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第二総軍（だいにそうぐん）は、太平洋戦争末期に本州西部、九州、四国の防衛を担当した大日本帝国陸軍の一般陸軍（陸軍集団に相当） 。
第二総軍は、1945年4月8日に総防衛司令部が第一総軍と第二総軍に分割されたことにより設立された。その役割は基本的に郷土防衛と駐屯部隊であり、民間防衛、対空防衛、そして連合軍による日本本土侵攻作戦（日本式では決号作戦）に備えてゲリラ部隊を組織することであった。その管轄区域は西日本全域に及んだが、主な任務は侵攻の標的となる可能性が最も高いと考えられていた九州南部の安全確保であった。その部隊は主に訓練不足の予備役兵、徴兵された学生、郷土防衛民兵で構成されていた。
沖縄陥落後、第二総軍の司令部は広島に移された。広島に原子爆弾が投下された際、秦自身は軽傷を負ったものの、第二総軍のほとんどの部隊、兵站部隊、司令部は全滅した。市内にいた第五師団、第五九軍、その他の戦闘師団も被弾し、推定2万人の日本兵が死亡した。[ 1 ]
生存者たちは広島郊外の宇品空軍基地に集結し、戒厳令が布告されると救援活動を組織し、広島の治安維持に努めた。しかし、原爆投下によって、西日本に駐留する大日本帝国陸軍部隊にとって、第二総軍は有効な軍事組織としての役割を終えた。一部の部隊は、日本軍の動員解除を支援するため、1945年11月までアメリカ占領当局の指揮下で現地に留まった。