバーグはコールのクルー2人を殺害するが、クローク状態のプレデターが彼の首を切り落とす。クロークが解けたプレデターは、超兵士と戦う。後者はダメージを受けず、金属物体を吸収して損傷を再生することができる。超兵士は敵を倒すが、その過程でステーションの船体に亀裂を生じさせてしまう。
乗組員たちは、宇宙ステーションが裂け目から爆発する前に、トロレンベルグの首を持ってシャトル（カルタゴ号）へ脱出する。一方、スーパーソルジャーは小型の科学調査船兼脱出ポッドに乗り込み、エイリアンのチェストバスターを数匹連れて脱出する。その「科学ポッド」の中で、スーパーソルジャーは完成間近だったもう一体のスーパーソルジャーの製作に取りかかる。
コールはトロレンバーグの頭蓋骨にハッキングして、彼についてもっと詳しく知ろうとする。トロレンバーグの記憶の中で、彼女は21世紀のジョン・コナーの対話型録音を発見する。コナーは彼女に、トロレンバーグもその一人であったクリプト・ターミネーターについて語る。クリプト・ターミネーターは、後に新たな世代を確立するために人間に同化することができたのだ。
コールがログアウトした後、3機のプレデター宇宙船が彼らの船を取り囲む。3機のプレデターが船内にテレポートし、リプリーを捕虜にする。一方、科学ポッドは目的地である海軍の重巡洋艦ユーフラテスに到着する。試作機は、新たなスーパーソルジャーを伴って降下する。
カルタゴ号で、コールはプレデターたちが自分たちと同じようにリプリーの遺伝的背景を知っていたと推測し、おそらく超兵士による脅威に対処するために彼女に協力を求めているのだろうと考える。そして、この新たな情報をすべて自分たちの有利になるように利用しなければならないと決意する。
プレデターの宇宙船の中で、リプリーはゼノモーフの遺物でいっぱいのトロフィールームを見つける。彼女はプレデターの生活がエイリアンを中心に回っていること、そしてプレデターが自分とスーパーソルジャーの両方がエイリアンの血を引いていることを知っていることを理解する。彼女は円形の手術台に連れて行かれ、拘束され、顔に呼吸装置を装着された後、細い針状のドリルが彼女に向かって動いてくる。
ユーフラテス号では、艦長が信用できない「アンドロイド生存者」について不満を漏らしている。超兵士たちは高セキュリティの小惑星施設への移送を要請した。司令部から、超兵士たちのブラック小惑星への立ち入りを拒否するメッセージが届く。すると超兵士たちはそこにいた乗組員を殺害する。試作型超兵士は巡洋艦の内部の一部を吸収し始め、生命維持装置を含む艦の主要システムに深刻な損傷を与える。
カルタゴ号で、コールはプレデターが超兵士の最も可能性の高い進路をたどり、エイリアンの遺伝物質の最も近い大きな供給源であるロスアラモス235、別名ブラックアステロイドに向かうと判断した。プレデターの宇宙船で、リプリーはエイリアンとの遭遇を追体験し、伝統的なターミネーターの内骨格の幽霊のようなイメージを見つける夢を見る。目が覚めたリプリーは、首に傷があることに気づく。彼女は手術台からロスアラモス235の監視スクリーンへと案内される。彼女は中にエイリアンがいること、そしてプレデターがエイリアンの遺伝的記憶から彼女のDNAからこの情報を抽出したことを察知する。
近くでは、ユーフラテスがブラックアステロイドへのアクセスを許可され、ステーションの制御室に攻撃を開始する。プレデターの宇宙船の中で、リプリーは戦闘前の儀式を受け、エイリアンの歯のネックレスを授けられ、プレデターの血の戦化粧を全身に施される。超兵士たちは宇宙船を制圧し、収容チューブに収容された成体のエイリアンでいっぱいの部屋へと向かう。
翌日、ロスアラモス235周辺の小惑星群に身を隠しながら、カルタゴ号の乗組員は黒い小惑星周辺の宇宙空間を監視していた。軍艦隊がステーション奪還のため到着したが、強力なエネルギーサージによって全滅させられてしまう。カルタゴ号はステーションへと向かい、入り口から気づかれずに侵入する。コールはプレデターが既にここに到着しているのか、そしてリプリーはまだ生きているのかと自問する。
内部では、リプリーは死んだふりをし、怪物のようなスーパーソルジャーが彼女の上に覆いかぶさっている。回想シーンで、彼女は小惑星に侵入した時のこと、どのようにして小惑星の防衛網や外の艦隊を気づかれずにすり抜けたのかを思い出す。24時間も経たないうちに、2人のスーパーソルジャーは高度な製造工場を作り上げ、そこで青い肌のハイブリッドが急速に増殖した。ターミネーターはプレデターの敵に勝利した。しかし、リプリーは絶望的な賭けに出て、エイリアンを収容チューブから解放する。エイリアンの酸性の血液に対するターミネーターの弱点が露呈し、戦況はターミネーターに不利に転じる。
角を曲がると、リプリーはコールとヴォーマンを見つける。リプリーはここに留まって戦うと告げる。するとヴォーマンはコールをカルタゴ号に引き戻し、リプリーを救出しようとするのを阻止する。コールはリプリーをこの騒動に巻き込んだ責任を感じる。一方、リプリーは船に忍び込み、ハイブリッドの試作機も乗り込む。
カルタゴ号がステーションを離れると、続いてスーパーソルジャーの宇宙船が爆発する。船内では、リプリーがプロトタイプを追跡し、船内の配管を通り抜けていく。彼女はプレデターナイフでプロトタイプを殺そうと飛びかかるが、うまくいかない。プランBを実行することにしたリプリーは、ナイフで自分の腕を切る。リプリーの血がエアロックのドアの覗き窓を焼き、爆発で船を囲んでいた炎が流れ込み、船は破壊される。
カルタゴ号の上で、コールは爆発を目撃し、リプリーが仕事をやり遂げたとコメントする。彼らは帰還に向けて進路を取った。
この作品はペーパーバック版としてまとめられています。
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